呂宋山島前明苗裔之真偽有無，極當確切鞫訊。前歲因西洋人來密奏及此，隨命閩粵大吏加意訪察，僉雲子虛。斯事當年聖祖亦曾垂意，今據雲審究自不待言，即此案不得實耗，將來仍宜另行設法探訪。
隨後李衛回奏：對此問題留心已久，還在密探之中。這是他們君臣所謂隱患的核心問題。
雍正用武力鎮壓漢人的反清勢力，又以優待明裔感化漢人，力圖處理好圍繞滿清統治是否合法的鬥爭問題。
嚴懲旗惡
直隸旗地多，旗人也多，他們依恃特權，欺壓漢民，造成嚴重的旗漢衝突。
雍正元年（1723），直隸巡撫李維鈞密奏房山縣莊頭李信與宛平縣莊頭索保住勾結作惡的罪行，他說李信等獨霸房山縣石行，把附近居民的牲口搶去，為其拉石料出售；放高利貸，拿百姓房產作抵押，不能償還的，勒逼人妻、子、女為奴；強占房山、宛平縣民間婦女多人為妾；打死人命。他們的不法行為“以致宣化府士民罷市”。雍正痛恨莊頭作惡，見奏即指示李維鈞將李信等嚴審究擬，“以示懲創，以舒暢小民怨抑之氣。”他知道此等莊頭，必勾結內廷勢要，去之不易，他怕李維鈞遇到阻力，退縮不前，因此，在李維鈞的奏折上批示：“爾斷不可遊移軟懦，倘遇難以推卸之處，直告之曰上意指示，何敢見寬”。與此同時，他公開向李維鈞發出諭旨：
畿甸之內，旗、民雜處，向日所在旗人暴橫，小民受累，地方官雖知之，莫敢誰何，朕所稔悉。爾當奮勉整飭，不必避忌旗漢冰炭之形跡，不可畏懼勳戚王公之評論，即皇莊內有擾害地方者，毋得姑容，皆密奏以聞。
李維鈞是漢人，若對旗人依法懲治，必遭王公反對，會被安上漢人反對旗人的罪名，雍正給李維鈞撐腰，警告貴胄不得對他陷害，以便他順利處置不法的旗人，適當消釋漢人的怨恨。七月，李維鈞密奏寶坻莊頭焦國棟、焦國璧在城鄉占據田土一千餘頃，開設當鋪、商店數處，打死人命六條，奸占婦女，包攬詞訟，私立場集。雍正指示李維鈞：“除暴安良，爾分所當為，類此等事，宜極力振作，更勿慮朕以多事見責。”十月，雍正諭內務府，加強對莊頭的管理，對怙惡不悛者即行革退。十二月又諭令，莊頭不得奢華，住房不得過製，不得擅用非分之物，否則嚴懲不貸。經過一番整飭，有的凶惡莊頭有所收斂，自動將地租和當鋪利息各減一分，李維鈞因他們知過悔改，求請免予擬處。雍正回複：惡人秉性難移，對他們仍要留心訪察，如少蹈前轍，立即參處，不可稍存姑息之念，絕不要始勤終怠。他還批示除惡務盡：“朕必永斷此惡而後已”。正是在雍正的鼓勵與督責下，李維鈞繼續打擊作惡莊頭，二年（1724）正月又將靜海縣鑲黃旗惡霸莊頭李大權捉拿歸案。
對於莊頭以外的凶橫旗人，雍正亦從嚴懲罰，決不姑容。康熙年末，許二倚恃是旗人，率眾打死民人劉國玉。雍正即位有赦免恩詔，刑部援引詔書，欲為之減刑，大學士等也奏請。雍正說許二倚仗旗人犯罪，實屬可惡，不可援赦宥免，仍應按原罪擬絞監候，秋後處決。四年（1726）八月，直隸總督李紱奏報：鑲黃旗人王三格，據稱是內務府倉官，在滿城縣有祖遺圈地，早年轉典給縣人孫含夫、冉鐸等取租，雍正三年（1725）回到滿城，毆打孫含夫及佃農，占奪原地。