征噶爾丹
青海和碩特叛亂首領羅卜藏丹津逃亡準噶爾，為策妄阿拉布坦所接納，清朝政府索要，策妄阿拉布坦拒不交出，由此可以看出雙方處於敵對狀態。這是康熙末年雙方關係的繼續。
自從撫遠大將軍允在康熙六十年五月移駐甘州（張掖），對準噶爾采取進攻的態勢，但是康熙實行的是防禦性手段，沒有深入賊巢徹底消滅叛軍的打算。雍正即位後，即以兵丁在前線日久，勤勞過度，撤回內地。與此同時，策妄阿拉布坦也派遣使臣根敦到京城講和，雍正則厚禮相待，以事籠絡。時值雍正二年（1724）元旦，該使臣要求隨同廷臣一起朝賀，雍正讓他與朝鮮使臣一道行禮，事後，雍正說“其行禮時，光景十分虔敬”，大約是反映了策妄阿拉布坦講和的一些誠意。因此，雍正派佛保等到準噶爾議和，然遇到羅卜藏丹津的幹擾，談判頗不順利，策妄阿拉布坦又遣人至京，雍正如同前次厚禮相待。但是沒有商談出結果，雙方依然處於敵對狀態。雍正因內部事務繁多和經濟力量不足，暫不用兵，而密切注視對方的動靜，尤其留心它同西藏的關係和它對喀爾喀蒙古的侵淩。因此，雍正初年，受形勢所迫，雍正渴望和談，實際上是采取的守勢，與康熙末年以攻為守有所不同。
雍正隨著政治改革的實現，政局穩定，財力充足，就具備了解決準噶爾問題的條件。五年（1727）初就籌謀討伐準噶爾，及至阿爾布巴叛亂事發，促使他下決心用兵，到五年年底，他說：“（準噶爾、西藏）二處實為國家隱憂，社稷生民憂戚係焉，所以聖祖明見事之始末利益之意，滅取準噶爾，安定西藏者，聖知灼見，不得已必應舉行者也。”他認為阿爾布巴事件，正是討叛伐罪的機會，決心六年解決西藏問題，七年轉向準噶爾，“命兩路整大兵勒取，相機聲罪致討，必滅此而後朝食”。同年，策妄阿拉布坦死，子噶爾丹策零繼立，雍正認為是可乘之機，從而促使他下定用兵的決心。
雍正開始籌劃用兵事宜，隻同怡親王允祥、大學士張廷玉、嶽鍾琪等極少數人密商，因事關錢糧，戶部尚書蔣廷錫時或參與商討此事。雍正取得了他們的支持，決定兵馬糧餉屯守進取的方略。
雍正備戰首先重視的是軍士的挑選和訓練。五年（1727）十一月密令河南、山東、山西三省督撫，在步兵內各揀選二千人，他們不必善長弓馬，但要能放鳥槍，以備駕車開墾之用。預計明年秋冬時差遣，為期約二十月，並要三省督撫妥善安排應選兵丁的行裝和安家費用。七年春夏之交，嶽鍾琪密令四川鬆潘鎮總兵張元佐整飭馬步兵丁一千名，預備一切軍裝器械，聽候調遣。
西北用兵，為長途運輸，需要大量的駱駝、騾馬。五年（1727），雍正命河南總督田文鏡購買馱騾三千匹，務於六年二月送至西安嶽鍾琪處。田文鏡在河南買足額數，如期送至指定地點，驗收時因口老口小等不合格處，隻收兩千六百多頭，嶽鍾琪一麵報告雍正收驗情況，一麵怕貽誤戰事，於是在陝西省購買補足。雍正相信田文鏡認真辦事，此事不能按要求辦好，必是像以前受張球之騙一樣，“又被屬員欺瞞矣”，要他慎重辦理。
