六月，湯和退休安置於中都鳳陽。
九月，詔令全國衛所督軍屯種。
十月，詔命五軍都督府更定軍士屯田之法。
十一月，北元遼王阿劄失裏、惠寧王塔賓帖木兒歸降。
洪武二十二年（1389年） 六十二歲
是年，元益宗脫古思帖木兒為其族人也速迭兒所殺，也速迭兒篡位，是謂元恭宗。
二月，朱元璋下詔禁止武臣幹預民事；藍玉督修四川城池。
八月，更定《大明律》。
十一月，百夷首領思倫發遣使求降，麓川之亂平定。
明太祖洪武二十三年（1390年） 六十三歲
正月，令晉王、燕王率傅友德、趙庸、曹興等大將出征北元丞相咬住、太尉乃兒不花。
三月，燕王師次迤都，咬住、乃兒不花等人歸降。
五月，下詔遣公侯還鄉；李善長、陸仲亨等開國元勳坐“胡黨”罪被誅；輯成《昭示奸黨錄》頒示全國。
六月，命吏部選耆老有才德、知典故者授官；賜還鄉公侯“鐵冊軍”，名曰保護，實則監視；
十月，重申沿海軍民交通外番之禁。
明太祖洪武二十四年（1391年） 六十四歲
是年，完成賦役黃冊工程；全國共計一千零六十八萬四千四百三十五戶，五千六百七十七萬四千五百六十一人；全國官、民田共計三百八十七萬四千七百四十六頃七十三畝。
正月，令傅友德、王弼、郭英備邊北平。
二月，下令在京師曠土廣種桐、棕、漆等樹，在江南曠土種植苜蓿。
三月，令徐輝祖、李景隆、藍玉等備邊陝西。
四月，冊封第三批皇子為蕃王。
五月，令漢、衛、穀、慶、寧、岷六王在山東臨清練兵。
六月，令禮部清理整治佛、道二教。
七月，遷徙各地富民五千三百戶充實京師。
八月，皇太子朱標巡撫陝西，考察建都關中事宜。
十一月，皇太子朱標返回京師。
明太祖洪武二十五年（1392年）六十五歲
二月，詔令全國衛所軍隊以十分之七屯田，十分之三守城。
三月，改封豫王朱桂為代王，漢王朱楧為肅王，衛王朱植為遼王。令馮勝等十四人分理陝西、山西、河南諸衛軍務。
四月，皇太子朱標薨；涼國公藍玉率師征討罕東，爾後移師鎮壓建昌衛指揮使月魯帖木兒叛亂。
六月，西平侯沐英卒於雲南。
八月，詔令公侯將賜田歸還官府，改為歲給俸祿。
九月，立朱標次子朱允炆為皇太孫。
十月，沐英之子沐春襲封西平侯，鎮守雲南。
十一月，藍玉擒獲月魯帖木兒，解至京師伏誅。
十二月，詔令馮勝、傅友德、藍玉等人兼任東宮師、保官。
閏十二月，以馮勝、傅友德為正、副總兵官，練兵山西、河南，兼領屯衛。
明太祖洪武二十六年（1393年） 六十六歲
是年，規定禁止浙江、江蘇人任職六部。
正月，召令馮勝、傅友德、常羿、王弼、孫恪諸將還京。
二月，藍玉以謀反罪被誅，“藍玉黨案”爆發，諸多功臣被誅；輯《逆臣錄》頒示天下。
三月，頒布《稽製錄》誡諭功臣；《諸司職掌》輯成刊行，書中公布全國共計一千零六十五萬二千八百七十戶，六千零五十四萬五千八百二十一人；全國田土共計八百四十九萬六千五百二十三頃。
四月，詔令有司如遇災荒，先行賑貸而後奏聞。
七月，下詔赦免胡、藍餘黨。
十月，擢國子監生六十四人擔任各省布政使、參政等職務。
明太祖洪武二十七年（1394年） 六十七歲
正月，下令停止外國入貢，惟琉球、真臘、暹羅許之；禁止民間使用番香、番貨；令李景隆為總兵官，鎮守甘肅。
三月，命工部行文教授百姓廣種桑棗；令徐輝祖、吳傑前往浙江練兵備倭。
八月，遣國子監生分赴各地督理吏民興修水利；令吳傑、張銓率退休武臣至廣東練兵備倭。
九月，令徐輝祖前往陝西練兵備邊；在建昌衛置四川行都司。
十一月，穎國公傅友德在禦前自刎身亡。
明太祖洪武二十八年（1395年） 六十八歲
正月，令周王、晉王率河南、山西諸衛軍士出塞，築城屯田。
二月，宋國公馮勝被逼自殺。
三月，秦王朱樉薨。
六月，下詔廢除嚴刑，規定以後嗣君隻守《律》與《大誥》，並永不許複立丞相。
八月，信國公湯和病卒。
閏九月，重定《祖訓錄》，改名《皇明祖訓》；規定嚴禁後世變更祖製；重定諸王、公主歲祿。
十二月，湖廣布政司上報所屬郡縣已種桑、棗、柿、栗、胡桃等果樹計八千四百三十九萬株。
明太祖洪武二十九年（1396年） 六十九歲
正月，頒布《擒獲倭賊升賞格》。
九月，召退休武臣二千五百餘人入京，各賞給大量銀鈔。
十月，詔令給退休武臣進秩一級。
明太祖洪武三十年（1397年） 七十歲
正月，在山西、北平、陝西、甘肅、遼東等省置行太仆寺，掌邊鎮衛所之馬政。
三月，下詔嚴禁民間以金銀交易，嚴禁私茶出境。
四月，再度禁止擅自出海與外國互市；戶部上報全國富民名籍。
五月，《大明律》、《欽定律誥》改定完畢頒行。
六月，附馬都尉歐陽倫因販運私茶被賜死。
十二月，朱元璋始染重病，而後病情好轉。
明太祖洪武三十一年（1398年）七十一歲
三月，晉王朱棡薨。
閏五月，朱元璋於初十日這天駕崩於西宮；閏五月十六日，皇太孫朱允炆奉遺詔即皇帝位，葬朱元璋於孝陵，追諡號“高皇帝”，廟號“太祖”。