由於數據資料有限，本書還存在一些不足有待進一步探討。本書的局限性及未來研究方向如下：
（1）基於經濟一般均衡原理建立的港口投資的空間一般均衡模型以及基於港口運輸主體經濟博弈行為所建立的港口集裝箱運輸係統模型在一定前提條件下建立，有一定局限性。
（2）由於所建立的模型比較複雜，有些實際數據不能得到，所以在數據資料可得到的範圍進行了分析計算，並對港口和區域經濟的相關條件進行了適當的簡化和歸並。
（3）可運用現代經濟學理論和方法對港口投資效應研究進一步創新，優化港口投資效應的評價模型和指標體係，深入分析港口投資對社會經濟的間接效應和長期效應。