在土司內部，為爭奪繼承權，也經常發生械鬥，如雍正三年（1725），署川陝總督嶽鍾琪奏報大小金川土司爭位仇殺。
土司製妨礙國家的統一，破壞地方經濟文化的發展，不利於社會安定，是阻礙社會進步的因素，破壞它，是曆史發展的要求。而實現的條件，一則是它的落後性充分暴露，愈加不能為土民與漢民所容忍，一則是中央政府力量強大，有能力瓦解土司的勢力。
到了康熙雍正兩朝之世，土司製的罪惡已暴露無遺，土民有著脫離土司統治的強烈願望，有的全村離開土司、土舍，呈請改歸地方政府統轄。漢人也關心這樣的事情。雍正二年（1724），幕客蘭鼎元提出削奪土司的辦法：依據土司犯罪輕重，削減他的村落裏數，這如同官員的罰俸降級處分；若罪情嚴重，則奪其土司，將地方改歸流官治理；若不便改土歸流的地方，就將為惡的土司除掉，把他的領地分散給其子弟，以眾建土司，分其勢力。由此可見，全麵推行改土歸流的條件業已具備，剩下的問題就看執政者的認識和態度了。
對於土司問題，雍正初年，大臣中看法不一，廣西巡撫李紱認為土司雖然為惡，但還不至於非改土歸流不可。雍正對土司的過惡是清楚的，二年（1724）五月諭令四川、陝西、湖廣、廣東、廣西、雲南、貴州等省督撫提鎮，命這些封疆大吏加強對土司的管轄，但如何加強，他並沒有辦法。
雍正三年（1725），雲貴總督高其倬奏準，在貴州貴陽府廣順州仲家族的村寨建設營房，增置防汛，當即在宗角蓋造完畢，及至計劃在長寨建築，該寨土舍用大石堵塞路口，不容清軍建房進駐。署理貴州巡撫石禮哈，提督馬會伯先後提出用兵要求。此時，雍正盡管認為石禮哈、馬會伯所奏有理，但怕他們年少魯莽，謀慮不周，不能成功，反倒惹事，因此要他們“萬不可輕舉妄動”。又怕石禮哈“過於勇往直前”，派何世璂為貴州巡撫。而何世璂反對用兵，奏請招撫，雍正準許，然而其並沒有招撫辦法，一無成效。這時雍正所想的是：土司、土舍問題應當解決，但要有得力的官員和妥善的辦法。他認為石禮哈等人不是能了這件大事的主持人，因此不能下用兵的決心。
同年冬，雍正任命鄂爾泰為雲南巡撫管雲貴總督事，召高其倬至京，進一步了解雲貴少數民族情況，並征詢他的意見，高其倬主張征剿，雍正於是下旨詢問鄂爾泰。這時已是四年春天，廣順土舍更加猖狂，焚燒清軍營房。鄂爾泰看到事態嚴重，必須用兵，“窮究到底，殺一警百，使不敢再犯”。雍正欣賞鄂爾泰的才能，認為他是“才德兼優之督臣”，必能擔此重任，同意他用兵，並預先指示他，將來事定，“當以軍功賞敘”，表明他對此事的重視。在鄂爾泰進軍過程中，何世璂主張適可而止，總兵官暫理貴州大定協副將事丁士傑提出三不可剿說，鄂爾泰表示決不姑息，並以三不可不剿答複了丁士傑，可見，他要把事情進行到底。雍正支持鄂爾泰，指責何世璂是書生之見，要他努力協助鄂爾泰完成此役；數說丁士傑見解謬妄，失於怯懦因循。
鄂爾泰在對長寨用兵中，感到對土司、土舍蹈襲陣法難於治理，用兵時他們逃跑了，或偽裝投降，軍隊一撤，事故立即出現，這時他認為籌措一勞永逸之法是當務之急。鄂爾泰於是年九月，正式提出改土歸流的建議。他在奏折中闡述了改土歸流的必要，推行這一政策的戰略方針和具體措施。他對改土歸流的客觀要求認識很深刻，因而能將其擺在第一要務上；他的改流策略，既要用兵，又不專恃用兵，爭取波及麵小，盡量減少阻力，以便快速實現，而且少留後遺症。
