因此，在上麵三種模式下，可以考慮另一種模式，將合管辦從衛生局獨立，成立獨立的政府部門合作醫療事業管理局，全麵管理中國龐大的合作醫療群體。這樣既能保證合作醫療的順利過渡，又有一批懂管理懂業務的人員來負責合作醫療，隨著新的部門成立，加強了其行政執法功能，更有利於對定點醫療機構的費用控製和監管，而這幾年最大的缺陷之一也在於此。
2．新型農村合作醫療參合、籌資與製度缺失和定位問題
合作醫療籌資一直是6年運行頭痛的問題。農村農民的實際情況決定了籌資難。而這種情況與我國的農村管理體製大有關係。製度缺失是導致合作醫療籌資難致命的原因。
合作醫療規定：農民自願參加、自願籌資。合作醫療既要自願又要統籌，這與實際是相悖的。實際上，各地在籌資和參合上也幾乎沒有按照自願的原則，如果按照自願，中國的合作醫療也不可能發展下去。不管和諧社會還是科學發展觀，一種公共政策，總要有一定的規製才能正常運行。而合作醫療是在沒有規製而政府各部門又不得不為了實現其績效而費神勞力所做的一件事情。所以，到頭來，大家都感到一個字：累！
自願參加，麵臨的最大問題就是逆向選擇問題。很顯然，老、弱、病、殘者自然都願意參加合作醫療，因為他們受益的幾率更高。但是，他們收入通常較低，繳費能力有限。年輕健康者收入較高，支付能力較強，但是其受益可能性較低，因而參加意願較低。任其自由選擇的結果必然是大量健康者不願意參加，而參加者多為體弱多病者，甚至在實際中還出現“許多家庭隻為家庭中的年老體弱者支付參加合作醫療的資金”。體弱多病者的集中必然導致醫療開支增長，從而有可能導致合作醫療入不敷出。因此，要辯證地看待參加合作醫療的自願性原則。眾所周知，商業醫療保險采取“自願”投保原則，但幾乎所有商業醫療保險都變相地將60歲以上老人和5歲以下兒童排斥在保險範圍外，因為在“自願”投保原則下，覆蓋全年齡人群的結果將是高危人群願意參加醫療保險，從而達不到風險共擔的目的。
為了使合作醫療能夠持續發展，維持較高的覆蓋率是必要的。要維持較高的覆蓋率，無非有兩種選擇：一是施加一定的強製性；一是維持自願性但設法增加其吸引力。在當前農村環境下，政府沒有辦法通過增加吸引力而使農民自願參加。所以6年了，參合農民的參合率並沒有因為合作醫療的實施和受惠而得到提高，反而在很多地方，由於農民短期無法受益而不再籌資參合。他們一旦得了大病的時候再續交參合基金。再者，每年到了籌資的時候，政府不得不動用大量的人力物力和管理成本來催繳，有不少地方為了達到參合率完成任務不得不墊交，以至於在中國農村新一輪債務正在形成。
有學者提出，實行合作醫療的法律化。但法律是約束人的行為的最後一道防線，對一種健康保障製度實行法律化，無非是強製農民必須參加，但這樣把農民介於一種法律下的保障製度，可能更引起農民的逆反心理？
對農民籌資，必須考慮他的籌資來源。大部分中國農民還是以種地為主，這是其根本的身份。同時，要考慮農民的意識，以什麼樣的形式來收取基金才能使農民接受和歡迎？
在中國，對農民來講，他們最能接受的還是繳納“皇糧國稅”，天經地義。可中國幾千年來的稅費製度現在已經廢除，廢除後農民就滿意嗎？他們的負擔減輕了嗎？在表麵上是減輕了，可土地成本的工農業剪刀差一直存在，政府把本應該在農民土地的收稅轉嫁到企業，企業產品再提高價格轉移到農民，暗地裏農民的負擔還是沒有減輕，所以免除農業稅後，農民發現種地還是不掙錢或虧本。所以要想保證合作醫療的可持續發展，參合和籌資是最重要的。
同分析任何國家任何時期的任何製度一樣，有關中國合作醫療製度的研究也必須重視“製度的關聯性特征”和嵌入式分析。依循這一思路，要分析合作醫療，首先必須對其製度安排本身加以明確定位，然後再分析這一製度如何嵌入在更大的製度環境之中。因此，要保證參合和籌資，必須把合作醫療製度置身於中國宏觀的農村改革之下。要做到這一點，其基礎是實行城鄉平等的分配政策，這樣做不是實施工業反哺農業，對農民給予財政補貼，而是停止實行歧視農業和農民的政策，盡快結束農業資源的流失。在此基礎上，考慮農民的權利和義務，讓農民履行他應該盡得義務，如同曆史按人頭或按地畝征稅一樣，尋找一種農民能夠接受的稅收形式，然後把農民的稅收轉化為健康投資，使農民欣然接受，從而避免勞民傷財龐大費力的收繳成本，使合作醫療順利過渡為全民醫療保險。