《上諭內閣》所收諭旨，是否是雍正實發上諭的全部呢？這是可以用《雍正朝起居注》、《清世宗實錄》的有關部分對照出來的。“起居注”的書寫，一月一清，第二年年初要把頭一年的繕清定稿，因此，雍正九年完成的《上諭內閣》部分，都出於前七年的《起居注》之後。《清世宗實錄》成書於乾隆六年，與《上諭內閣》中雍正八年以後部分完成的時間恰相一致。將這三部分加以對照，發現《上諭內閣》與《實錄》兩見的文字，從八年起，幾乎完全相同，這本是乾隆間同時搞的，也是互抄的，相同就是很自然的了。但是《上諭內閣》前七年部分與《起居注》兩見的文字則有一些不同。如元年四月二十日向大學士九卿諭朋黨之弊，“起居注”雲：
……一結朋黨，兩黨必致一傷。皇考執中宥物，各與保全，不曾戮及一人。爾諸臣內不無立黨營私者，即宗室中亦或有之，爾等若以蒙皇考寬大，幸免罪愆，仍蹈前轍，誘惑朕之無知弟侄，不改惡習，徒致殺身滅族，有何益處，昏昧極矣。《上諭內閣》則稱：
……兩相結黨，必致一傷。唯我皇考允厥執中，至仁至宥，各與保全，不曾戮及一人。爾諸大臣內不無立黨營私者，即宗室中亦或有之，爾等若以向蒙皇考寬大，幸免罪愆，仍蹈前轍，誘惑朕之無知弟侄，必致殺身覆族。昏昧極矣。由此可見，《起居注》記載最接近雍正原話，《上諭內閣》則是在文字上作了一些更動，以便文氣流暢，而在意思上沒有什麼兩樣。還有一些改動就不同於此了，如“起居注”二年五月二十七日記雍正指斥允禩朋黨，原文是：
廉親王至今與朕結怨，特為此〔指朋黨〕耳。廉親王之意，不過欲觸朕之怒，必至殺人，殺戮顯著，則眾心離失，伊便可以希圖僥幸成事，雖然伊不過作此妄想耳。……即今黨羽之人尚猶末息，譬如抄沒石文桂家產時，大學士馬齊不知從何得信，於先一日晚間通知將各樣物件俱皆藏匿。《上諭內閣》則記為：
廉親王至今與朕結怨，亦即此故。今廉親王之意，不過欲觸朕之怒，多行殺戮，使眾心離散，希圖撓亂國家耳。《上諭內閣》隻說允禩等結黨“希圖擾亂國家”的罪責，比《起居注》說的“希圖僥幸成事”輕得多。同時把對馬齊的那段指責刪掉了。為了疏通文字而發生的改變，沒有多大關係，變更意思的改動是說明認識上發生了變化，又要維護皇帝的威信，而作出的騙人之舉。總之，就改動情況而言，文字上居多，在涉及到某些人物和事件評價時，有的作了變動，但並非變異原貌，而是局部的變化。《上諭內閣》前七年部分與《實錄》兩見的文字，後者又對前者作了一些變異，其情形大體上與《上諭內閣》對《起居注》的改變相同。所以從史料價值上看，《起居注》最高，《上諭內閣》其次，而《實錄》最差。
雍正在彙編《上諭內閣》時，命允祿編輯關於八旗事務的諭旨，允祿也於九年（1731）完成，命名為《上諭八旗》。
《朱批諭旨》
有人認為《上諭內閣》“名為臣工所繕錄，實與禦劄手敕無以異”。事實上，《上諭內閣》與雍正手書的《朱批諭旨》畢竟有所不同。雍正勤政，每日批覽奏折，經常用朱筆作批語，或行間寫，或折尾寫。因為這些奏折都是直達禦前的，隻給皇帝看的，批語完全出自雍正一人，誠如他所說：“此等奏折皆本人封達朕前，朕親自覽閱，親筆批發，一字一句，皆出朕之心思，無一件假手於人，亦無一人讚襄於側，非如外廷宣布之諭旨，尚有閣臣等之撰擬也”。
