總參合率代表社會公平性，根據醫療保險的“大數”法則，社會合作的力量大於每個人經濟力量的簡單相加，保險覆蓋範圍越大，越增加抵禦風險的能力，越體現其社會性和互助性。強迫鄉村幹部為農民墊資繳費、強迫農民參加合作醫療是一時的行為，或許能短暫性的提高參合率，長遠看不可能的，總參合率高了，說明入保者對合作醫療權利與義務知曉率提高了，也表明最低生活保障對象、五保戶參合的概率大了；體現醫療服務利用公平的三個指標，從內容上看有意義但實際可行性差；資源負擔公平的兩個指標體現合作醫療效果性差；對費用負擔公平來說，合作醫療的參保患者中人均個人負擔住院費用占農村人均純收入的比例代表性強，參保患者中人均個人負擔住院費用占農村人均收入的比例體現了參合農民在得了大病後求醫的經濟承擔能力；另外一個代表性指標是次均補償費（門診次均補償費和住院次均補償費），這一指標應當是體現農民受益和公平性的一個重要指標，但要結合合作醫療與非合作醫療次均費用分析才能看出次均補償費使參合農民真正受益的情況。譬如，據調查，實施新型農村合作醫療的地區住院患者人次均補償費是887．8元，人次均住院費是3508．0元，如果參合前的人次均住院費是3000元，參合後需3508元，雖然補給了農民887．8元，可農民真正得到的實惠隻有300元，如果參合前人次均住院費是2500元的話，農民還虧了。
因此，選定的公平性指標是：總參合率、次均補償費、參保患者中人均個人負擔住院費用占農村人均收入的比例和合作醫療與非合作醫療次均費用比，特別是合作醫療住院次均費用與非合作醫療住院次均費用比更能體現參合農民享受合作醫療的公平性，如果二者比值=1，則認為合作醫療與非合作醫療費用上沒有差別，若＞1，則認為合作醫療花費高於非合作醫療，若＜1。則合作醫療比非合作醫療花費低。
3．受益程度
合作醫療最重要的是看參合農民的受益程度。體現農民的受益程度用了4個指標。合作醫療受益率、門診實際補償比、參合者住院實際補償比和合作醫療有效補償比。在這裏沒有考慮合作醫療門診受益率和住院受益率。因為實際調查來看，定點醫療機構不好統計參合者門診總人次，因而無法計算門診受益率；對於合作醫療住院病人來說，補償總人次就是住院總人次，因而住院受益率總是100%，沒有太大參考意義。
結合20個試點縣的反饋情況，總起來看，13個指標從籌資、補償、受益、費用負擔等方麵基本能代表新型農村合作醫療的主要特點和主要方麵。但觀察13個指標的變化時，應當以縣為單位，不適用鄉鎮層次。因為新型農村合作醫療以縣為單位統籌，鄉鎮之間門診補償比、住院補償比、總有效補償比、人均籌資標準是相同的，也不存在各級財政補助占總籌資比例這一指標，還有更嚴格意義的全縣統籌，鄉鎮之間不管籌資多少，一律從總籌資內補償，也就不存在基金結存率這一指標了。鄉鎮之間隻不過在籌資到位率、參合率等指標存在差別，因此若用於評價不同鄉鎮合作醫療實施情況，意義不是太大，而適合於縣、市之間橫向比較。
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