“軍事裝備，改議應該準備，不改議也應該準備；伊犁，改議應暫緩收回，不改議也應暫緩收回；崇厚，改議應該殺他，不改議也應該殺他。”
迫於輿論的壓力，清政府拒絕批準條約，並把崇厚羈押刑部大牢，等待審訊。另派曾紀澤出使沙俄，重新議定邊界條約。光緒七年（1881年），曾紀澤代表清政府與沙俄重新簽訂了《中俄伊犁條約》，挽回了部分權益。
陳寶琛等人上疏斬崇厚。贏得了朝野的一致讚譽，然而更令人叫絕的是上奏改判“庚辰午門案”。光緒六年（1880年）中秋節前夕，慈禧太後派太監李三順，帶著八盒月餅送給他的妹妹醇親王福晉。到了午門以後，因為沒有事先通知敬事房，護軍照例要阻攔盤查。李三順仗憑背後有慈禧太後撐腰，態度蠻橫：“我這是給太後老佛爺辦差，耽誤了大事，你吃罪得起嗎？”護軍一聽，不敢得罪，就低聲下氣地說：“我這也是按照規定辦事，這是我的職責呀，望公公行個方便，去敬事房說一聲，接到通知我們才敢放你們過去。”哪知道李三順更來勁了：“你真是給臉不要臉，我不跟你囉嗦，我這就過去，看誰敢攔我！”說著話就往外闖。護軍恪盡職守，堅決不讓通過。雙方爭執不下，在推推搡搡中，把月餅盒給撞翻在地。月餅沒有送成，李三順怕太後責備他，就來了個惡人先告狀，慈禧聽後大怒：“這幾個小小的護軍也太大膽了，連我的差人也敢阻攔，活得不耐煩了！”於是，讓總管內務大臣會同刑部，對護軍嚴刑審訊。這事本來責任不在護軍，內務府和刑部的人經過審問也覺得護軍沒有錯誤，但是他們不敢忤逆太後的意思，就準備把他們充軍發配。處理結果上報到慈禧太後那兒，立刻被駁回，她明確要求必須治成死罪。審案官員覺得不妥，幾經變通，不想治護軍的死罪，都被慈禧駁回。後來刑部也據理力爭，說宮禁門衛，責任重大，不可自亂章法。上諭才批準：“護軍玉林、祥福革去護軍，發往黑龍江充苦差；忠和革去護軍，圈禁五年；護軍統領嶽林再交刑部嚴加議處。”處理結果一出，眾人都不服。當時張之洞、陳寶琛為翰林院的左右庶子，聽說以後，憤憤不平。陳寶琛氣得渾身顫抖，大聲吵嚷著說：“太後差人辦事，難道就不要法度了嗎？按製度辦事，反而要受罰，這不是顛倒黑白嗎？天下哪有這樣的事？”說著馬上要上折子。張之洞在一旁勸道：“現在，慈禧太後正在氣頭上，我們措詞嚴厲的話，隻能激她的火，對解決問題沒有幫助，我們應該就注意門禁、限製宦官驕橫這兩方麵去說，讓太後悟出其中的危害，我們才有成功的希望。”陳寶琛說：“好吧，我們就這樣辦。”
第二天上朝，陳寶琛壓了壓怒火，顯得有理有節，出班上奏道：“如果太監說宮中有旨，就可以任意闖午門，那麼，有護軍就和沒有護軍一樣，護軍按規定辦事，懲罰這麼嚴重，以後誰還敢嚴格執法，處理的也有過重的嫌疑。”張之洞又乘機上奏：“宦官無法無天，害處最大，這在曆朝曆代都有教訓，萬一此後太監出入宮門，動輒就說奉旨出宮，以至於關係到政務，流弊之大，請陛下三思。”光緒皇帝說：“二位愛卿所奏有理，不過，此案事關太後的尊嚴，還要請太後定奪，退朝以後，朕自會把二位的奏折向太後轉達。”後來，太後看了他們兩個的奏折，思考再三，覺得他們兩個說的有理，就改判了此案，再次下旨：“玉林杖一百，流放二千裏；祥福杖一百；忠和杖一百，圈禁兩年，加罰三十板；嶽林免予處分。太監李三順打三十大板；首領太監劉玉祥，罰俸祿六個月。”就這樣，刑部都解決不了的案件，在陳寶琛、張之洞的努力下，得到了較為圓滿的解決。
但是，也應該看到，“清流”的存在，固然是由於社會形勢的急轉直下，激勵了他們的救國之心，從而產生的一部分人。另外，他們的存在也是由於慈禧的故意放縱。一是為了博得善於納諫的美名，二是為了平衡朝中的政治力量。在中央權力機構中，恭親王奕新是洋務派的代表，他們在平定太平天國的過程中掌握了許多軍政大權。慈禧太後想借“清流”的力量牽製他們。