第四，朱元璋對自己培養的幹部決不姑息遷就。為了培養和提拔新力量，朱元璋專門成立了培養人才的國子監，為沒有入仕的年輕讀書人提供升遷機會。他對這些新科進士和監生厚愛有加，還經常教育他們要盡忠至公，不為私利所動。然而洪武十九年，他派出大批進士和監生下基層查勘水災，結果有141人接受宴請，收受銀鈔和土特產品。朱元璋在斬殺他們時傷心的連連歎氣。
第五，朱元璋製定整肅貪汙的綱領——《大誥》。近兩年時間編纂的《大誥》一書是他親自審訊和判決的一些貪汙案例成果的記錄，書中還闡述他對貪官態度、辦案方法和處置手段等內容。朱元璋下令全國廣泛宣傳這本書；他還叫人節選抄錄貼在路邊顯眼處和涼亭內，讓官員讀後自律，讓百姓學後對付貪官。
作為開國之君的朱元璋，“人在政舉”，借助自己的崇高威望，以極其殘酷的法律嚴懲貪官汙吏。其決心之大、力度之強、措施之精確，收到了強烈震懾作用。朱元璋從登基到“駕崩”，他“殺盡貪官”運動貫穿始終沒有減弱，但貪官現象始終沒有根除。他晚年隻能發出“為何貪官如此之多，早晨殺了，晚上又生一撥”的哀歎。
由於朱元璋是開國皇帝，明初皇帝的力量比較強大，到了明朝中後期則文官的力量變的強大起來。朱元璋利用特務機構，派出大量名為“檢校”的特務人員，遍布朝野，暗中監視。有一次，學士宋濂上朝，朱元璋問宋濂昨天在家喝酒沒有，請了哪些客人，宋濂一一照實回答。朱元璋聽後滿意地說：“你果然沒有騙朕。”著名儒士錢宰被征參編《孟子節文》，一日散朝回家，隨口吟詩道：“四鼓冬冬起著衣，午門朝見尚嫌遲。何日得遂田園樂，睡到人間飯熟時。”結果第二天上朝，朱元璋便問錢宰：“昨天的詩不錯，不過朕沒有‘嫌’遲，改作‘憂’字，如何？”錢宰一聽，嚇得忙磕頭請罪。
1382年，出於監控官員的需要，朱元璋將管轄皇帝禁衛軍的親軍都尉府改為錦衣衛，並授以偵察、緝捕、審判、處罰罪犯等權力，這是一個正式的軍事特務機構，由皇帝直接掌控。它有自己的法庭和監獄，俗稱“詔獄”，詔獄裏采取剝皮、抽腸、刺心等種種酷刑。朱元璋還讓錦衣衛在朝廷上執行廷杖，有很多大臣慘死杖下，工部尚書薛祿就是這樣被活活打死的。
在地方上，在各府縣的重要地方，朱元璋還設置了巡檢司，負責把關盤查、緝捕盜賊、盤詰奸偽。
1370年，朱元璋下令設科取士，規定以八股文作為取士的標準，以“四書”、“五經”為題，不允許有自己的見解，必須依照古人的思想。這種考試的內容比較僵化，限製了人們的思想。
同時，對於不肯合作的地主知識分子，朱元璋則想盡辦法加以鎮壓。他出生貧寒，並且早年做過和尚，所以十分忌諱“光”、“禿”等字眼，就連“僧”也不喜歡，甚至連和“僧”讀音差不多的“生”也同樣厭惡；他曾參加過紅巾軍，因此不喜歡別人說“賊”、“寇”，連和賊讀音相近的“則”也厭惡。有好多人因此送命，如浙江府學林元亮替海門衛官作《謝增俸表》，其中有“作則帝憲”一語，杭州府學徐一夔表文中有“光天之下”、“天生聖人，為世作則”等語，朱元璋便硬說文中的“則”是罵他做“賊”，“光”是光頭，“生”是僧，是罵他做過和尚。據說，有一年元旦夜裏，朱元璋外出，發現一則燈謎：上畫了一個女人，手裏抱著一個西瓜，坐在馬背上，其中馬蹄畫得特別大。對此，朱元璋大怒，認為這是暗諷馬皇後是個大腳，於是即命查緝，將作燈謎的人杖責至死。
文字獄從1384年一直延續到1396年，長達十三年，造成了人人自危、不敢提筆的局麵，以致文官們不得不請求設計出一種標準的文牘的措辭，以免犯忌。