雍正閱覽了鄂爾泰的奏折，與對耗羨歸公一樣，經曆了不讚成——調查研究——讚成的過程。值得一提的是當中一個環節，他進一步了解土司製的弊病、改流的必要性和迫切性，研究和製定了改流的方針、辦法，選擇了合適的執行人，這才下了決心。由此可見，雍正是善於考察社會問題，肯於接納臣下的意見，也正是由於有這樣的政治品格，才比較適時地決策：推行改土歸流的政策。
雍正四年（1726）四月，鄂爾泰命令對廣順州長寨用兵，不久親至貴州，到長寨等地巡視，事定後，設立長寨廳（今長順縣）。長寨用兵，成為雍正時期大規模改土歸流的開端。
同年十月，雍正實授鄂爾泰雲貴總督，並加兵部尚書銜，以利他在轄區推行改土歸流和其他政策。在改流過程中，因廣西與貴州接壤，改流事務也較多，雍正遂將它從兩廣總督轄下劃出，歸雲貴總督管理，於六年（1728）十二月特授鄂爾泰為雲南、貴州、廣西三省總督。鄂爾泰受命後，奏稱廣西情形與雲貴稍異，請容他斟酌實際情況，積極料理，但速度從緩。雍正準奏，並表示：“卿自有次第料理措置之道，實不煩朕南顧之懷也”。鄂爾泰以改土歸流為己任，雍正對他充分信賴，君臣際合，改流事項就能大力推行了。
鎮沅土知府刀瀚、霑益土知州安於蕃是一夥“勢重地廣”的“積惡土官”，他們視“命盜為兒戲，倚賄庇作生涯，私占橫征，任其苛索”，四年（1726）六月，鄂爾泰發兵擒拿刀瀚、安於蕃，在其轄地分設鎮沅州（今鎮沅縣）、沾益州（今沾益縣）。同年冬天，鄂爾泰因烏蒙土知府祿萬鍾攻掠東川府，鎮雄土知府隴慶侯助之為虐，遂命遊擊哈元生率軍討伐，在四川軍隊配合下獲得全勝，於是在其地改設烏蒙府（後改稱昭通府）和鎮雄州（今鎮雄縣）。雍正為獎勵哈元生的功勞，命鄂爾泰以副將或參將題用。後來哈元生在多處立功，幾年間升至雲南提督。
雍正五年（1727），廣西泗城土知府岑映宸自恃力量較強，聚兵四千，耀武於南盤江以北地區耀武揚威，當他聽到烏蒙改土歸流的消息，遂撤兵斂跡。鄂爾泰巡察到貴州南部安籠鎮，準備對他進剿，岑映宸乞降，就把南盤江以北劃歸貴州省，設立永豐州（後改稱貞豐州，今貞豐布衣族苗族自治縣），又改泗城為府（治所為今淩雲縣）。這時梧州、柳州、慶遠等地土民，為反對土舍的酷虐，“爭備糧請兵”，推動了廣西的改土歸流政策的推行。
雍正六年（1728），鄂爾泰認為清理黔東南土民問題，重點應在都勻府，其次是黎平府，複次為鎮遠，要分別輕重，次第解決。就命貴州按察使張廣泗帶兵深入黎平府古州（今榕江縣）地區的古州江（今都柳江）流域，都勻府丹江（今雷山縣）地區小丹江（九股河上遊）流域和八寨（今丹寨縣），在鎮壓頑抗土舍勢力基礎上，設廳，置同知，理民事。
與雲貴廣西接界的湖南、湖北、四川等省的土司、土舍，本來就因比較接近內地，勢力較小，與地方政府的聯係也較多，土、漢民交往密切，這些是改土歸流的有利條件。及至雲貴廣西改流、建製的浩大聲勢，給它們以猛烈的衝擊。在其內部，土民紛紛逃向官府，請求改流、建官。土司在內外強大壓力之下，相繼呈請交出世襲印信，讓出領地。六年（1728），湖南桑植、保靖兩處土民分別控告土司向國棟、彭禦彬，湖南巡撫王國棟出兵問罪，這時處在兩地之間的永順土司彭肇槐自動申請改土歸流，雍正接受他的請求，授予參將，賜給拖沙喇哈番世職，世襲罔替，又賞銀一萬兩，聽其在江西祖籍置買產業。次年於其地設立永順府，並設桑植、保靖二縣，歸該府轄治。
