《四庫全書總目提要·三國誌》說過一些公道話:“以理而論，(陳)壽之謬萬萬無詞；以勢而論，則鑿齒帝漢順而易，壽欲帝漢逆而難。蓋鑿齒時晉已南渡，其事有類乎蜀，為偏安者爭正統，此孚於當代之論者也；壽則身為晉武之臣，而晉武承魏之統，偽魏是偽晉矣。其能行於當代哉!此猶宋太祖篡立近於魏而北漢、南唐亦近於蜀，故北宋諸儒皆有避而不偽魏；高宗以後，偏安江左近於蜀，而中原魏地全入於金，故南宋諸儒乃紛紛起而帝蜀。此皆當論其世，未可以一格繩也。”看來，從東晉習鑿齒以來掀起的正統之爭，無不具有現實的目的和為當代政權服務的用心，知人論世，知世論史是至關要緊的，沒有永恒不變的正偽標的。
陳壽受後人批評的另一弊病是書中時有曲筆，多所回護。劉知幾在《史通·直書篇》說“當宜、景開基之始，曹、馬構紛之際，或列營渭曲，見屈武侯，或發仗雲台，取傷成濟，陳壽、王隱鹹杜其口而無言。”批評陳壽和王隱在修史時對當權人物曹操、司馬懿的醜事緘口無言，為之回護。在《三國誌·魏書》中確實沒有看到劉知幾所論的內容，對此，清人趙翼在《廿二史劄記》卷六中“三國誌多回護”寫到：
《春秋》書天王狩於河陽，不言晉侯所召，而以為天子巡狩，既已開掩護之法，然此物為尊者諱也。至於孩父之事，則大書以正之，如許止、趙盾之類，皆一字不肯假借，所以垂誠，義至嚴也。自陳壽作《魏本紀》多所回護，凡兩朝革易之際，進爵封國，賜劍履，加九錫，以及禪位，有詔有策，竟成一定書法。以後宋、齊、梁、陳諸書悉奉為成式，直以為作史之法固應如是。然壽回護過甚之處，究有未安者。
趙翼在回顧自《春秋》以來即有回護現象的存在，認為陳壽在這方麵做得不好。於是趙翼列舉一些例證，如漢獻帝遜位之後，魏封其為山陽公，到他死時，才追諡為獻帝，陳壽隱去曹王篡漢封山陽公一節，在《魏紀》中隻稱漢獻帝。同樣常道鄉公遜位，為陳留王，到死時才追諡為元帝，陳壽也為之諱隱掩飾。司馬師廢齊王芳，《魏略》是這樣記載的:“(司馬)師遣郭一芝入宮，太後方與帝對弈，芝奏日:‘大將軍欲廢陛下。’帝乃起去，太後不悅。芝曰:‘大將軍意已定，太後但當順旨。’太後曰:‘我欲見大將軍。’芝曰:‘大將軍何可見邪。’太後乃付以璽緩。”是齊王之廢，全出於司馬師之主意，太後全然不知。陳壽《魏書》“反載太後之命，極言齊王無道不孝，以見其當廢，其誣齊王而黨司馬氏亦太甚關。”如此等等。
最為嚴重的曲筆是高貴鄉公被弑之事，據《漢晉春秋》、《魏氏春秋》以及《世語》、《魏末傳》所載是高貴鄉公曹髦見司馬昭跋扈專橫，專權禍國，心不能甘，“發甲兵於淩雲台，親討司馬昭。司馬昭令賈充拒之，時府兵尚不敢動，賈充即令成倅、成濟曰:‘公蓄養汝等，正為今日。’成濟乃抽戈犯帝，刃出於背而崩。”而陳壽《魏書》但書“高貴鄉公卒，年二十”，絕不見被弑之跡。反載太後之命，言高貴鄉公之當誅，欲以庶人禮葬之。並載昭奏，稱“公卒兵向臣，臣即敕將士不得傷害，騎督成倅弟成濟橫人兵陣，傷公，遂至殞命，臣輒收濟付廷尉，結正其罪。”