從受益情況看，合作醫療總受益率平均為59．89%，C縣和R縣特殊情況，門診不補償，所以總的受益率，也就是住院受益率各為6．09%和2．40%，A縣和G縣受益率較低，各為23．56%和20．84%，主要體現了住院大病補償。受益率較高的是J縣和P縣，各為101．70%和115．30%，兩地門診補償人次較多，2008年7月運行一個周期以來，J縣221673參合人中門診補償219345人次，門診受益率98．95%；P縣2008年8月運行一個周期316230參合人中門診補償352010人次，門診受益率111．30%；住院受益率平均為3．02%。D縣和E縣最高，分別為6．58%和5．79%；門診受益率平均為49．55%，J縣和P縣最高，分別為98．95%和111．30%，T縣和N縣最低，分別為1．52%和5．93%。
補償比也是反映受益程度的一個重要指標。補償比為合作醫療機構支付給患者的醫藥費占總醫藥費的百分比。通常情況下，醫藥費補償比是根據決策者的意圖提出來的，決策者往往希望病人流向基層醫療機構，這樣既可以控製費用，減少資源浪費，又可方便群眾。為將病人流向控製在基層醫療機構，除通過必要的轉診程序以達到目的外，還可在設置補償比方案時將較高層次醫療機構的補償比設計的低一些。此外，若決策者希望保“大病”為主，重點補償住院，則住院補償比應明顯高於門診補償比；反之，若決策者希望保“小病”為主，門診補償比就應高一些。20個縣總有效補償比平均為34．87%，A縣、E縣、H縣較高，都在60．00%左右，C縣、E縣較低，平均17．00%左右。補償比是在滿足疾病需求的基礎上，控製合作醫療基金的一種方式。研究表明，補償比低於20%對參合人沒有刺激作用，補償比高於80%造成醫療服務的過度利用，所以合理的補償比一般在20%—80%之間，20個縣的實際補償比也基本在這一區域。20個試點縣住院實際補償比平均為28．95%，P縣、Q縣較高，平均在45．00%左右；縣及縣以上住院實際補償比平均為25．86%，這一指標是由不同費用段累計計算出來的，結果準確性相對差一些。有的試點縣無法統計不同費用段的住院總費用。鄉衛生院住院實際補償比平均為30．08%；參合者總門診實際補償比、衛生院門診實際補償比、衛生室實際補償比與方案設計中基本一致，平均16．64%。
為進一步考察補償比效應，下麵選取了第一批7個省級試點縣中的6個試點縣結合籌資標準和補償方案進行分析。
從補償方案看，A縣、B縣、C縣、D縣、F縣、G縣6縣的實際籌資標準分別為：50元、20元、23元、25元、23元、15元；資金使用比例基本相近，80．00%用於醫藥費補償、10．00%用於大病救助、5．00%用於預防保健、5．00%為風險金；6縣除了招遠都設立了家庭帳戶，個人帳戶報銷比例基本都確定在20．00%左右，一般都是從農民個人籌資中取出5-10元建立農民個人家庭帳戶，用於農民在鄉村兩級醫療機構中的門診費用報銷，報銷封頂費用一般為個人籌資數額的兩倍，沒有用完的接轉下年。
參合人員的住院費用分段按比例從鄉鎮統籌基金、縣級大病補償基金中支付。鄉鎮補償比例基本由各鄉鎮確定，縣大病補償比例由新型農村合作醫療管理辦公室根據大病統籌資金情況、大病醫藥費用情況確定。6縣都規定了不同費用段底線、補償比例和封頂線，其中，報銷費用段底線以農民每年每戶的純結餘數為參考標準，認為如果家庭成員因病發生的費用為純結餘數，那麼這個家庭全年的純收入可以支付得起，不會因此導致貧困；如果家庭成員因病發生的費用超過了純結餘數，就可能導致貧困，故將風險臨界線以農民每年每戶純節餘為參考標準。在不同費用段報銷比例方麵，D縣做的最詳細可靠，其算法是以當年總籌資與年均醫療費用總額的比值作為參考比例，也就是認為參合農民所發生的醫藥費用按此比例報銷，則完全達到收支平衡，以此比例作為參考指標，對主觀設定的報銷比例試算平衡，得到不同費用段的報銷比例。
按照方案中的籌資標準、基金使用比例和不同費用段的底線、補償比例和封頂線，6縣的基金運營情況如下：A縣統籌收入806．90萬元，統籌支出505．00萬元，結餘301．90萬元；B縣統籌收入979．00萬元，統籌支出850．00萬元，結餘129．00萬元；C縣統籌收入1350．00萬元，統籌支出1489．00萬元，超支139．00萬元；D縣統籌基金1202．55萬元，統籌支出1290．25萬元，超支87．70萬元；F縣統籌收入643．80萬元，統籌支出522．00萬元，收支結餘121．80萬元，G縣統籌收入748．02萬元，統籌支出712．30萬元，結餘35．72萬元；除C縣和D縣透支外，其它均結餘，A縣結餘較多，占統籌收入的37．00%，提示應在擴大參合人數的基礎上，降低費用段最低補償線、擴大補償比例；B縣、F縣和G縣平均結餘10．00%，基本上收支平衡。
在這裏，衡量合作醫療基金運營情況的兩個指標是：合作醫療統籌基金支付比和合作醫療統籌基金結存率。20個縣平均支付比和結存率分別是76．06%和23．94%。基金支付比最高的是C縣、D縣和P縣，分別為110．30%、107．29%和100．30%，實際三縣已經透支，H縣基本平衡（98．00%）；支付比較低的是N縣、Q縣和T縣，分別為30．29%、32．80%和37．72%。上述A縣、B縣、C縣、D縣、F縣和G縣6縣的支付比依次為：73．00%、86．90%、107．29%、110．30%、95．35%和81．08%。
關於大病補償額占住院費用總支出的比例，在本文中實際就是住院有效補償比。在這裏關鍵是對“大病”的界定。理論上根據保險學的風險理論，經濟風險的大小是由風險概率和風險損失額兩方麵決定的。疾病經濟風險概率是指疾病經濟風險發生的可能性大小，疾病風險損失額是指疾病造成的經濟損失。參合人群的醫療費用支出是風險損失額，對“大病”的衡量，不能僅僅看風險損失額的絕對量，而要看就醫者醫療費用支付水平的邊際大小，即當事人的經濟承受能力。我國農村新型農村合作醫療實施大病統籌，就是要幫助農民抵禦重大疾病風險，以緩解農民的因病致貧和因病返貧。依據這一目的，新型農村合作醫療製度關於“大病”的界定應該是參合農民患病後支付多少金額的醫療費用就可能論為貧困人群。貧困有絕對與相對之分，絕對貧困是指不能滿足基本生活，不能進行簡單再生產；相對貧困是指居民生活低於社會公認的基本水平，缺乏擴大再生產的能力。對貧困的測量有許多方法，通常被研究者引用或介紹的有：熱量支出法、基數法、基本需求法、非必需品剔除法、恩格爾係數法、主觀最小消費法、國際貧困標準法、收入平均數法和收入等級法等。