第二年三月孫含夫到保定控告，還未審理，王三格因冉鐸吃齋被鄉人稱為老道，就誣告冉鐸邪黨聚眾，自稱教主，任命孫含夫等人為將軍、總管。直隸按察使據報將冉鐸等人拘捕審訊，造成冤獄。王三格因是倉官，地方官不便審理，奏請將其官職革退，以了結此案。雍正指示：“三格實屬可惡，宜加倍嚴懲，以警刁誣。倉官非官，彼自名之為官也，殊可發一大笑！”王三格奪人財產、又肆誣陷之舉，可見旗人對漢民欺壓之嚴重。他可以自稱倉官，封疆大吏的總督也對他無可奈何，亦見旗人特權之大。雍正加倍嚴懲的態度，才可以多少打擊不法旗人的囂張氣焰。五年（1727），順義縣旗人方冬魁在酒館中見到張四，因張未給其讓坐，於是即對之打罵，激怒張將其殺死。署理直隸總督宜兆熊承審，擬將張四定為絞監候罪，雍正不以為然，他說：“向來莊居旗人，欺淩民人者甚多，即方冬魁之事可見”，因此對張四從寬發落：免死，枷號兩月，責四十板完結，“以為旗人不論理恃強淩弱欺壓民人者之戒”，並將此事曉諭八旗及各屯莊居住之旗人，以引起警惕。這樣從輕處理張四，於法律不合，但不失為糾正旗人肆意作惡弊端的一個措施。
旗、漢民人之間的糾紛案件，照例，旗民不由地方官審理，到康熙三十七年（1698），經直隸巡撫於成龍題請，設立滿洲理事同知一員，駐保定，審理旗人鬥毆、賭博、租佃、債務諸事，至於人命盜匪等重案，則會同督撫鞫審。這個理事同知，專由滿人承當，與作為知府副手的同知不同。州縣官不能隨意審查旗人案件，也不能對旗人用刑。雍正初，以直隸旗、漢互相呈控事件繁多，增設滿洲通判一員，也駐保定，協助理事同知處理事務。不久，仍以事多，旗、漢糾紛均赴保定辦理不便，遂將張家口、河間、天津的旗、漢事件分別交張家口同知和天津同知審理。這是雍正維持康熙朝舊製，隻是增設專管旗民事務的官員，以便比較迅速地處理糾紛案件。六年（1728），良鄉縣知縣冉裕棐杖責旗人烏雲珠，署直隸總督宜兆熊以違例虐待旗人將他題參。雍正說：“旗、民均屬一體，地方官審理事務，隻當論理之曲直，分別賞罰，不當分別旗、民。”冉裕棐奉公守法，不應當革職聽審，因將宜兆熊的題本擲還。他還說不知道有不許地方官體刑旗人的成例，要刑部查明具奏。刑部查出果有這種案例，雍正命把它廢掉，依他的指示執行，同時指責宜兆熊那樣對待屬員，過於苛刻。
旗人與漢人在處刑上，向來有所不同，漢人犯流徒罪的照律充發，旗人則可改為枷號、杖責結案，實際是從輕發落。四年（1726），雍正認識到這使律令不能一致，因此，命大學士、八旗都統及滿洲、漢軍中的九卿共同商議，可否將旗人的準折刑法取消，一律按照統一的刑律與漢民一樣處置。大學士等認為準折刑法是不好，易使旗人輕於犯罪，但滿人、蒙古人缺乏營生之術，發遣難於圖存，請維持舊例不變，惟漢軍有犯軍流罪者，則照律發遣。
在旗民與漢民關係問題上，雍正亦欲作些改革，但因照顧旗人的方針不變，所以在法令上就不能不遵奉舊製了。然而在實踐上，打擊不法旗人，尤其是作惡多端的莊頭，這在一定程度上緩和了旗、漢之間的矛盾。由引可見，雍正一方麵維護旗人特權，但又不使它過分，這同他對待漢人中的紳衿是一樣的，即承認其法定權利，而不允許非法虐民。這一舉措，有利於鞏固清王朝的統治。