雍正在敕令整理《上諭內閣》的同時，編輯《朱批諭旨》，十年（1732）書成，發上諭，說明他批覽奏折的情況和輯書的原因，他說奏折是秘密的，朱批不為人所知，但其內容“可為人心風俗之一助”，故而加以公布；同時還可使臣民“鹹知朕圖治之念，誨人之誠，庶幾將此不敢暇逸之心，仰報我皇考於萬一耳”。該書於十一年（1733）刊刻成功，頒發給臣僚。乾隆三年（1738）又出了新的刊本。
據雍正在十年（1732）講，朱批奏折不下萬餘件，《朱批諭旨》所收不過是它的十分之二三。其撰折人都是外任文武官員，內官臨時差遣在外者間的也有。今傳乾隆本，具折人二百二十三人，大約收有七千件朱批奏折。
朱批奏折的件數，遠遠超出雍正估計的萬餘件，台北“故宮博物院”收藏有二萬三千多件，具折人約一千名。雍正時把這些奏折分為三類，一是“已錄”的，即刊載於《朱批諭旨》上的；一是“不錄奏折”，一九三○年故宮博物院出有《雍正朱批諭旨不錄奏折總目》，反映了這類奏折的一部分情況；再一種是“未錄奏折”，即準備公開而沒有公布的。
紀昀把雍正的勤於閱讀奏折和寫朱批，與曆代帝王作了比較：秦漢以後，皇帝對於奏章，有看有不看的，即使禦目了，批上一個字，名曰“鳳尾諾”，沒有連篇累牘，一一對奏疏作手敕的；唐宋以後，皇帝的文章多是臣下代草，偶爾寫幾個字的就傳為美談，哪裏有雍正那樣“句櫛字比，標注甲乙，無幾微不到者”，真是“書契以來所未嚐聞見者”。雍正寫了那麼多的朱批諭旨，確實是前無古人，後無來者。
《朱批諭旨》所公布的文獻，與原來的奏折及朱批，亦不盡相同。比如：《朱批諭旨》所收廣東巡撫傅泰的八年十月十九日的奏折，與《清代文字獄檔》所公布的同一折子的檔案有數處不同：（甲）檔案詳細，如傅泰報告宣講《大義覺迷錄》情況，《朱批諭旨》中不載；檔案中有傅泰報告發現屈翁山文字悖謬的一段議論，有敘及屈翁山子屈明洪投監後的一番議論，《朱批諭旨》中皆無。（乙）檔案中“及臣近敬看《大義覺迷錄》內”一句，《朱批諭旨》作：“及臣近日敬看頒到《大義覺迷錄》內”。（丙）檔案記屈明洪供，對其父文集“曾察閱”，《朱批諭旨》改作“未曾察閱”。（丁）檔案中朱批原文是“糊塗煩瀆，不明人事之至”。《朱批諭旨》則為“殊屬糊塗煩瀆，不明事體之至”。這些改動，有的沒有改變原意，有的則大有出入。
《世宗憲皇帝禦製文集》和《世宗憲皇帝聖訓》
雍正能作各種體裁的文字，如在中國第一曆史檔案館收藏他的朱諭中，載有他草寫的對子和未完成的詩詞，即“天清地寧四序成，恩覃九有仰文明”，“一廷和氣慶豐盈，願抒愚悃體維城”，“仰成仁考四方寧，九秋嘉節公清明。普天率土安豐盈”。他的詩文，在乾隆統治時期則彙編成集子，名《世宗憲皇帝禦製文集》，共三十卷，其中文二十卷，詩十卷。文分十三種體裁，有諭，詔，冊文，論，記，序，雜著，題辭，讚，題跋，碑文，祭文，誄。這類作品，大多見於《上諭內閣》、《清世宗實錄》等書，但它將重要諭旨集中了，便於人們尋找利用。詩分《雍邸集》（七卷）和《四宜堂集》（三卷）。雍邸詩是在皇子時所作，是在雍正四年作序刊刻的。他皇子時代的傳記資料不多，該集輯錄他隨從康熙巡幸的詩歌，可當作曆史資料看待。“四宜堂”是圓明園的一個處所，該詩集作於雍正當皇上之時，除給大臣的賜詩反映朝政外，就是他宮廷生活的紀錄，也有史料價值。