準噶爾是遊牧民族，騎戰是其所長，轉移比較捷便。清軍與之打仗，自須有強大的騎兵，但是要深入叛軍的後方，徹底消滅它，軍需供應是嚴重問題，靠駝馬運輸，代價太大，且易受到攻擊，難於保障供給。嶽鍾琪針對這一情況，提出車戰的建議。他的辦法是造寬二尺、長五尺的戰車，用一人推輦，四人保護，即一車五人，五車為一伍，二十五車為一乘，一百車為一隊，每一千車為營。行軍時，車上裝載軍糧軍衣；駐防時，以車為營盤；作戰時，兩隊在前，進行衝鋒格鬥，三隊隨後跟進，其餘五隊保護大營，劫殺衝入的敵軍。雍正采納了他的意見，命打造戰車，挑選滿洲護軍組成車騎營，進行練習。在豫、魯、晉三省選調的備駕車用的軍士，就是為用於車戰的。
雍正對他的準備很是滿意，自稱：“選派將領，悉係鎮協中優等人才，揀選兵丁，率皆行伍中出格精壯，殊非草率從事”。到七年二月，他認為可以把事情公開了，發布上諭，曆數準噶爾首領之罪惡，說噶爾丹策零無悔改之意，對之用兵，乃是完成聖祖的未竟事業，如今國帑充實，士卒振奮，正是用兵之時，若遲疑不決，將來後悔莫及。因命朝臣討論用兵事宜。大學士朱軾、散秩大臣達福認為進攻的條件還不成熟，噶爾丹策零能利用先人的舊臣，內部一致，沒有可以利用的機會，反對發兵。還有人以為對準部戰爭是窮兵黷武，得土不足以耕，得民不足以使，不應用兵。大學士張廷玉極力主張用兵。雲貴廣西總督鄂爾泰認為那些反對派是“庸人畏事，識見不遠，但知論難易，而不論是非，並不論利害”，“皆不足道耳”。其實雍正主意早定，不聽反對之言，於七年（1729）三月下令兩路進軍，討伐準噶爾。命領侍衛內大臣、三等公傅爾丹為靖邊大將軍，振武將軍、公、巴賽為副將軍，順承郡王錫保管理振武將軍印務，都統、侯、陳泰，石禮哈，散秩大臣、公、達福，前鋒統領袞泰等為參讚大臣，法敏、伊都立、巴泰、西琳、傅德管理糧餉，屯阿爾泰山，是為北路軍營。命三等公，川陝總督嶽鍾琪為寧遠大將軍，四川提督紀成斌參讚軍務，屯巴裏坤，為西路軍營。
六月，雍正因出師而告祭太廟，說明征討噶爾丹策零的事由：“若不迅行撲滅，將來必為蒙古之巨害，貽中國之隱憂”。在太和殿舉行隆重的受鉞禮，與傅爾丹、巴賽，陳泰等大將軍，參讚大臣一一行跪抱禮，以昭鄭重。雍正皇帝躊躇滿誌，以為準備充足，選擇了上好的出師日子，隻希望領兵將帥戒驕戒躁，蕩平敵寇，凱旋回京，論功行賞，再舉雲台題名、淩煙繪像之盛。
在清軍出師不久，突然有準噶爾使臣特磊到達嶽鍾琪軍前，詭稱羅卜藏丹津陰謀殺害噶爾丹策零，後者發覺了，把他解送清廷，走到半路，聽到清朝進軍的消息，就又把他送回伊犁。特磊前來，表示要求和解，嶽鍾琪當即向雍正奏報了此事，並表示對準噶爾誠意的懷疑。但雍正命將特磊送至京城，暫緩進兵，又召傅爾丹、嶽鍾琪進京商議軍情。
嶽鍾琪離開前線，由紀成斌理寧遠大將軍印務。紀成斌認為滿洲人強悍，就派副參領查廩率軍牧放馬駝於科舍圖，然而查廩怯懦畏寒，置馬駝於不顧，“率眾避寒山穀間，日置酒高會，挾倡伎以為樂。”準噶爾人兩萬來劫掠牲畜十幾萬頭，查廩逃遁，求救於總兵曹勷，其倉卒出戰，大敗，總兵樊廷、張元佐、副將冶大雄前往救援，奪回被擄掠的大部分駝馬。為此事，紀成斌嘲笑說：“滿人之勇，固如是耶！”把查廩綁縛論斬，適值嶽鍾琪自京回營，見狀大驚，說紀成斌要遭滅族之禍了：“滿人為國舊人，黨類甚眾，吾儕漢臣，豈可與之相抗以幹其怒也？”便把查廩放了。紀遂罪曹勷，並以大捷上奏，雍正獎賞樊廷等人，授予世職，指命內務府總管鄂善到前線犒師。雍正九年（1731）二月，嶽鍾琪奏議軍機事宜十六條，請在吐魯番屯田，於哈密、吐魯番之間設哨所。