當永順府建立之時，鄰近它的湖北容美土司田旻如心懷疑懼，表示改惡從善，雍正降旨誡諭，望其改過自新。但他依舊私征錢糧，擄掠臨近土民，濫發委任狀，雍正因命其進京詢問，他拒不應召，土民見其不道，相繼逃亡，其所屬石梁司長官張彤砫亦率領土民投交印信令箭，由於土司內的民眾催促田旻如出首，田內外交困，自縊死，於是把他的家屬“分別安插到別省居住”，將其地改置為鶴峰州（今鶴峰縣）。施南土司覃禹鼎與田旻如為翁壻，相濟為惡，容美土民將覃禹鼎押交官府。與此同時，忠峒土司田光祖等十五個土司到武昌省城，懇請歸流，於是在施南土司處設宣恩縣，忠峒等土司亦隸屬於它。
四川土司，經總督嶽鍾琪、巡撫憲德、總督黃廷桂等先後料理，有的實行了改流。七年（1729），將天全土司改為天全州，土、漢民雜居的黎大所改為清溪縣，原來統轄這些地區的雅州直隸州升為雅州府。十三年（1735）七月，在酉陽土司處改置縣製。
在改土歸流中，對土司本人，根據他們的態度給以不同的處置，對自動交印者，多加獎賞，給予現任武職，或給世職；對頑抗者加以懲罰，沒收全部或大部分財產。開始，將土司及其家屬留於原地。雍正五年（1727）春，原鎮沅土官刀瀚族人、屬官鬧事，滇撫楊名時題請將刀瀚家屬遷往昆明，雍正考慮：若留原處，管束太嚴，則不能生存，放鬆管理，又會鬧事，不如遠遠打發他們，因命將刀瀚家屬遷往江蘇的江寧，由兩江總督進行安頓。烏蒙土司祿鼎坤，先因其投降較早，免長途遷徙，安插於昆明，後仍以不妥，移至河南，授為歸德營參將，賞銀一萬兩作安家費，由歸德知府代其置辦產業。酉陽土司冉廣烜發往浙江安置。接受安插土司的各地督撫，往往不著意辦理，不及時撥給房屋，所給土地由州縣經手，胥役中飽，以致生活無著，私自逃跑。雍正因命各地妥善辦理。遷移土司，使他們遠離原來的領地，這是比較徹底地實現改土歸流的有效措施。
改流的實行，清軍駐防地擴大，雍正為加強對新設府縣的控製，增添營汛。在雲南設置烏蒙鎮、昭通雄威鎮及普洱元威鎮，貴州另設古州鎮和台拱鎮，廣西添立右江鎮，湖廣增加永順協、永綏協。
與此同時，在改流地區，變革賦役方法，廢除原來土司的征收製度，與內地一樣，實行按田畝征稅的原則，但征收多少，又根據當地的情況來確定，一般少於內地。改流後，土民所受的剝削比前稍微減輕了。
賦稅與土地相聯係。原來土司占有大量耕地，設立莊園，他們的宗族和土目也擁有很多田地，土民隻有少量的貧瘠土地。改流時，將土司、土舍的田產當作逆產加以沒收，發給兵士，每丁三十畝，實行軍屯。所給土地為“軍田”，允許軍丁照民田買賣。
改土歸流和設官建製，不僅使原土司、土舍地區與內地政治、經濟聯係密切了，文化也相應的發展了。雍正十二年，署理湖南巡撫鍾保以永順設府以來，“人文日盛”，奏請在府縣設學，府學設教授，額取文武童生各十二名，保靖等縣各設訓導，各取童生八名，另在府城建立考棚。雍正給予批準。次年，四川學政隋人鵬也以土民與漢民日趨接近，應鼓勵土民讀書，提出土民與漢民文武童生一體考試的要求，也獲得雍正的準許。原來土司不許屬民讀書應試，怕出仕脫離其統治，所以辦學也是破壞土司積弊的一項內容。
