在一天的工作時間裏，馬歇爾閱讀報告，寫備忘錄，聽取情況介紹，接見來訪者，出席國會作證；晉見總統，製定影響戰爭進程的重大決策。他不斷用鉛筆在官方備忘錄空白處潦草地寫上各種意見、指示。總統向國會宣讀的戰爭進展情況報告大多出自馬歇爾的手筆。
馬歇爾的工作繁忙而複雜。他曾對艾森豪維爾說，對於像他這樣一個在世界各地都負有責任的參謀長來說，越是接近勝利，事情越難處理。四處都在發生爭吵，各軍種之間在吵，政府和軍隊之間在吵，盟國之間吵得尤其不可開交。
1944年6月6日，美英軍隊在諾曼底登陸後（參見諾曼底戰役），美軍將領認為英軍最高指揮官蒙哥馬利一心想唱主角，因而對他十分不滿，雙方矛盾重重。馬歇爾站在戰勝敵人的最高立場上，必須不偏不倚地處理各種矛盾，使盟軍協力勝敵。協調美軍與友軍的關係也正是馬歇爾的主要責任之一。他不斷提醒盟國歐洲遠征軍最高司令艾森豪維爾說，將軍們都容易變得“虛榮自負”，絕不要忘記，“蒙哥馬利差不多是英國唯一的英雄”，所以不要和他找麻煩。
此時，每個戰場都醞釀著糾紛，許多危機需要平息，許多歧見有待消除。太平洋、地中海、西北歐，每天都有許多問題需要解決，而有些問題決非一天半天所能解決。
在太平洋戰場上，一路殺回菲律賓群島的麥克阿瑟將軍不斷向參謀長要人要物，而海軍是千方百計不讓馬歇爾去注意菲律賓。這樣，馬歇爾就首先要說服參謀長聯席會議其他成員，承認菲律賓群島是合理的軍事目標，應給予大力支援，而另一方麵他又要讓麥克阿瑟了解，從全局出發，不可能對他有求必應。
在中國戰區，馬歇爾不得不撤換他的司令官史迪威將軍。這不是因為這位將軍缺乏指揮才能，而是因為他對中國的蔣介石和東南亞英軍司令蒙巴頓蔑視而不恭，口出妄言。馬歇爾隻好忍痛將他革職。
馬歇爾清楚看到，在抗擊德國和日本法西斯的戰爭中，美軍並非孤軍奮戰，他必須倚重、倚靠甚至倚賴友軍，才能取得最後的勝利。在歐洲戰場上，他始終要求艾森豪維爾遵循他的指示，打敗德軍，贏得勝利，同友軍保持良好關係。在歐戰的最後階段，一些美軍將領要求搶在蘇軍之前攻占柏林，丘吉爾和蒙哥馬利也堅決反對放棄柏林，認為這等於西方把宣傳上的一個大勝利白白丟掉了。但是馬歇爾頂住了這股壓力。在他看來，放棄柏林完全是一種軍事決策。在羅斯福總統剛剛去世，杜魯門總統剛剛上任之際，他必須以軍人的方式進行思考，做出這種符合軍事邏輯的決策，由蘇軍攻占柏林。馬歇爾和艾森豪維爾不能忘記，蘇聯還是西方的盟友。
“是的，我認為我們當時不應當攻占柏林，”馬歇爾後來寫道，“必須記住，我們那時正在努力和俄國人打交道。我們一直同他們並肩作戰。他們是我方武裝部隊的組成部分——非常堅定的一部分。他們在戰爭中起了極大的作用，削弱了德軍力量，對所有這些，我們都要好好加以考慮。在戰爭快要結束的時候，他們變得非常敏感，時刻在注意是否有跡象表明英國人和美國人打算背著他們決定戰爭的結局……”
1944年12月，馬歇爾受領五星上將軍銜。
1945年5月8日，納粹德國終於被打敗了，德軍向盟軍和蘇軍無條件投降。這時馬歇爾已快滿65周歲。他雖然體力尚好，但心力卻不濟了。戰爭幾乎絞盡了他的腦汁。自1941年以來，他每天都要拍板決策，而每個決策幾乎都關係到人的生死和國家的存亡。隨著戰事的擴大，他對全世界所負的責任也加重了，煩惱和憂慮更是有增無減。他是參謀長，不敢有絲毫懈怠，不敢露出絲毫的猶豫。無論是誰，無論是總統、國會、盟國、還是美國人民和將士，都需要有這樣一種信心：任憑混亂，至少馬歇爾方寸未亂，能夠作出決策，爭取勝利。在那前景暗淡、形勢險惡的時刻，人們把他視為中流砥柱，相信隻要跟他站在一起，就能化險為夷。正如英國百慕大總督夫人瑪麗·伯利在1945年春天給他的信中所說：“你前往歐洲途經百慕大時，我們曾一道進餐。記得我當時想，你會加速勝利的到來，這使我對一切都充滿了信心。你一定收到過許多類似的信，但是我還是要向你表示祝賀，祝賀傑出的陸軍取得的輝煌戰果？我還要說，我們極為欽佩陸軍的締造者和指揮者，我們完全認為他替我們贏得了渴望已久的勝利。我還有千萬句讚美的話要說……”