雍正於四年（1726），對江西錢糧進行大規模清查。江西各府州縣倉穀虧空很多，巡撫裴度明知而容隱，如此曆任相傳，不能改變虧空局麵。雍正諭令將已調任的裴度留於任所，將前任布政使張楷，陳安策押往江西審訊。又以現任巡撫伊都立“為人軟弱，好沽虛名”，不能完成清查事務，特派吏部侍郎邁柱通察全省錢糧積弊，又派揀選州縣數十人赴贛，以備頂換虧空倉穀的官員。邁柱認真清查，遭到江西按察使積善的反對，雍正支持邁柱，讚揚他“到任以來，不避嫌怨，為地方生民計，實心效力”。清理結果，讓裴度及曆任藩司補償倉穀的虧缺。
雍正五年（1727），福建布政司沈廷正奏報該省倉穀虧空。雍正認為，巡撫毛文銓欺隱，派廣東巡撫楊文乾和許容為欽差大臣前往清查。特發上諭告誡福建民人：因清查即將進行，可能有贓官聞風先借富民的糧食暫充庫存，以圖隱瞞，如若有人出借，該物即成官物，發覺後不再歸還；已揀選候補府州縣官多員隨同欽差赴閩，“現任府州縣內之錢糧稍有不清者，即令更換”，表示徹底清查的決心。後來果然取得一定成效。
雍正有計劃地清查虧空的同時，遇有新的貪贓，嚴懲不貸。五年（1727），原禮科給事中、山西學政陳沂震，退職後回原籍江南吳江縣，被人告發放考時收錢，雍正說他的家鄉正修吳淞江，命巡撫陳時夏，副都統李淑德強迫他出資一二十萬兩助修水利。同年，浙江巡撫李衛奏參原淮徐道潘尚智，雍正諭令將潘的家產籍沒，充作浙江海塘工程費用。同年，丁憂原籍江南華亭的翰林院侍講廖賡謨，曾任江西鄉試主考官、山西學政，被人告發貪贓受賄，雍正命他出銀八萬兩疏浚蘇淞河道，另出銀二萬兩送直隸正定府助修城牆。十年（1732），河南學政俞鴻圖被告“納賄營私”，資財累萬，被擬以斬立決。
耗羨歸公
在清理錢糧虧空中，一方麵著落於贓官及其親友，可行的另一個途徑則是用耗羨銀來彌補的方法。火耗之重本已是突出的社會問題，還要用作清欠，雍正就更為重視它，越發要解決它的弊端了。
火耗以及與它相聯係的差役和濫征濫派，雍正早看在眼裏。元年元旦，他諭地方官文告中說：“今錢糧火耗，日漸加增，重者每兩加至四五錢，民脂民膏，朘削何堪。至州縣差徭，巧立名色，恣其苛派，竭小民衣食之資，供官司奴隸之用”。又說在康熙時，有人請加火耗以補虧空，先帝未允，如今耗羨斷不能加。由此可見，雍正在考慮既要削減耗羨又要用火耗銀清償虧空的辦法。
耗羨部分歸公，康熙統治時期就有人提出，但是沒有得到康熙的批準，未能實行。雍正元年五月，湖廣總督楊宗仁再次提出。他奏稱：地方上的公事開銷，都是地方官勒派百姓供應，不如令州縣官在原有耗羨銀內節省出二成，交到布政司庫房，“以充一切公事之費，此外絲毫不許派捐。”耗羨本來是地方官私征私用，如康熙所說是地方官的私事，楊宗仁要他們拿出一小部分歸省裏，作為公用，實際上是提出了具有耗羨歸公意義的建議。雍正見到他的奏折，立即加以支持，說他“所言全是，一無瑕疵，勉之”。鼓勵他好好實行。