這時雍正已知道謊報軍情，以敗為勝，但因自己已予嘉獎，不便說明，就借此責備他，說他所議“無一可采之處”，責問他：過去倡言長驅深入，以今日之勢，能保必勝嗎！三月，命都統伊禮布為西路副將軍，帶領八旗家選兵兩千名赴任，若嶽鍾琪有統兵行走之處，伊禮布引領滿洲兵一同前往即監視嶽鍾琪。同時，責備嶽鍾琪的堅壁防守主張，說他統兵二萬九千名，不能禦敵，是籌度無方。五月，派石雲倬為西路副將軍，以分嶽鍾琪統兵之權。滿人查郎阿於嶽鍾琪出兵之時，即署理川陝總督，八年（1730）在肅州（酒泉）專理軍需，他奪了嶽鍾琪的總督權。嶽鍾琪的後方在陝甘，因而受到查郎阿的挾製。
雍正九年（1731），喝爾丹策零派遣大策零敦多卜、小策零敦多卜領兵三萬，東犯北路軍營，並派間諜到傅爾丹處報稱噶爾丹策零怕受哈薩克人的襲擊，分兵防守，又有羅卜藏丹津的族人羅卜藏策零謀反，噶爾丹策零正在和他周旋，所以大策零敦多卜不能出兵，隻有小策零敦多卜東來。傅爾丹有勇無謀，信以為真，率領一萬人輕裝前往。副都統定壽、海國、永壽等諫言叛軍有計，不宜輕往，傅爾丹不聽。六月，在和通泊與叛軍兩萬相遇，大敗，副將軍巴賽、查弼納陣亡，隻有兩千人逃至科布多。雍正聞訊，掩蓋失敗，惟說兵馬有損失，而傅爾丹等無恙，並說他們能竭力迎戰，將自束的腰帶賜給傅爾丹係用。他話是這樣說，其實也知真相，隨後降傅爾丹為振武將軍，以順承郡王錫保代為靖邊大將軍，斬臨陣遁逃的參讚大臣陳泰。並命大學士、公、馬爾賽為撫遠大將軍，駐防歸化（今呼和浩特市）。尋又以馬爾賽為綏遠將軍，其撫遠大將軍印務交康親王崇安暫行管理。
雍正十年（1732）正月，噶爾丹策零以六千人自烏魯木齊擾掠哈密，嶽鍾琪命曹勷往擊，命副將軍石雲倬往斷敵之歸路，曹勷敗敵，石雲倬動作遲緩，縱敵逃去。嶽鍾琪奏劾之，大學士鄂爾泰並劾嶽鍾琪擁重兵數萬，縱投網之敵，不能料敵於先，複不能殲敵於後，雍正因此將嶽鍾琪召回京城，指責他“將國家軍旅重務，視同泛常，且賞罰不公，號令不一，不恤士卒，不納善言，傲慢不恭，剛愎自用”。削其公爵，降三等侯，隨即改組西路軍營統帥部，命查郎阿署理寧遠大將軍印務，調漢軍旗人、貴州巡撫張廣泗為副將軍，護軍統領阿思海為前鋒統領，管轄滿洲兵，侍郎武格為揚威將軍，統轄巴爾庫爾滿洲兵，副將軍劉世明統領巴爾庫爾綠旗兵，並命鄂爾泰督巡陝甘，經略軍務。這樣，西路軍的統帥權，就由漢人手中，轉到滿人手裏，而以漢軍旗人為輔佐。張廣泗就任，奏參嶽鍾琪車營法，不適宜於沙磧溝塹，在調兵籌餉、統馭將士諸方麵，都不得當。查郎阿與嶽鍾琪共事多年，本對嶽鍾琪不滿，前述喪失馬駝的查廩為其親戚，查廩懷恨舊仇，因向查郎阿進讒言，十一年（1733），查郎阿奏劾嶽鍾琪、紀成斌、曹勷等人，雍正命斬紀成斌。曹勷於軍前，囚禁嶽鍾琪。十二年（1734），大學士等議將嶽鍾琪處死，雍正命斬監候待決。