重用漢人
在官僚中，與旗人欺淩漢民相一致，旗員傲視漢員，這是清朝的職官製度所決定的。雍正宣稱：“朕即位以來，視滿漢臣工均為一體”。又聲言：“朕待臣下至公至平，從無一毫偏向，惟視其人如何耳。”聽其言而察其行，其實，他的言行並不完全一致。
清廷對大學士、六部尚書、侍郎等官職實行複職製，即為滿漢兼用，雖然是同等職務，但總應有一個主事的，即所謂在前行走者，這卻法定為滿人。五年（1727），雍正規定，大學士主事者以滿人中居首的充任，其餘大學士的行走秩序，不必分別滿漢，要依補授時間排列名次，由皇帝臨時決定，並指定漢人大學士張廷玉行走在旗人孫柱之前。六部滿尚書在漢尚書之上，張廷玉以大學士管吏部、戶部尚書事，雍正不顧定製，命張廷玉行走在前。六年（1728），公爵傅爾丹管部務，張廷玉因他為貴胄，不敢越過他，向雍正奏請讓傅爾丹在前行走，雍正沒有同意其請，令張廷玉安心居前。漢人勵廷儀任刑部尚書多年，其屬滿人侍郎海壽升任尚書，按規定應居其上，雍正為表示對勵廷儀的重視，命他在前行走。雍正一麵執行以滿人為領班的製度，一麵又因人而異，重用一部分漢人。
滿漢官員在政府中的不同地位，自然會產生矛盾，互相排斥。雍正見此，指示：“滿洲為上司則以滿洲為可信任；漢人為上司，則以漢人；為可信任；漢軍為上司，則以漢軍為可信任”。雍正認為這種偏向，將影響政事的治理，時加警惕。漢軍楊文乾為廣東巡撫，廣州將軍石禮哈及廣東官員阿克敦、常賚、官達等四個滿官協謀陷害他，被雍正識破，因訓飭他們。雍正說他信任的滿員邁柱、漢員李衛、漢軍田文鏡和楊文乾，什麼出身都有，“但能竭忠盡力，則彼挾私傾陷之徒，無論其為滿洲、漢軍、漢人，皆不得施其狡獪，肆其奸謀”。在這相互排斥之中，滿人占居主導地位，他們不僅身居要職，即使為漢人的下屬，亦以旗籍而蔑視主官，雍正知道這是旗人的常習，時加警戒。漢人孔毓珣任廣西巡撫時，漢軍劉廷琛為按察使，雍正叮囑他：“凡百處不可越分，毋因巡撫係漢人遂失兩司之體，而主張分外之事，朕如有所聞，必加以僭妄處分也”。雍正考慮到政事的治理，需要官員的團結一致，他告訴官員：都是在為朝廷辦事，何必分滿洲、漢人、漢軍、蒙古，應當“滿漢協心，文武共濟，而後能致治”。他以此律人，也應該說這是他的真實思想，他為了很好地利用漢官，不願過分的歧視他們。
雍正說：“天之生人，滿漢一理，其才質不齊，有善有不善者，乃人情之常，用人惟當辨其可否，不當論其為滿洲為漢人也”。這裏說的是對滿漢一視同仁，惟看其才質。可是他又對臣下說：“朕惟望爾等習為善人，如宗室內有一善人，滿洲內亦有一善人，朕必先用宗室；滿洲內有一善人，漢軍內亦有一善人，朕必先用滿洲；推之漢軍、漢人皆然。苟宗室不及滿洲，則朕定用滿洲矣”。同樣是人才，先宗室，次滿人，再次漢軍，最後才是漢人，如此看來滿漢仍是有區別、有等第。所以說雍正依然執行清朝傳統的依靠滿洲團結漢人的用人方針，但是他比較重視才能，給某些漢人以較高的地位和特殊的榮譽，有利於這些漢人政治統治中發揮一定的作用。
