當美軍飛機飛走、坦克也停止了進攻的時候，日軍又開始拚命向北方奔跑。逃跑的路上的河麵橋梁已被美機炸毀，於是日軍臨時架設了一座木橋。但河水泛濫，木橋左搖右晃，到了後半夜，河水不斷上漲把橋和橋上的人一起衝走了，岸上頓時更加擁擠。
日軍心急如焚，周圍全是平緩的丘陵地，隻有低矮的野草，沒有藏身的樹林。果然，天一亮，幾十架美國飛機來了，進行了對地掃射。正在這時，美軍坦克也跟了上來，坦克炮像毒蛇噴吐毒汁一樣發射著炮彈，日軍傷亡慘重。
而這樣的場麵，幾天以後再一次重演。當時日軍正由農場學校出來向山坡上爬，美國飛機發現再次出現。而日軍僥幸逃過的人，在到達少數民族內格裏特人的住所後，又找不到一粒米。
饑腸轆轆的士兵在內格裏特人的房旁邊發現了一種小粒的紅色果，放在嘴裏一嚐，略有甜味。可是在邊吃邊找的過程中，有人開始喊肚子痛，吃得過多的人竟突然死去！還有一種生長在藤枝上的果實，像黑豆那樣大，一些人吃後也中毒身亡。
沒辦法，後勤部隊隻有殺了用來馱東西的水牛充饑。丟下的骨頭和牛皮等物又被兄弟部隊撿去“物盡其用”。到了這種時候，老鼠也成了日本士兵最喜歡的“美餐”。
日軍這種痛苦的日子一直持續到8月中旬。一天，躲在森林中的日軍士兵們終於發現，一直在頭頂盤旋的美國飛機不見了——戰爭結束了。
美國第6集團軍司令克魯格指揮9個師總共打死了10多萬日軍，美軍各部隊也因此疲憊不堪。
直到戰爭結束，呂宋島的高山密林裏仍遊蕩著將近6萬日本軍人。他們彈藥短缺，糧食匱乏，根本談不上什麼頑抗，隻是為了生存，在叢林中到處覓食，在極度饑餓中苦熬著看不見盡頭的日子罷了。
一向養尊處優的山下奉文倒沒有受到饑餓的威脅，但他於8月15日從廣播裏收聽到日本天皇裕仁的停戰詔書，知道死守菲律賓沒有用了。8月21日，他接到了南方軍司令部關於停戰的命令。
9月3日，山下奉文同方麵軍參謀長武滕章、西南方麵艦隊司令大川內傳七前往碧瑤城內的高級專員別墅去簽署投降書。當山下奉文再次出現在碧瑤小城的街道上時，他已不再是小城的絕對統治者，沒有了當年勝利者的那種霸氣，幾個月的野外生活令當年號稱“步兵炮”的強悍之徒疲憊至極。
山下奉文想到了作為一名戰敗者向敵人投降的難堪，想到了徹底解除武裝、向勝利者雙手奉上指揮刀的窘境，但他根本沒有想到，前來參加投降簽字儀式的盟國代表之一，就是曾在幾年前打著白旗向他投降的英軍將領帕西瓦爾。
由於山下隻能掌握駐在高山防線上的日軍部隊，控製不了那些鑽在密林中躲避美軍飛機的散兵遊勇，致使日軍各部隊陸續走出密林向美軍投降的事拖了很長時間。
直至7月上旬，菲律賓群島的大規模戰鬥行動結束。此役，日軍被殲45萬人，損失艦艇68艘、飛機約7000架（其中特攻飛機700餘架）；美軍傷亡6.2萬餘人，損失大型艦隻21艘、飛機900餘架。
美軍憑借海空優勢，采取集中兵力、中間突破戰術給日軍以毀滅性打擊，切斷日本掠奪南洋戰略物資的海上運輸線，為盟軍進攻日本本土創造了條件。
1945年2月27日，馬尼拉全城被美軍占領。這天上午11時，麥克阿瑟與菲律賓總統奧斯梅納在一大批高級軍官的陪同下，步入在戰火中奇跡般地幸存下來的馬拉卡南宮，舉行恢複菲律賓立憲政府的儀式。
儀式開始後，頭戴菲律賓元帥帽、身著軍便服、鼻子上架著一副太陽鏡的麥克阿瑟站在麥克風前，他像在萊特島上一樣，發表了重返菲律賓首都馬尼拉的演說：
“女士們，先生們，馬尼拉居民們，美軍官兵們，全體菲律賓國民們……
“3年多的歲月過去了，它們是苦難的歲月、鬥爭的歲月和犧牲的歲月……
“……這裏遭到了巨大的摧毀，但這些化為灰燼的建築將會按它們的原樣重建。總統先生，全力以赴，擔負起責任，率領國民們重建家園吧！
“我代表我的政府莊嚴聲明，將憲法規定的一切權利和責任交還給菲律賓共和國政府。你們的國家必將在自由世界的大家庭中獲得它的榮譽和地位。你們的首都盡管被摧殘得瘡痍滿目，也必將恢複到它應有的地位……”
講到這裏，麥克阿瑟的聲音已經有些哽咽，他停頓了好大一會兒，會場鴉雀無聲。
最後，麥克阿瑟擦去麵頰的熱淚，用蒼老而嘶啞的聲音結束了他激動的演說：
“我謙卑地、虔誠地感謝上帝，給予我們軍隊偉大的勝利。我請求在座各位同我一起，高聲頌念主禱文……”
麥克阿瑟知道，此刻，他終於真正地回到了菲律賓。