有幾位平時比較活躍又不務實的會員聽到這，不約而同地低下了頭，他們知道，牛頓這話是說給他們聽的。
作為會長的牛頓對於皇家學會的貢獻主要在於他管理有方，而非其學術水平。在牛頓擔任會長、執掌學會各項事務期間，學會的經濟狀況也開始好轉。
在管理方麵也涉及了學術問題。這點牛頓是很清楚的，學會當時的問題在於會議議題缺乏嚴肅的內容。於是，他就任會長後，便本著解決這一問題的原則，製定了一項“皇家學會建設規劃”。該規劃聲稱：“自然哲學的目的在於發現自然界的結構和作用，並盡可能地將其歸結為一些普遍的法則和定律，用觀察和實驗來建立這些法則，從而導出事物的原因和結果。”
有了這一目標，學會中就有了擅長哲學學科的專家，他們也會積極參加學會召開的例會。
接著，牛頓又確定了自然哲學的五門主要學科，為每門學科任命一名指導員，並給以一定的資助。這五門學科是：數學與力學；天文學與光學；動物學、解剖學與生理學；植物學；以及化學。他還明確指出，學會隻任命那些在各門學科中享有盛名的學者。
在實際操作中，牛頓建議保留實驗員的職位，這樣在例會上就會有實實在在的內容。過去，牛頓的老對手胡克曾在這個職位上非常出色地做過許多年，而且，在會員們漫無目的地誇誇其談使會議陷入庸俗的情況下，正是由於他的努力，學會才得以延續至今。胡克去世後，牛頓要做的第一件事是要找一個人來代替胡克。
牛頓很快付諸行動，讓弗朗西斯·霍克斯爾接替胡克。1703年，牛頓主持第一次會議時，弗朗西斯·霍克斯爾首次在皇家學會亮相，盡管他當時並不是學會會員，但他卻在會上展示了自己新近改進的一台空氣泵。之後，他接連出席學會召開的會議。就這樣，整整十年，他一直為學會服務，為其召開的會議提供了大量具有科學性的內容。
1707年，牛頓又找了一個指導員，讓他暫時協助弗朗西斯·霍克斯爾在學會會議方麵的工作。就這樣，詹姆斯·道格拉斯博士經常在會上進行解剖講解。
在牛頓的努力下，學會例會的質量在穩步提高。學會會員從17世紀90年代的最低點開始不斷地增長，在牛頓執掌政務期間，會員人數翻了一番多。學會的振興當然是由許多因素促成的，但是牛頓極力倡導提高各種會議的水平，無疑是這些因素中最重要的原因。
牛頓在致力於處理各種繁雜管理瑣事的同時，還盡可能以有效的方式提醒皇家學會會員們時刻不要忘記學會的基本宗旨。
牛頓當上皇家學會會長之後，與以前的老友弗蘭姆特斯開始了不愉快的交往。牛頓剛剛當選後幾個月，也就是在1704年4月12日那一天，他去了格林威治，了解弗蘭姆特斯的觀察進展情況。但看過結果後，建議把資料送給喬治親王過目，以便獲得一些資助。
隨後，牛頓和這位老友展開了爭論，弗蘭姆特斯難免要承擔一些責任。弗蘭姆特斯是一名皇家學會會員，但牛頓從未將他納入待出版的著作委員中。後來，弗蘭姆特斯去世，由他的兩位助手根據計劃完成了《天體史》一書，該書後來被知名學者稱為天文學史上的一大裏程碑。
1705年12月21日，戴維·哥蕾果利進行了一場深入的探討。
在1710年之後的幾年中，牛頓在學會中的地位逐步穩固。會議的水平不斷提高。皇家學會漸漸形成一種帝國的氣氛。弗朗西斯·霍克斯爾經常在會上向會員們展示他的有關電或毛細作用或光的折射等實驗。弗朗西斯·霍克斯爾於1713年去世，1714年年初牛頓找到德薩古列爾接替他的位置。由於有了德薩古列爾這一骨幹力量以及其他一些年輕的牛頓崇拜者，學會的會議在幾年內得以迅速發展。
牛頓在皇家學會取得了各種成功，但有一次失敗卻讓他久久不安，也就是那次關於出版弗蘭姆特斯的書。《天體史》的出版不僅讓人們了解了他的為人，而且也清楚地知道了他和英國科學界的關係。對於牛頓而言，他無法忍受不同意見。
不管怎麼說，皇家學會在牛頓的英明領導下，出現了生機勃勃的景象，科學開展得相當興旺。
牛頓自從當上了皇家學會會長後，就再沒有離開過，他年年續任，一直到他去世為止，大約長達25年之久，他成為英國皇家學會曆史上任期最長的會長，同時，他也是人們公認的最負責任、最優秀的會長。