同年，山西巡撫諾岷因該省耗羨問題比較嚴重，要求將山西各州縣全年所得的耗羨銀，通通上交布政司庫，一部分用作抵補無著落的虧空，一部分給各官作養廉銀。這是全麵實行火耗歸公的辦法，雍正高興地批準他在山西實行。二年年初，河南巡撫石文焯奏稱：該省共有耗羨銀四十萬兩，給全省各官養廉銀若幹，各項雜用公費若幹，下餘十五六萬兩解存藩庫，彌補虧空，因此辦公費用都出在耗羨內了，不再議捐朘民。這便是耗羨提解的辦法。雍正原本看不上石文焯，見到這個奏折，在朱批中表示讚賞：“此奏才見著實，非從前泛泛浮詞可比，封疆大吏，原應如此通盤合算，如何抵項，如何補苴，若幹作為養廉，若幹作為公用，說得通，行得去，人心既服，事亦不俁，朕自然批個是字”。在雍正支持下，山西、河南首先實行耗羨歸公之舉措。
雍正有推廣諾岷的辦法之意，於是，命九卿會議具奏。官員多不讚成，內閣作出請禁提解火耗的條奏。他們的理由是：一、耗羨是州縣應得之物，上司不得提解。二、“提解火耗，定限每兩若幹，不能寓‘撫’字於催科”。意思是把不是正稅的火耗當作正稅征收，使人感到增加賦稅。三、“公取分撥，非大臣鼓勵屬員之道”，即督撫公開允許州縣官征收耗羨，使火耗之私征合法；這是允許屬員貪婪。這個奏議發出之後，山西布政使高成齡表示不能同意，繕寫奏折，一一予以辯論。他說，州縣官私征火耗，以補官俸不足，但其上司沒有火耗，又不能枵腹辦事，就接受州縣官的節禮，這還是出在火耗項上，不如全省征收，給各官以養廉銀。如此之後，上司也不能再勒索屬員，倒免得州縣官借口苛征裏甲。他又說，耗羨歸公，不是增加火耗，而是要比原來征收的成數還要少征，況且火耗歸公，多征也不歸州縣，誰還濫加成數。他還說，大臣收節禮，甚至收受賄賂，才不是教育屬員的辦法，不如公開的分養廉銀，共受皇上的恩賜。他的結論是：“耗羨非州縣之己資，應聽分撥於大吏；提解乃萬全之善策，實非為厲於屬員。”他針對當時耗羨濫征的實際情況，講解了耗羨歸公的好處。九卿所說看似有理，光明正大，既不增加百姓負擔，又讓州縣官滿意，其實是沽名釣譽，說得好聽，而聽任州縣官吏濫收濫派，不講官吏法規，不管百姓死活，如果遵照他們的意見，隻能維持舊製弊端。高成齡反駁得很有力，但他隻是站在疆吏的地位，更多地著眼於這個問題上大吏與屬員的關係，對實行耗羨提解的全部意義還沒有透徹的認識。
雍正對高成齡的辯詞很看重，於是，把它交給總理事務王大臣及九卿翰詹科道各官討論，並要求他們“平心靜氣，虛公執正，確議具奏。若有懷挾私意以及任性尚氣，淆亂是非者，則於此一事，必有一二獲罪之人也”。把他支持高成齡的態度表示出來了。但這件事涉及內外官員的切身利益，也涉及到百官的政治觀點，所以，反對之人仍然很多。吏部右侍郎沈近思認為耗羨歸公使火耗與額征無異，不是善法，他說“今日則正項之外更添正項，他日必至耗羨之外更添耗羨。”雍正問他：你作過縣令，是否也收取火耗？沈答道：是的，這是為養活妻兒。雍正說你還是為一己之私，沈回說妻兒是不能不養的，否則就絕了人倫。他的觀點不外是私征有理，歸公無理。左都禦史、吏部尚書朱軾也以不便於民，表示反對。山西太原知府金時值入京引見，不同意他的上司諾岷、高成齡的主張。雍正問他是否以地方官的私心反對耗羨提解，他回奏：“臣非為地方官遊說也，從來財在上不如財在下，州縣為親民之官，寧使留其有餘”，讓他們知道廉恥才好。他的意思是多給州縣官一些養廉銀。山西人禦史劉燦上疏也反對諾岷的辦法。在這種情況下，諾岷感到孤立，壓力很大，雍正就把劉燦調為刑部郎中，將其弟劉煜、劉熥的舉人革掉，免得他們在山西有礙耗羨歸公的實行。
