因此，從大病的內涵和外延來看，應該消除“大病”概念上的三個認識誤區：一是凡住院利用不一定都屬於大病，一些住院費用並不會對農民的經濟生活構成重大威脅，農民個人和家庭也完全有能力進行風險自保；二是一些非住院費用的長期、反複性支出也可能對農民的經濟生活構成威脅，需要合作醫療基金給予補償，幫助其抵禦疾病經濟風險；三是“大病”不能以農民疾病費用支出絕對數的大小來劃分，而要結合收入水平，根據農民的最大支付能力來確定。但這樣在實際工作中無法操作，況且對參合農民來說，不到萬不得已是不會去住院的。根據實際情況和現場谘詢，本文將隻要是住院就定為大病，這樣有利於分析農民對合作醫療的利用和受益情況。
另外體現參合者受益情況的是合作醫療門診次均補償費和合作醫療住院次均補償費。20個試點縣中，合作醫療門診次均補償費平均為15．89元；合作醫療住院次均補償費平均684．50元，住院補償較高的是R縣，因不設門診補償，為1953．00元；A縣、F縣大病補償也很高，分別為1498．00元和1796．00元；比較低的是K縣和E縣，分別為193．30元和240．54元。
與補償比相關的衍生指標是合作醫療住院費用個人負擔比例和縣及縣以上住院個人負擔比例、鄉衛生院住院個人負擔比例，合作醫療門診費用中個人負擔比例及鄉衛生院門診個人負擔比例和衛生室個人負擔比例，這些指標體現了參合者費用負擔和衛生服務的公平性。住院費用個人負擔比例平均為69．77%，門診費用個人負擔比例平均為80．00%，其它費用負擔指標如合作醫療人均個人負擔住院費用占農民人均純收入比例，平均為32．15%。合作醫療人均個人負擔門診費用占農民人均純收入比例平均為4．62%。這一指標也過低，似乎用此來說明農民個人負擔情況意義不大。
本次調查，健康體檢率平均為40．20%。健康體檢有的地方走過場，有的地方因為設計“門檻”過高，資金沉澱過多。調查中有一個縣預計年底年底資金竟有70．00%結餘，為了讓農民感受到合作醫療的溫暖，有的地方鑒於資金沉澱而安排體檢，結果適得其反。合作醫療的目標是在充分運用鄉村衛生資源的基礎上使農民受益，不是政府與定點醫療機構的共謀博弈。但作為定點醫療機構的鄉衛生院盼望體檢，衛生院不過簡單的投入一般試劑、一次性針管等，而X線、B超等常規設備本來利用率就不高，增加服務量不會對設備造成什麼影響。因此，據調查，鄉衛生院體檢一個參合農民，可獲得15元收入；而這種體檢對農民來說不過是尷尬的受益。“體檢可以說是農民們受益最小的一項醫療支出。”一位鄉衛生院的院長說，他曾見過一位農民在鄉衛生院查出血壓高達220毫米汞柱和120毫米汞柱，醫生讓他服降壓片、多休息，可他一轉眼就到山坡上去放羊了。“農民的經濟情況決定了他們根本不會重視體檢”；有的參合農民說“我當初參加合作醫療是為了住院看病能報銷，而不是為了1年做1次體檢”。由此看健康體檢是要適當控製的。
將合作醫療與非合作醫療比較，合作醫療與非合作醫療門診次均費用比平均為0．97，合作醫療與非合作醫療住院次均費用比平均為0．99，這說明兩者的醫療費用基本一致。雖然合作醫療的實施可能會促使一些定點醫療機構采取一些不規範行為和不合理收費方式，導致參合農民醫藥費用上升，但總的來看，在費用上是沒有區別的。
關於參合者對衛生資源的利用有2個指標：每千參合人醫護人員數，平均4．07人；每千參合人床位數，平均3．23張，這些指標對合作醫療不敏感，從該省情況來看，現在的衛生資源很多地方不是不足，而是閑置，所以如果用這些指標去評價合作醫療，意義就不是太大了。
關於管理費用。本次調查，管理費用占當年合作醫療支出比例平均為15．44%，N縣最高，達到36．91%；O縣最低，為4．62%，而從醫療保險角度看，大多數國家醫療保險經辦機構管理費用約占總支出2．00%-4．00%左右。隨著合作醫療的運行，管理費是一個很令地方政府頭疼的問題。按新型農村合作醫療規定，“經辦機構的人員和工作經費列入同級財政預算，不得從農村合作醫療基金中提取”。管理費用雖不列入合作醫療基金，但對其測算以控製合作醫療成本是很重要。事實上，同級政府特別是鄉鎮一級，根本無法解決工作經費，又不能違背政策提取管理費，以至成了製約組織開展試點工作的瓶頸。從調查訪談看，合作醫療管理機構辦公經費不到位，不能從基金中支出，地方財政又沒有穩定的撥款機製，撥多少隻是取決於同級政府的重視程度。為了如期開展工作，縣衛生局隻有墊支。拉開工作帷幕後的各鄉鎮，都要在“同級財政”中開支農村合作醫療工作經費，發動群眾參加農村合作醫療人數越多，意味著投入的人力與費用就越大，縣衛生局愁眉苦臉，鄉鎮政府怨聲頗多。合作醫療發動籌資運作的成本主要有：一是宣傳發動成本。貫徹農民自願的原則，就要做大量的動員和宣傳工作。如果農民對基層政府信任度不高，說服成本就增大。農民有很多顧慮，擔心生病住院不能按章兌現補償，擔心資金被挪用，擔心小病不能受益，這都會降低參合率。為了加大宣傳力度，地方上動用了電視媒體、宣傳標語、宣傳單，村務公開等多種形式大張旗鼓地宣傳新型農村合作醫療，為此投入了不少的宣傳費用。試點縣宣傳費平均都在30萬元左右。二是公開農村合作醫療製度、方案所用的費用。印刷農民繳費、補償的合作醫療證開支。調查中發現，有一個縣一次就印刷了10萬本，參加合作醫療者人手一本，憑證交費與領取住院補償。如果工本費每本1元，就是10萬元，支出很大。收費發票收據的開支，按規定，鄉鎮經辦機構收到農民的錢要給農民開出財政統一的正式發票。購買5元一本的發票，一本隻能開出50戶數量，一個鄉鎮隻要發動到30%的農民參加合作醫療，在發票上的開支就相當可觀。
除了上述的開支外，還有一些辦公設備、一年四次上報的統計報表以及經辦機構人員工資等都是大筆支出。
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