意大利海軍方麵，9月9日淩晨3時，意大利主力艦隊奉命撤離拉斯佩濟亞港。很快，主力艦隊與從熱那亞港撤出的3艘巡洋艦會合。
9月9日這一天充滿了戲劇性的事情。盟軍登陸意大利時，有一艘意大利魚雷快艇未能接到停戰命令，攻擊了一艘盟軍巡洋艦。不過，盟軍想辦法使那艘快艇相信意大利停戰了。這是意大利海軍對盟軍的最後一戰。
德軍很快清醒過來，立即根據原計劃開始進駐意大利的各個城市和港口。意海軍無力阻止德軍占領港口，因為港口的對陸防禦是由德軍負責的。不過，意大利海軍抗德的行動還是到處發生著，很多無法離港的艦艇反抗著德軍。當然，這些反抗是無法阻止德軍占領港口的。
當天晚上，德軍占領了沿第勒尼安海岸的所有南部港口，包括撒丁島和科西嘉島的港口。那些無法離港的意大利軍艦大多數自沉或者炸毀。
★“羅馬”號的沉沒
最大的悲劇是意大利戰列艦“羅馬”號的損失。15時50分，當意艦隊駛入科西嘉島以西的阿齊納臘島附近海域時，看到一些飛機飛來。意艦隊以為是盟軍的飛機，因此並未采取防空措施。
沒想到那些飛機是德國的，德國飛機第一次使用了火箭炸彈。“羅馬”號的前部彈藥艙中彈，引起了大火災。20分鍾後，彈藥艙爆炸，戰列艦緩緩下沉，該艦上的全部軍官和大部分的水兵都與艦沉沒。“意大利”號也受傷了，但並未受到重創，因此繼續前進。
9月10日，德軍占領羅馬附近的3個海軍無線電中心。意大利海軍部通過電台，繼續通知各艦隊和商船執行停戰協定。
9月11日，德軍派衛兵在意大利海軍部門口站崗，並未進攻海軍部。因此，意大利海軍部人員繼續工作。9月12日下午，代科爾坦海軍上將從布林迪西港發來電報：“我已直接行使對海軍的指揮權。”意大利海軍部立即停止了工作。
在意大利北部各港口，有很多小艦艇反抗德軍。這些艦艇努力衝出港口或者向南方的馬耳他島駛去時，遭到德軍飛機、港口岸炮、海岸炮和各種武器的攻擊。這些遭遇戰，使雙方都付出了慘重的傷亡。
9月12日，在卡普裏港的意大利魚雷快艇群和其他輔助艦艇奉命接受英美海軍的指揮。
9月13日，英國人問達紮拉，能否派兩艘驅逐艦赴阿雅克肖去幫助意法部隊進攻德軍。達紮拉馬上出動“勒季翁納裏奧”號和“奧裏昂尼”號執行任務。由於當時的意大利政府隻是個空架子，結果在前線以南的軍政組織全都接受意大利海軍的領導。
由於盟軍隻占領了意大利南部，意大利海軍不僅保衛南部各海軍基地和海岸的防禦工事，而且還要訓練地麵部隊以保衛受到德軍威脅的南部各軍區。意大利海軍加強了新的防禦工事和組織大量的勤務部隊。意大利海軍重點加強了防空炮火，其中有很多防空炮是盟軍提供的。意大利海軍迅速訓練了大批防空炮兵，讓他們使用這些新式防空炮。
9月23日，代科爾坦在塔蘭托港與坎寧安會見，協商把意艦隊移交盟國艦隊使用，以便盡早結束戰爭。坎寧安認為意大利至少應把部分軍艦移讓給盟國，以賠償盟國的損失。代科爾坦在原則上接受該要求，但表示這件事應該等待有關政府來解決。坎寧安表示同意。就這樣，代科爾坦與坎寧安達成了“君子協定”。
後來，英國和美國宣布不要意大利的軍艦賠償。意大利與法國、希臘達成“君子協定”，將若幹意艦賠償給它們，隻有蘇聯繼續要求把意艦隊全部賠償給盟國。
10月13日，意大利的巴多格裏奧政府正式向德國宣戰。同時，英、美、蘇3國政府紛紛發表公告，承認意大利為盟國一方。