……這樣，趙翼感歎道:“本紀如此，又無列傳散見其事，此尤曲筆之甚者矣，然此猶曰身仕於晉，不敢不為晉諱也。至曹魏則隔朝之事，何必亦為之諱。”趙翼的責難，尖銳深刻，例證還多，餘如曹操征陶謙時濫殺無辜，記曹魏對蜀之戰“專以諱敗誇勝為得體”，最後，趙翼認為陳壽不僅牽涉到當權統治者的本紀多回護，而列傳中也多所諱。這樣的回護曲筆，不竟讓趙翼困惑不解:“豈壽以作史之法必應如是，回護耶？抑壽所據各國之原史本已諱而不書，遂仍其舊，而不複訂正耶？”
陳壽修史中的曲筆、回護的確存在，他顯然是處在曹魏、西晉政權交替過程中的一種避禍方式，作為封建時代的史書，必然會對當權者有所回護，為尊者諱是無法超越的潛在規則。就是趙翼所肯定的秉筆直書的南史、董狐也是經不起推敲的。所謂“趙盾弑君”(《左傳·宣公二年》)也是顛倒黑白，混淆是非的結論。他們立論的理由是趙盾“為正卿，亡不越境，返不計賊”，沒有盡到臣子的責任。
趙翼也為陳壽的曲筆作了曆史考辯，指出:“蓋壽修書在晉時，故於魏、晉革易之處，不得不多所回護。而魏之承漢，與晉之承魏，一也。既欲為晉回護，不得不先為魏回護……，當然，也有可能是陳壽所參考的魏、晉資料原來就是這樣記載，陳壽未作訂正，也不敢妄加篡改的。為陳所處的特定曆史環境，處於改朝換代之際修史者顧忌更多的實際背景，是可以理解的。
毋庸置疑，修史貴真實，不虛美，不隱惡應是史家必須恪守的準則，曲筆是不足為訓的。應當看到，陳壽除了涉及魏晉易代的敏感問題與當權人物之外，其敘寫仍屬翔實可信的。不必諱言陳壽的曲筆，也不能因此而懷疑《三國誌》的信史價值。錢大昕所說:“然吾所以重承祚者，又在乎敘事之可信。蓋史臣載筆，事久則議論易公，世近見聞必確。三國介漢晉之間，首尾相涉，垂及百年，兩史有違失者，往往賴此書正之……予性喜史學，馬班而外，即推此書，以為過於範(曄)、歐陽(修)。”(《三國誌辯疑序》)
《三國誌》也有其不足之處，不可不注意。在敘事時，除了在某些人的紀和傳中有矛盾之處外，其最大的缺點，就是對曹魏和司馬氏多有回護、溢美之詞，受到了曆代史學家的批評。另外，全書隻有紀和傳，而無誌和表，這是一大缺欠。《三國誌》成書之後，由於敘事過於簡要，到了南朝宋文帝時，著名史學家裴鬆之便為其作注，又增補了大量材料。
裴鬆之介紹
裴鬆之（公元372－451年），字世期，南朝宋河東聞喜（今山西聞喜）人。裴鬆之士族官僚家庭出身，祖父裴昧官居光錄大夫，父裴圭曾任正員外郎。裴鬆之從小喜愛讀書，8歲時已熟知《論語》、《詩經》諸書。後博覽典籍，學識日進。晉孝武帝太元十六年（391年），裴鬆之任殿中將軍，時年20歲。晉安帝隆安二年（398年），其舅父豫州刺史庾楷聯合兗青二州刺史王恭等攻打建康。兵敗，庾楷投奔夏口的桓玄。庾楷推薦裴鬆之擔任新野太守。裴鬆之考慮風險過大，遲遲不肯動身。不久，軍閥火並，庾楷死於桓玄之手。裴鬆之免去了一場殺身之禍。