雍正看到討論不能取得統一意見，就在二年七月初六日作了實行耗羨提解政策的乾斷。他發出上諭，首先批評官員見識短淺，不懂得火耗歸公的重要性。
他認為“與其州縣存火耗以上司，何如上司提火耗以養州縣。”雍正看得高就在這裏。州縣用火耗養上司，上司就不得不對他們瞻徇容隱，致使吏治不清，實行耗羨歸公，就有利於吏治澄清了。
當疆吏看清雍正態度後，遂繼晉、豫二省，迅速仿行起來，並在實踐中解決耗羨重和養廉銀等問題。
雍正對於耗羨及耗羨率，隻許減少，不許增加：“倘地方官員，於應取之外，稍有加重者，朕必訪聞，重治其罪”。自從耗羨提解，各省火耗率均有所變動，有的一變再變。總的狀況是耗羨率降低了，扭轉了康熙統治後期地方官狂征濫派的嚴重情況。
耗羨歸公後，雍正規定它的用途：一是給官員的養廉銀，二是彌補地方虧空，三是留作地方公用。用以清補虧欠，主要是雍正初年的事。如元年，山西實收耗羨銀四十三萬兩，用作補償虧空二十萬兩，占總數的百分之四十七，各官養廉十一萬兩，占百分之二十六，給州縣作雜費用的二萬一千兩，通省公費七萬一千兩，計九萬二千兩，占百分之二十一，尚餘二萬一千兩。各省彌補完畢或基本清楚，補償的這筆費用就轉用到官員的養廉上。
所謂“養廉銀”，是給官員生活，辦公補助費，以此不許他們貪汙，廉潔奉公。耗羨在州縣官私征時，是沒有法律規定的，但又不是合法的征收。耗羨歸公後，耗羨完全合法了，但收入不歸州縣官，而屬省政府，這樣州縣官失去一條生財之道，勢必在已成正項賦稅的耗羨之外再去橫征暴斂。為了防止新的貪贓不法的出現，雍正決定給州縣官一部分生活、辦公補助費。過去州縣官的上司靠他們送禮，他們失去了自行支配的耗羨銀，無從饋贈，絕了督撫司道的財源也不行，於是也給他們補助費。這就形成了地方上各級官員的養廉銀。
實行耗羨提解，等於絕了地方官的一條財路，朝廷又不增加薪俸，若不給他們另辟財源，他們是不可能廉潔奉公的。雍正也不要官員枵腹辦公，而是要他們具有合乎他們身份的經濟力量。他說，做督撫的，應該“取所當取而不傷乎廉，用所當用而不涉乎濫，固不可朘削以困民，亦不必矯激以沽譽，若一切公用犒賞之需，至於拮據窘乏，殊失封疆之體，非朕意也”。因此耗羨提解同時，“恐各官無以養廉，以致苛索於百姓，故於耗羨中酌定數目，以為日用之資”。地方官的問題解決了，京官的俸祿之低就更突出了，不予解決，地方官仍要向他們送禮。雍正顧慮及此，六年（1728）下令，給吏、戶、兵、刑、工五部尚書、侍郎發雙俸，新增的這一份叫“思俸”。兼管部務的大學士也得雙份俸銀和俸米。漢人小京官，原先每年支領俸米十二石，大多不夠家屬口食，三年（1725），雍正令按照漢官俸銀數目給米，免得花大價錢到市場購買，後又命給他們加俸銀俸米。