改土歸流，包括上述取消世襲土司，觸動土舍，設置府廳州縣，派遣流官，增添營汛，建築城池，興辦學校，實行科舉，改革賦役製度等內容。實行的地區，為滇、黔、桂、川、湘，鄂六省，而以滇、黔為主，貴州省的改流設官地區之廣，大約相當於原來州縣的麵積。改流之舉自雍正四年（1726）開始，一直延續到雍正末年。因主要地區在雲、貴、八年（1730），鄂爾泰在雲、貴邊界築橋，是年為庚戌年，雍正遂為之命名“庚戌橋”，以紀念鄂爾泰推行改流政策的功績，這一年可視為改流基本成功的年份。
改土歸流，廢除數百年的土司製度，是一次較大的社會改革，必然引起敵對勢力的反抗，改流本身是鬥爭的過程，鞏固成果便是鬥爭的繼續。
鎮沅改流後，署理知府劉洪度查田編賦，觸及原土司上層的利益，加之他的家人又借機謀利。原土司刀瀚的族人和土目就以劉洪度“編糧苛刻”、“勒索銀錢”為借口，於五年（1727）正月聚眾焚燒府衙，殺死劉洪度。事發後，鄂爾泰當即發兵平亂。雍正認為事件的發生，一則是土司好亂，再則是委官不當，不能妥善治理。他說的相當準確，以後者而言，有的清軍到新地方肆行搶掠，有的流官不善經理，驟然增加賦稅，興派徭役，自身又貪婪不法，加之新設鎮營的隊伍大多是從鄰近營汛抽調來的，造成原防區力量的空虛，給原土司上層煽動叛亂以口舌和可乘之機。
貴州古州、台拱地方設官後，原土舍勢力仍大，十二年（1734），當地傳言“出有苗王”，陰謀恢複昔日政局。雍正為消弭可能發生的事端，派遣吏部侍郎呂耀曾、大理寺卿德福到貴州，會同當地官員去古州宣諭化導，希望該地能相安無事。但是勞而無功，次年二月，終於發生了叛亂。叛亂者以古州、台拱為中心，攻陷鎮遠府黃平，焚劫都勻府凱裏（今黔東南苗族侗族自治州凱裏縣），圍困都勻府丹江廳（今雷山縣），眾至數萬，貴陽為之戒嚴。為此，雍正任命貴州提督哈元生為揚威將軍，湖廣提督董芳為副將軍，率領滇、黔、楚、粵諸軍往討，並指示“痛加剿除，務盡根株，不遺後患”。又命刑部尚書張照為撫定苗疆大臣，前往貴州理事。還任用果親王允禮、皇四子寶親王弘曆、皇五子和親王弘晝、大學土鄂爾泰、張廷玉、公戶部尚書複慶等人辦理苗疆事務。叛亂發生後，鄂爾泰以對改土歸流“布置未妥，籌慮未周”為由請罪，雍正宣布根據有功則賞、無功則辭的原則，削其伯爵，給假養病，實際仍信任他，令他照前參予政務。在貴州，董芳與哈元生不合作，張照支持董芳。他們認為從前不應當改流、建製，現在應該招撫，恢複舊狀。因主張不一，將領不和，征伐沒有進展。八月雍正死，乾隆繼位，堅持平叛，召回張照，命張廣泗為七省經略，統一指揮作戰，次年叛亂平定。在處理善後時，乾隆命將“古州等處新設錢糧，盡行豁免，永不征收。”“嗣後苗眾一切自相爭訟之事，俱照苗俗完結，不必繩以官法”。根據少數民族地區的特點進行統治。
雍正統治時期的改土歸流和設官建製，隻是在西南少數民族的一些地區開展實行了，未改流的地方還不少，土舍地區還很多。即使是改流的地方，土司殘餘勢力也還存在，他們仍能不同程度地控製屬民，一些地方的流官的權威比他們小得多。但是這一次改流，打擊了土司割據勢力，減少了叛亂因素，加強了中央政府對邊疆的統治；一定程度廢除土司；土舍淩虐屬民製度，有利於少數民族地區社會經濟文化的發展；由於政體的統一，使得民族雜居地區減少了戰亂，社會秩序相對安定。