成吉思汗死後，他的諸子、諸將遵其囑滅亡了西夏，然後護送其靈柩北歸。諸將嚴守秘密，路上遇到行人，一概殺卻，免得消息泄漏，最後將大汗的靈柩葬在不兒罕山中。成吉思汗年輕的時候被篾兒乞惕人追逐，避入不兒罕山，躲過了大難。不兒罕山是斡難河和怯綠連河的發源地。成吉思汗曾在山穀中一株大樹下默思多時，說死後要葬在這棵大樹的下麵。兒子們遵從他的遺命。葬後不起墳墓，蒙古兵將騎了大群馬匹踐平土地。後來四周長起密林，至今還沒有發現成吉思汗陵寢的真正所在地。
成吉思汗的遺囑中，最重要的一部分是關於繼承人的問題。這位叱吒風雲的蒙古英雄最擔心的就是他死後幾個兒子因為爭奪汗位而自相殘殺，因此反複給諸子講一箭易折，而許多箭綁在一起就折不斷，以及一頭蛇和多頭蛇的故事。但盡管如此，諸子中的矛盾還是沒有解決，反而有愈演愈烈的趨勢。在成吉思汗的諸子中，長子術赤和四子拖雷關係交好，而二子察合台和三子窩闊台則結為一黨；蒙古宮廷的兩黨對立從此形成，成為以後宮廷鬥爭的主線。
在蒙古草原上，自古流行著“幼子守產”的習俗。一個家庭，隻有正妻所生的幼子可以和父母始終生活在一起，並且最終繼承父母的所有財產。拖雷作為勃兒帖皇後所生的幼子，從小就和成吉思汗東征西殺，具有卓越的軍事才能；如果他做繼承人，是完全符合“幼子守產”的習俗的，而且也可以繼承並發展成吉思汗的事業。但成吉思汗認為這時的蒙古帝國更需要一個政治家，而不是一個軍事統帥，所以他破除了“幼子守產”的習俗，選擇了三子窩闊台作為他的繼承人。為了補償拖雷，成吉思汗把一大塊土地和12.9萬軍士中的10.1萬人交給了他，這為拖雷的兒子們以後爭奪汗位創造了有利條件。
雖然破除了“幼子守產”製，但成吉思汗在遺囑中明確提出要保留由“忽裏勒台”大會來選舉大汗。“忽裏勒台”大會原來是部落或者部落聯盟的首領、貴族參加的一種議事會議，早期主要用來推舉首領、決定戰爭等重大問題，到成吉思汗時期則演化為蒙古諸王大會，重要的大臣也可以同時與會。“忽裏勒台”大會的保留，直接影響了蒙古帝國汗位的順利交接，給黃金家族的子孫們提供了一個爭奪汗位的合法途徑和手段。
成吉思汗在遺囑中明確了窩闊台的繼承權的同時，也指定由拖雷暫時監國。在他死後，拖雷並未馬上召開“忽裏勒台”大會以選出窩闊台為大汗，而是汗位虛懸了兩年多，才由拖雷召開，這時已是1229年的春天了。人們很難相信手握重兵又有監國之權的拖雷不會對汗位有所覬覦，何況他本來就是幼子守產製度的合法繼承人。據史料記載，這期間要求拖雷即位的呼聲也很高，拖雷作了很多工作，才使窩闊台順利地在“忽裏勒台”中被擁戴為大汗；其實這也很可疑，如果真是這樣的話，“忽裏勒台”怎麼會開了40天呢？還有一條就是拖雷的死因也很可疑，據傳說是在拖雷取得鈞州三峰山戰役這一滅金的決定性勝利之後，在回歸蒙古的途中，窩闊台突然害了一場大病，奄奄一息，薩滿說隻有親人替死才能治好他的病，於是窩闊台暗示在身邊侍奉的拖雷，拖雷隻好把薩滿端來的所謂有了符咒的水一飲而盡。或許是巧合，幾天後窩闊台的病果然好了，而拖雷卻暴病身亡。實際上巧合是沒有的，也許那碗水中有些什麼也說不定，但的確不會是巫師們的符咒。
如果說這樣的爭鬥還裹著一層溫情脈脈的麵紗的話，那麼黃金家族的子孫此後對於汗位的爭奪則要直接的多，血腥的多。窩闊台死後，他的兒子貴由即位；僅僅三年，貴由也死了，這時拖雷的長子蒙哥在以拔都為首的術赤係諸王的幫助下，通過“忽裏勒台”大會的合法程序，順利登上汗位，並且鎮壓了窩闊台與察合台係的子孫的政變。蒙哥在征宋的戰役中病死，拖雷的四子忽必烈和幼子阿裏不哥為了汗位刀兵相見，結果忽必烈取得了勝利，他就是元世祖，但是忽必烈不得不又忙於應付窩闊台的孫子海都以及察合台汗國的反叛。這時的蒙古帝國已經是一個包括蒙古高原、金帳汗國（也叫欽察汗國）、窩闊台汗國、察合台汗國、伊兒汗國等在內的一個龐大的帝國，但是元中央政府已經失去了對其他汗國的控製權。
成吉思汗留下了一個龐大的帝國的雛形給他的子孫們，但這個帝國從他建立的那一天開始，便已經土崩瓦解了。