防滿漢化
雍正即位不久，一次，召見八旗大臣，宣稱：“八旗滿洲為我朝根本”，植本一定要牢固，為此要根據滿洲現存問題，逐一解決，限諸臣於三年之內，“將一切廢弛陋習，悉行整飭，其各實心任事，訓練騎射，整齊器械，教以生理，有頑劣者，即懲之以法”。解決八旗生計問題，是他鞏固滿洲根基一項措施，此外，他還抓了幾件事。
滿洲八旗軍事訓練在較長和平時期之後逐漸廢弛。雍正在藩邸就知道，八旗訓練不過是走走形勢，每至校射之期，管旗大臣不過至校場飲茶，閑談一陣散夥，有人擔任領侍衛內大臣三年，竟沒有看過侍衛騎射。軍械損壞，官員也不修理，將修理費、添置費落入私囊，政府雖有定期檢驗製度，但彼時各旗互相挪借，以至“租箭呈驗”，進行欺蔽。雍正說此種情況，先帝沒有怪罪，他本人“則不能寬恕”，定行整治。他立限一年，要將器械修整完備，屆時檢驗一旗，即行封存，防止挪移租箭積弊。訓練亦行加強，命教養兵練習長槍、挑刀各藝，八旗前鋒營每月習射六次，馬甲春秋兩季合操。雍正還增加駐防外省八旗軍的人數和地區，太原、德州各添五百人，增設駐防福州水師營、浙江乍浦水師營、廣州水師營，設甘肅涼州八旗兵二千人，莊浪八旗兵一千人，添設駐防山東青州將軍、副都統，八旗兵二千。雍正說“省省皆有駐防滿兵，方為全美”。他希望通過訓練和擴大防區，維持和增強八旗軍的戰鬥力。
語言，是一個民族得以獨立存在的基本條件，雍正致力於防止滿人的漢化舉措，因此，在語言上頗為注意。他說“滿洲舊習最重學習清語”，“八旗兵丁學習清語最為緊要”。六年（1728），他發現侍衛護軍廢棄滿語不講，用漢話互相調笑，遂指示他們專心學習滿語。十一年（1733）又下令，凡是侍衛護軍，隻許說滿語，不許講漢話。八旗訓練時，亦隻講滿語，如果仍有說漢話的，定將該管大臣、官員嚴肅治罪。語言與文字緊密相聯，雍正辦宗學、覺羅學、八旗官學，亦以滿文為主要課程，教育旗人不忘本民族文字。雍正注意滿文翻譯的準確性，他說若拘泥字句，則文義不能貫通，若追求通俗易曉，修辭就不能典雅，他講求辭意兼到之法。康熙曾命顧八代用滿文翻譯朱熹輯的《小學》，沒有刊刻，雍正將它印刷頒布，並作序言。雍正令把《孝經》譯成滿文後出版發行，也為它寫了序。
滿人散處各地，盡管駐防的旗人有固定居住地區，即俗稱滿城，但總是和漢人雜居，往來增多，自不可避免民族間的通婚。雍正采取禁止的政策。蔡良赴福州將軍任前，雍正對他說：“駐防兵丁均係旗人，竟有與漢人聯姻者”。要他到任後嚴行禁絕。蔡良至閩，查明旗人娶漢人為妻的二百一十四人，嫁出者二人。雍正說不會就這些人，不過既往者不究，“將來者當加嚴禁”。
漢族文明高於滿族，滿族雖居統治地位，然而漢化卻是不可避免的趨勢。雍正極力保持滿族的語言文字，風俗習慣，禁止滿、漢通婚，防止滿人的漢化，不利於民族融合，違背曆史的潮流。其所以如此，是使滿族以本來麵貌，維持其對全國的統治。