進一步放開放活小型科研機構，以多種所有製形式和經濟組織形式向企業轉製。智力密集的中小企業是高新技術產業發展中最具活力的。全國目前有數千個中小型科研機構，除少數需要通過計劃任務給予支持外，多數機構要通過多種形式放開、放活，進入市場，依靠智力優勢尋找更多的高新技術產業生長點。以改革產權製度為突破口，鼓勵中小型科研機構通過股份合作製、股份製、出租、出售等形式轉成中小型科技企業。同時鼓勵和扶持以科技人員為主體的民營科技企業的發展，發揮其高新技術產業生力軍的作用。推動有條件的科技力量進入企業，運用高新技術促進傳統產業的技術升級，增強企業的技術創新能力。引導和支持科技實力強的一批行業大院大所，與相關大企業聯合，大力開發冶金、石化、化工、建材、機械等傳統產業技術升級和產品、工藝更新換代所亟須的新技術，加快成果轉化和擴散，促進傳統產業改造。同時，配合國有企業改革，繼續鼓勵和支持一批科研機構進入企業或企業集團，特別是進入國家正在醞釀組建的大型企業集團，共同組成科研生產聯合體。在組織結構上實現緊密結合，提高技術創新能力，參與國際競爭。允許一些科研機構打破所有製界限，進入民營科技企業及其他非國有企業，實行跨所有製的資產重組。支持和鼓勵企業從事研究開發和技術改造，逐步成為科研投入和技術開發的主體。大力發展科技服務產業。要推動一批科研機構向第三產業轉移。根據本地區、本行業科技進步的需要，大力開展技術中介、技術谘詢、技術信息、技術孵化、技術培訓等技術服務工作。有條件的機構要拓展業務領域，吸納從國有企業下崗的經營管理人才、專業技術人才和技術工人，由單一的科技服務向綜合服務發展。加快高新技術產業開發區的建設步伐。在開發區創造更加適宜的政策環境和基礎設施條件，加強高技術創業中心、大學科學園建設，促進高新技術成果的孵化、轉化，更廣泛地吸引社會力量到區內興辦、發展高新技術企業，使開發區成為我國高新技術產業的重要基地。
（2）優化農業科技力量布局，為實現農業發展目標提供科技動力。強化農業科技基礎，積極推進農業科技革命。堅持自主研究與技術引進相結合，高新技術與常規技術相結合，科學研究與轉化推廣相結合，在一些關鍵技術領域盡快突破，為本世紀農業上新台階積累充足的科技成果儲備。要把最新科技成果，特別是生物技術、信息技術等高新技術成果，加速應用於農業生產，培育高產、優質品種，開發高效、低毒新型農藥，推廣科學耕作方法和節水技術，改造中低產田和生態脆弱地區，發展可持續農業。大幅度提高農副產品深加工技術和裝備水平，促進與農業資源開發、深加工利用相關的農村區域性支柱產業的發展，加速農業產業化經營進程。力爭到2010年，在動植物新品種選育、資源高效利用、農業工程裝備及生物技術等方麵取得重大突破，使科技進步貢獻率達到60%，關鍵農業技術領域達到世界先進水平，農業發展進入中等發達國家行列。要根據上述任務，進一步優化農業科研機構的力量布局，加強農業科技體係和技術推廣服務體係建設，使產前、產中、產後三個環節的科技力量合理配置。逐步改變農業科研機構按行政區劃設置的格局，建立以農業生態類型區為基礎的新型科技組織結構。以國家和部分省（市）農業科研機構、大學為主體，重點“穩住”麵向以社會效益為主的大宗農產品的科研力量，以及少量基礎性研究機構，調整專業結構和人才結構，將主要力量用於基礎研究、應用研究、全國性重大研究開發和科技服務工作，著重解決全局性、基礎性、關鍵性的重大科技問題。
（3）圍繞可持續發展戰略，調整社會公益型科研機構布局。對真正從事社會公益類研究的少量綜合性大院大所，要優化專業、學科設置，分流人員，選拔出一支精幹的科研隊伍，由國家給予穩定支持；其餘人員分流進入市場，自我發展。從事醫藥、水利工程、環境保護產品等研究開發的機構，比照開發類機構，或實行企業管理製度，或整建製改造成企業、進入企業。科技服務類機構結構調整的目標是進入市場、自我發展。近期內要鼓勵多種模式的大膽探索。對情報信息類機構，要打破條塊分割，逐步構建網絡化、社會化的全國科技信息服務網，作為科技服務體係的有機組成部分。一般信息類機構逐步向信息谘詢企業轉製。