但好景不長，接下來的歲月中容庚遇到了一生中最大的恨事。燕京大學1941年被日本憲兵接收後，容庚沒隨大多數師生遷向西南大後方，並於翌年被聘為北大教授。抗戰勝利後，性情剛烈的傅斯年代理北大校長。一上任，傅斯年就對偽北大教員開刀，堅決不用抗戰期間未隨學校南遷而留在北平的教員，並直言“漢賊不兩立，連握手都不應該”。被傅斯年大刀砍下馬的就有周作人和容庚。容庚不服，在報紙上發表了一篇轟動一時的“萬言書”，書中列出滯留北京不得已的苦衷：“庚獨眷戀於北平者，亦自有故：曰寇必敗，無勞跋涉，一也；喜整理而拙玄想，舍書本不能寫作，二也；二十年來搜集之書籍彝器，世所稀有，未忍舍棄，三也……”
而傅斯年全然不接受這樣的說辭。當容庚到南京中研院總辦事處找到傅斯年當麵理論時，傅拍案而起，指著容破口大罵：“你這個民族敗類，無恥漢奸，快滾，快滾，不用見我！”當場命人將容氏按倒在地架出去，扔到門外馬路上。第二天，《新民報》登載此事，用《傅孟真拍案大罵文化漢奸，聲震屋瓦》一文，濃墨重彩地加以渲染。背負“漢奸”的惡名，在北平根本難以立足。無奈之下，容庚隻能托李宗仁的關係到廣西大學教書，未果，又轉聘嶺南大學，後來嶺南大學與中大合並，就這樣，解放後，容庚便終老在中大，再也沒踏進過北大門檻。而他的弟弟容肇祖建國後卻在北大哲學係任教，兄弟倆南北分離，都在各自領域內成了一代巨擘，各領風騷
1922年3月，28歲的容庚留下妻子兒女，與三弟容肇祖一起北遊京師，希望增補《金文編》以成定稿。他帶著三冊《金文編》稿本，專程去天津求見大名鼎鼎的羅振玉。羅振玉號雪堂，是“甲骨四堂”之首，對金文也有研究，也曾打算校補吳大澂《說文古籀補》。他看到容庚《金文編》稿本，對這位遠道而來的後輩十分賞識。兩人傾談三四小時，羅振玉鼓勵他“務竟其成”，容庚感覺如沐春風，樂而忘倦。
此後，羅振玉不僅幫助容庚印行了《金文編》，還介紹他入讀北京大學研究所國學門研究生。羅此時兼任北大國學門通信導師，他給北大教授馬衡寫信推薦容庚，信中有“容庚新從廣東來，治古金文，可造就也”之語。此前容庚畢業於東莞中學，並沒有讀過大學，他晚年常以一介中學生而入讀北大研究生為自豪。容庚對羅振玉終身感激，1940年羅振玉在旅順去世時，容庚致挽聯“探殷墟之瑰奇，精鑒遠過劉原父。睠楚國而憔悴，孤忠高似屈靈均”，對其評價極高。
1926年，容庚從北大研究所國學門畢業後，任教於司徒雷登主持的燕京大學，次年即破格轉為教授。正是由於羅振玉的推薦與提攜，容庚後來在古文字領域建樹卓著，成為蜚聲海內外的學者。
王國維也是北大國學門的通信導師，他對容庚的學術研究同樣幫助很大。1923年王國維為商承祚《殷墟文字類編》作序時，稱他所見當今治古文字的青年僅四人：唐蘭、容庚、柯昌濟、商承祚。那時他與容庚剛剛相識，此後容庚任燕京大學教授，王國維住織染局十號，兩人過從甚密，時相切磋。容庚後來追憶王國維寫道：“先生沉默寡言，問非所知，每不置答。喜吸紙煙，可盡數支；當賓主默對時，惟見煙鳧鳧出口鼻間。其治學甚劬，而所學甚博。”
1927年6月2日，王國維自沉昆明湖，容庚《頌齋自訂年譜》載：“6月1日，王國維來，久談。次日王國維自沉於頤和園昆明湖。”王國維死後，容庚也是第一批到達現場者，隨後又為操辦喪事而奔走，他還一直保留著王國維遺書的石印件。
陳寅恪將王國維之死歸結為“文化殉節”，他在王靜安先生紀念碑碑文稱王國維“思想而不自由，毋寧死耳”、“以一死見其獨立自由之意誌”。“文革”中，容庚“不批孔子，寧跳珠江”，無疑也是這種獨立自由精神的賡續。
堅持“獨立之精神，自由之思想”，不曲學阿世，不隨風俯仰，是那一代學人思想和人格的精髓，容庚也正是在這種氛圍中構建學術規範、確立獨立人格的，這一點從他與林白水的交往中也可看出。
林白水是20世紀初與邵飄萍齊名的報人。容庚曾任林白水女兒的家庭教師，當時他還在北大讀研究生。林家車夫看不起容庚，有一次作梗將容庚拋在半途，容庚憤怒地寫信給林白水，要辭去家教職務。林白水立即辭退車夫，並叫女兒向容庚磕頭請罪。容庚重回林家講課，林白水見到他又親自向他下跪謝罪，容庚十分感動，兩人遂成莫逆之交。林白水在《社會日報》揭露北洋政府黑幕，被直係軍閥張宗昌殺害，容庚集林白水文章成《生春紅室金石述記》一書，並作跋頌揚他“視權貴蔑如也”。“視權貴蔑如”，也是容庚精神的寫照。