接踵而至的謎題根據傳說的內容，水晶頭骨裏隱藏了人類起源和死亡的秘密資料，能幫助人類解開宇宙生命之謎，如果這是真的，那它會以什麼方式來告訴人們這些秘密呢？難道有一天它真的會開口說話嗎？科學家們當然不會相信。他們認為，如果傳說是真的，那麼水晶頭骨就有可能是一個儲存秘密資料的信息存儲器，通俗地說，就是一塊硬盤。
科學家們做過這樣的實驗，他們把水晶當作信息的存儲介質，用激光把一些信息寫進去，一段時間後又用指令將它恢複，裏麵的數據完好無損。實驗證明，如果在數千年、數萬年前有人把數據寫進水晶頭骨的話，它依然可以保存到今天。
如果水晶頭骨真的是一個信息存儲器，那麼，數千年前的古代瑪雅人是怎樣將信息儲存進去的呢，他們是不是已經掌握了現代人還沒有掌握的科學技術呢？人們又該如何將信息提取出來呢？科學家們對此束手無策。
然而，古代瑪雅人給我們的困惑還遠不止於此。科學家們發現，當有光束照在這顆頭骨上時，隱藏在基底的棱鏡和眼窩裏用手工琢磨的透鏡片組合在一起，能產生一係列光學變化，它所發出的炫目光束，有一種催眠般的魔力，會讓人出現幻覺、幻聽等現象。曾經研究水晶頭骨長達6年之久的水晶專家富蘭克。多蘭德先生說，他在與水晶頭骨共處時，能聽到一種“非常安靜又引人注意，像是從高音大鍾發出”的聲音，還能從水晶頭骨上看到“山巒、廟宇”等圖像。更有人在撫摸過水晶頭骨後，發現自己身上的疾病居然奇跡般地治愈了，種種神奇的現象實在讓人無法理解。近代光學產生於17世紀，古代瑪雅人不可能會運用。
所有集中在水晶頭骨上的謎團都讓人匪夷所思，於是一些崇尚神秘主義的人們幹脆把它歸之為是天外來客的傑作。而當他們即將離開之前，又把水晶頭骨作為禮物送給了瑪雅人，之後，瑪雅人就把它一直保存在金字塔裏直到被安娜所發現。對於這種說法，科學家們無從考證，或許它真是外星人的傑作呢。
真實來曆遭質疑米歇爾.黑吉斯水晶頭骨聚集了種種神秘現象和不解之謎，使得人們對它的猜測也越來越離奇，但實際上，這顆頭骨並不是第一個也不是唯一一個被發現的頭骨。
到目前為止，世界上總共發現了大約十幾顆水晶頭骨，其中有3顆保存在博物館或研究機構內，其餘都被私人收藏。
而且，這十幾顆水晶頭骨也不全是瑪雅人的遺物。但是在所有的這些頭骨中，米歇爾。黑吉斯頭骨無疑是純度最高、最完美也最神奇的一個。
也許正因為這顆頭骨太完美了，以至於遭到了人類的妒嫉，讓人懷疑起它的真實來曆。尤其是這個水晶頭骨的具體出土時間，安娜本人竟有不同的說法。她在1962年接受采訪時說，水晶頭骨是在30年代末，由她的父親在一次挖掘瑪雅遺址的時候發現的；1968年，她給一個研究水晶頭骨的專家寫信時又說頭骨是在1926年發現的；1982年，她回答學者尼克爾的詢問時，又變成是1924年；在1995年出版的《水晶頭骨之謎》裏麵，又說水晶頭骨是在安娜17歲生日那一天發現的。
這些，都不得不讓人懷疑米歇爾。黑吉斯水晶頭骨的真實來曆。
一切也許都是謊言調查者還發現，在印第安人中，隻有古阿茲特克人有雕刻頭骨的習慣，而古代瑪雅人並沒有這樣的習慣，這就更使得籠罩在這顆頭骨上的神秘光環顯得越來越虛假了……科學家們認為，水晶是一種神奇的東西，很容易令人著迷，另外，頭骨也很容易讓人聯想到死神和死亡，用水晶來雕刻頭骨，這種催眠的作用一下子就加倍了，所以容易受到暗示的人就會被它催眠，產生幻聽、幻覺。
2005年1月，一起震驚考古界的事件發生了：英國大英博物館的墨西哥古阿茲特克人的水晶頭骨被科學家正式鑒定為是贗品，考古界為之嘩然。
與此同時，人們對米歇爾。黑吉斯頭骨也提出全麵質疑。
這兩顆頭骨雖然來源不同，但總體形狀卻非常相似，而且都是以一具女性頭骨為模型，不同的是，大英博物館的頭骨是一整塊水晶，而米歇爾。黑吉斯頭骨的下頜則是獨立的，可以拆下，做工更為精致，但是兩顆頭骨的驚人相似，讓人很難相信它們是獨立製作的。
但是，這種百分之百純淨透明的水晶，就算它不是一件文物，其價值也無法估量。誰會用它來製作一件冒充文物呢？如今，安娜已經拒絕對水晶頭骨再做任何科學鑒定，因此，它究竟是不是現代人製作的贗品，科學家們還不能論斷。
人們還是願意相信，終有一天，現代科技會把水晶頭骨上的神秘徹底揭去，讓真相浮出水麵，事實大白於天下。