在為中國音樂事業奮力拚搏和無私奉獻的進程中，身為中央音樂學院院長的吳祖強還擔當了多項領導職務，肩負起更多的重要責任。這也使他的社會活動更廣泛，影響力更大。對於這方麵，王安國教授是這樣評價的：
“‘文革’結束後，在黨和國家重新開始重視知識和人才的時代背景下，吳祖強作為黨培養的‘又紅又專’的知識分子，受到組織器重，被推上領導崗位。盡管這並不出於他個人的本願（事實上繁重的社會工作占去了他本可繼續在音樂創作上有更大作為和成就的時間和精力），但是改革開放的時代選擇了他，國家音樂事業的宏觀發展需要他。這時，他剛好進入‘知天命’之年，是人生既成熟又‘年富力強’的黃金時期。30年來，在普通人的眼裏，他曾一度是中國音樂界‘最大’的‘官’，先後擔任過中央音樂學院院長，文化部黨組成員，中國音協副主席，中國文聯黨組書記、副主席，全國政協常委等職。他是黨的第十二屆中央委員會候補委員，這是迄今為止還沒有第二個音樂家擔任過的重要職務。”
作為文化部黨組成員，吳祖強除了積極參與了重要的國際比賽活動外，還在當年國內音樂創作界呈現出不同風格技法、不同體裁形式作品的異常活躍時期，直接領導和組織了由中國文化部、中國音協和廣電部聯合舉辦的音樂作品評獎活動。作為這項工作的直接領導人和組織者，吳祖強傾情投入到比賽從專項的設定，作品的征集、評閱、審聽、投票直到比賽工作的總結等一係列評獎活動中，使這一評獎活動真正成為中國音樂新作品集中展示的舞台和產生各類優秀新作的“催生劑”。
在整個評獎活動中，“他從建設民族新音樂文化的高遠目標出發，以發展的眼光和寬闊的視角，堅持內容與形式相統一、不同音樂風格自由發展的藝術評審標準，善於發現和悉心保護參賽作品中有價值的創造因素和作曲家勇於藝術探索的創新精神。在繁忙緊張的評審活動中，他還專門著文論述不同音樂體裁（如民族器樂、歐洲弦樂、鋼琴及室內樂、合唱、交響音樂等）的創作問題，涉及本領域最新的創作動態、創作傾向及作曲家們普遍關注的創作問題。這些專業性很強的真知灼見早已超載了‘活動總結’的層麵，成為新時期推動我國音樂創作走向繁榮發展的理論財富。”
1985年，吳祖強當選為中國音樂家協會第四屆副主席兼創作委員會主任，這個時期，我國文學藝術各門類展現出充滿發展活力的繁榮景象，音樂界的創作也是異常活躍，尤其是作曲家個人作品音樂會的形式更是開了中國音樂界曆史先河，這種被人稱為“一石激起千層浪”的藝術創新，也在當時的音樂界激起了不同藝術觀念的碰撞。麵對這些音樂界的新情況和新問題，到底應該怎樣認識和應付，吳祖強以一篇《曆史是不會重複的》講話作出了應答。
“在這篇影響深廣的講話裏，他從中國的國情出發，客觀冷靜地分析了生成當年音樂領域‘新進展’的曆史原因，並明確指出：‘應該對一切嚴肅認真的創作都采取積極扶持、熱情幫助的態度’。這一基本態度，是他作為中國音協創作委員會負責人在實際工作中一貫堅持的。正是他這種尊重曆史、尊重音樂藝術規律、保護創作中嚴肅探索積極性的務實、開明、溫和的立場，為在他直接領導和影響下的音樂創作活動，營造了一種寬鬆的藝術氛圍，對這一時期我國音樂創作的繁榮發展起到了支持和促進的作用。”