乾隆時在修纂《清世宗實錄》和續編《上諭內閣》中，又編輯成《世宗憲皇帝聖訓》，由乾隆在五年（1740）作成序言，剞劂問世。《上諭內閣》是編年體的，“聖訓”則把上諭按類編排，全書三十六卷，分三十類，為聖德，聖孝，聖學，聖治，敬天，法祖，文教，武功，敦睦，用人，恤臣，愛民，恤民，察吏，訓臣工，獎將士，廣言路，理財，慎刑，重農桑，厚風俗，治河，捐賑，積貯，謹製度，崇祀典，篤勳舊，褒忠節，綏藩服，弭盜。由於它是按問題分類，便於讀者查找他的有關言論，而其內容，遠不及《上諭內閣》豐富。
《聖諭廣訓》和《大義覺迷錄》
聖祖康熙作“聖諭十六條”，作為約束民人的規範，雍正即位後對它加以說明，於二年（1724）刊刻頒發，命名《聖諭廣訓》，於各地宣傳。他作序言，說明頒發緣由。一為繼承康熙遺誌：“朕纘承大統，臨禦兆人，以聖祖之心為心，以聖祖之政為政，夙夜黽勉，率由舊章，惟恐小民遵信奉行，久而或怠，用申告誡，以示提撕”。二為小民“共勉為謹身節用之庶人，盡除夫浮薄囂淩之陋習，則風俗醇厚，室家和平”。該書是雍正用較通俗的語言，向臣民，尤其是鄉曲小民灌輸三綱五常的封建倫理之作，是約束臣民的行動之舉。
《大義覺迷錄》從內容上講，與《聖諭廣訓》並不相同，但在宣傳上則是一致的，都要做到家喻戶曉。《大義覺迷錄》是關於曾靜投書案和呂留良文字獄的曆史紀錄，它彙集了雍正關於這兩個案子的主要上諭，說明了審案過程及結案的處理意見。全書分四卷，還包括《奉旨訊問曾靜口供》，其中有問有答，問話是承審官員轉述雍正的問題，雍正就此闡明他的一些看法。這本書還附錄了曾靜的《歸仁錄》。這本書具有很高的史料價值，所謂雍正篡改康熙遺詔，改“十”字為“於”字，所謂仁壽皇太後為允遭囚而自戕，均隻見於此，而為其他史籍所無。雍正公布這本書，是為說明他嗣位的合法性，乾隆認為這個問題不宜於公開講，就把這本書列為禁書，因此更抬高了它的價值。
《執中成憲》、《悅心集》和《庭訓格言》
雍正於六年（1728）二月，命儒臣采錄經史子集所載古代帝王的功德謨訓、名臣章奏和儒家聖賢的語類。諸臣邊輯錄邊進呈，雍正親加刪定，至十三年（1735）五月書成，名《執中成憲》，共分八卷。該書先錄前人言行，雍正為之作論——“禦製論”。如就“商王太甲曰：天作孽，猶可違；自作孽，不可逭，”作論：“天以仁愛為心，必無作孽於人之理，此皆由人之自取也。其雲天作孽者，乃人有過失，天降災異以示儆，而人能恐懼修省，自可潛為轉移，故曰猶可違也。若有過愆，而上天垂訓，仍無忌憚，不知畏懼，故曰自作孽也，其能逭乎。”在這裏他發揮了他的天人感應論見解。他用這本書闡發他的儒家的政治觀點，因此乾隆讀了該書，知其父的“聖心聖學實於堯舜孔子同揆，而汲汲於是編，則專以啟迪我後人，示之標準也”。這本書在雍正生前沒有印刷，於乾隆元年才得以問世。
