學會沒有自己的科研實體，它的科學研究、谘詢等職能主要通過指定研究項目、資助研究、製訂研究計劃，通過會員與工業界聯係及開展研討會等實現。
皇家學會會員候選人必須由至少6名責任會員提名和推薦。英國皇家學會於每年的11月30日召開學會年會，於每年3月第三個星期三召開選舉年會。
皇家學會在每年3月選舉，根據章程，每年提名的“外國會員”人數不得超過4人。
皇家學會共分兩大學科領域，即物質學科領域，包括數學（通稱A類）和生物學科領域（通稱B類），下邊又分設12個學部委員會。學會成員分為皇家會員、英籍會員、外籍會員三類。皇家會員隻產生於皇族，不定期選舉；英籍會員每年至多選出40名；外籍會員每年至多選出4名。會員有極高的社會榮譽。
領導機構是理事會，由21名理事組成，每年要改選其中的10名，除工作人員外，理事均不得連任2年以上，學會會長及外事秘書任期不得超過5年。
學會主要是促進自然科學的發展，它是世界上曆史最長而又從未中斷過的科學學會，它促進了英國科學的飛速發展。
作為一個嶄露頭角的新人，牛頓對成為該學會的新會員感到很興奮。
牛頓這個時候不過30歲，這是所有學者夢寐以求的最高榮譽，曾經引來不少羨慕的眼光。
牛頓成為皇家學會會員後，不能再像以前那樣一個人獨來獨往了，他必須經常和其他學者做學術上的交流。但是從小就獨來獨往的牛頓，一向不善於與人交往，因此開始時非常不習慣這種生活方式，不過時間久了以後也就習以為常了。
牛頓加入學會對今後的科學研究有很大的影響，從1672年之後，牛頓通過皇家學會的活動，從個人的研究走向了社會，與很多的國外科學家建立了聯係。雖然也受到過批評，但從中也得到了不少啟發、幫助。
1672年2月8日，牛頓應邀在皇家學會宣讀他的論文《關於光和顏色的理論》，並在19日的《哲學會報》上發表，從而首次將自己在以往的發現公之於眾。
這篇論文迎得了熱烈的掌聲，但卻沒有獲得一致讚同。最大的反對者是在皇家學會很有威望的羅伯特·胡克和他的追隨者科爾斯琴·惠更斯，他們直截了當地表示了反對。
“牛頓先生，我們很讚許您以前的發明，您付出了艱苦的努力，我們很欽佩您。”胡克先生在寂靜的大會議室，慢條斯理地說，“但是，我們認為，您的實驗還很不夠，沒有一項是不能否定的。”
胡克剛說完，惠更斯便站起來，很嚴肅地說：“牛頓先生，你敢肯定你的方法可以解釋所有的顏色現象嗎？”
他越說越激動，眼睛死死地盯著牛頓說：“不，不能！那是不可能的。”
胡克接著說：“但是，別的理論是可以解釋這一切的呀！”胡克的話很明顯地暗示牛頓，他的波動說是可以做到這一點的。
牛頓聽了胡克的話，便立刻以實驗的證明，將他的波動理論推翻了。然後，牛頓將自己與胡克學說不同的地方一一列舉出來，使得胡克無話可說，這場爭論才暫時結束。
雖然牛頓和胡克的辯論已經停止，可是那些嫉妒牛頓成就的學者，便趁此機會對他的其他學說加以批評。
開始時，牛頓還能忍耐下去，到後來，他認為這樣辯論下去，也不會有什麼好的結果，並會因此而浪費時間，把時間花在這上麵，沒有什麼意義，還不如去做研究。因此，他退出了這場辯論，把全部精力都用在了對化學的研究與探索上。
由於這次爭論的經曆，使牛頓對發表自己研究成果的態度更加嚴謹了，因此，當時的人民很少看到這些偉大的成果。
牛頓的心中一直沒有平複第一次爭論留給他的創傷，但是，真正的學術討論也使牛頓對一些問題的認識變得更加深入，尤其是關於光的本性的思想逐漸趨於具體化。