十年（1732）七月，噶爾丹策零親率大軍，越過阿爾泰山，振武將軍傅爾丹與之戰於烏遜珠勒，大敗，準噶爾軍進抵杭愛山，迫使哲布尊丹巴胡圖克圖遷徙多倫泊，又襲擊喀爾喀蒙古諸部中最強大的策淩部。策淩為額駙、和碩親王、喀爾喀大劄薩克，他因不在營中，致使子女被掠，聞訊後，割發及所乘馬尾誓天，率部深入敵後，突擊準噶爾軍，狙擊於鄂爾渾河畔的額爾德尼昭（光顯寺），殺敵萬餘，準噶爾餘部奔逃。錫保和策淩要求已降為綏遠將軍的馬爾賽邀擊，馬爾賽和都統李杕擁兵一萬三千，拒不出擊，諸將懇求出戰，參讚大臣傅鼐跪請，馬爾賽終不應允，致使準噶爾敗軍逃去。光顯寺大捷後，雍正大賞策零，賜號超勇親王，授定邊左副將軍，屯兵科布多，經理軍務。雍正以貽誤軍機罪處斬馬爾賽、李杕與軍中，削傅爾丹公爵和官職，留軍營效力。又以錫保調遣失宜，怯懦畏葸，罷靖邊大將軍，派平郡王福彭為定邊大將軍。
噶爾丹策零在光顯寺失敗後，已無力發動進攻，於十一年下半年放出口風，要釋放清軍俘虜。福彭不知是真送還是假送，因此無法進行軍事布署。
清廷在幾年的戰鬥中，人力物力消耗較大，用兵前庫帑銀五六千萬兩，到雍正末年隻剩下二千多萬兩，大部分是在西北戰場上耗費的。其時，翰林院檢討周彬上疏，說西征造成“糜費疲憊”，要求迅速撤兵，“軍務俱行停止”，“舒天下之力”，“養天下之命”。雍正也認識到久戰無功，所派將帥皆不如意，殺戮降調也不解決問題，感到仗已不能打下去了。十一年五月宣布暫停進兵，召策淩、查郎阿至京與王大臣會議軍事。策淩、查郎阿與莊親王允祿主張繼續用兵，張廷玉等希望議和，若噶爾丹策零再事擾亂，重新出兵。雍正就罷兵一事征求傅鼐意見，傅鼐叩頭說，“此社稷之福也”，表示讚成。十二年（1734）七月，雍正決意議和。他總結了戰爭的進程：失敗多，獲勝少，兩路共用兵十餘萬，跟役近十萬，消耗太大。他把失敗的責任歸之於將帥，也作了一點自我反省：“朕之籌劃於事先者雖未有爽，而臣工之失機於臨事者不一而足，亦皆朕無能不明之咎”。為了議和，雍正委派傅鼐、內閣學士阿克敦、副都統羅密前往準噶爾談判，為準噶爾與喀爾喀劃分遊牧地，欲以阿爾泰山梁為分界線。噶爾丹策零要求以杭愛山為界，阿爾泰山為其牧地，後又遣使到京，改求以哲爾格西喇呼魯蘇為界，雍正命策淩與議。策淩同意以此為界，但準噶爾人不得過阿爾泰山。雍正采納策淩意見，噶爾丹策零又不滿意，和談持續不決。雍正鑒於形勢的緩和，於十三年上半年批準兩路撤軍的計劃，量留守兵，西路用綠旗兵駐哈密，北路留滿洲、蒙古兵。至乾隆四年（1739），終於同噶爾丹策零定議，以阿爾泰山作為準噶爾與喀爾喀分界線。
雍正此次用兵盡管以失敗告終，然而仍有一定意義。噶爾丹策零三次出兵喀爾喀，起始勝利了，也立即退去，終不敢留於這裏，最後還是以阿爾泰山為界。清廷與準噶爾的緊張關係，是準噶爾在康熙末年挑起的，雍正大舉進攻是一種反擊，雖然失敗了，但也起了扼製其發展的作用，使其不能幹預喀爾喀、青海和碩特和西藏的事務。雍正在喀爾喀西北部設烏裏雅蘇台定邊左副將軍，轄治阿爾泰山東邊的科布多、唐努烏梁海等地，營造了科布多城，使喀爾喀人更加依賴清朝政府，如雍正十一年（1733），車臣汗垂劄卜請求給予俸祿，雍正欣然接受。就擴大統治範圍而言，雍正時期在青海、西藏、喀爾喀的成功，與一定程度控製準噶爾相結合，為乾隆時期最終解決準噶爾問題奠定了基礎。魏源講到清朝經營西北、西藏問題時說：“聖祖墾之，世宗耨之，高宗獲之”。道出了康、雍、乾三代的各自貢獻，相當中肯。總之，雍正對西北邊疆的經營有其成效，可以肯定。