四年（1726），雍正把他在藩邸時編輯的《悅心集》刊刻出版。該書共四卷，收錄曆代政治家、思想家、僧道及一般文士的著述，或一文，或語錄，或一詩一詞，錄後有雍正對作者的介紹，別無評論，選編者的意思完全從選文中表現出來。卷一收有陶潛的《歸去來辭》、《桃花源記》及劉禹錫《陋室銘》、黃洽《五不欺》、林逋《省心錄》、邵雍《為善吟》、釋令遵《法語》，卷二選有歐陽修《歸田錄》、朱熹《敬恕齋銘》，卷三輯入唐寅《一世歌》、《花下酌酒歌》及陳繼儒《警世通言》，卷四錄有趙燦英《安命歌》、馮其源《題布袋和尚》及無名氏《醒世歌》、《知足歌》，等等。這些內容，無非是勸人樂天知命，清心寡欲，與世無爭，自得其樂，充滿釋老的觀念。雍正以搞這樣的閑書，說明他皇子時追求清淨無為，醉心做一閑人，掩蓋他參予爭奪儲位的事實。這也是他在雍正四年把它出版的原因之一。十二年（1734），賜給直隸總督李衛一部，並告他：“公務餘暇，時一展對，頗可悅目清心。朕及卿輩翻閱此書，大似山僧野客觀覽朝報而談時政，殊為越分妄想，每一思之不禁失笑”。李衛閱後，奏言由此知“皇上龍潛藩邸，隨境而安，澹泊寧靜”。李衛又說：“伏讀集中，如黃洽之矢不欺，林逋之戒沽名，邵雍之勉為善，司馬光之勸知足，皆古來名臣大儒以忠君愛國之心，抒樂天知命之致。其他單詞片語，無非去妄止貪。不同晉人清談，惟誇曠懷逸誌，實為覺世名言，修身至寶。皇上以之涵養聖心，即以之教訓臣下，使氣質化於和平，性情歸於恬淡”。
八年（1730），雍正和允祉等為了追記先父康熙對他們眾兄弟的教誨，得二百四十六條，成《庭訓格言》一書，雍正親自為書作序文，說可從這些語錄見其父對“天、祖之精誠，侍養兩宮之純孝，主敬存誠之奧義，任人敷政之宏猷，慎刑重穀之深仁”。雍正是以追念父祖之聖德，教導兄弟子孫如何處世。這本書所說的康熙語錄，既是雍正追憶，很難準確，肯定含有雍正的思想成分，一定程度上可以作為研究雍正思想的資料。
《禦選語錄》和《揀魔辨異錄》
這是雍正編輯的關於佛學的兩本書，都成書於十一年（1733）。
雍正青年時代就研究佛學，也以精通佛學自居，他為貫徹他的宗教思想，控製佛教，參加當時釋子內部的教義之爭，編輯兩本書，把禪宗、淨土宗名僧和道士紫陽真人的語錄選集成《禦選語錄》，全書十九卷，第十二卷是他的語錄，即《和碩雍親王圓明居士語錄》、《圓明百問》。他為該書作了《禦製總序》和《禦製後序》，說明他學習佛學的過程和出書的目的。書中每一卷的開首，又有他作的小序。
如果說《禦選語錄》是正麵講道理，《揀魔辨異錄》則是批駁性的。他認為明末禪僧漢月藏、譚吉忍師徒的《五宗原》、《五宗救》背離了佛家宗旨，是邪說，由於它得人信仰，有使禪宗陷入魔道的危險，乃與它作鬥爭，摘出漢月藏師徒語錄八十餘條，逐一辨難，因名《揀魔辨異錄》。
此外，雍正還有一些朱諭，在中國第一曆史檔案館收藏的有九包，總計四百二十七件，其中絕大部分是雍正用朱筆所寫，少量係由他人墨書，雍正閱時作了個別文字改動。墨書者多收入《上諭內閣》等書，而大部朱書的則未見公布，頗有閱讀的價值。