基督教一時很惹人注意，甚至有人利用它的名義倡導內亂，圖謀推翻外交失敗的滿族政權。1843年，洪秀全與表親馮雲山、族弟洪仁玕從基督教小冊子《勸世良言》中吸取某些基督教義，後來自行洗禮，並在廣東花縣首創“拜上帝教”，經過兩年多的發展，信眾達兩千多人。1851年，洪秀全在廣西桂平金田村誓師，宣布起義，正號“太平天國元年”。經過兩年餘奮戰，自廣西入湖南、進湖北，順長江而下，經江西、安徽、江蘇，於鹹豐三年二月（1853年3月）攻下江寧府城，隨即將它定為國都，改名天京。太平天國聲勢浩大，致使大清半壁的天下臨時喪失，最後還靠漢族中出來幾個人把太平天國打倒。
這時清皇朝的八旗兵、綠營兵也日趨衰敗。清廷先後調集大批軍隊前往廣西、湖南鎮壓，結果紛紛敗潰，隻好尋求地方武裝力量進行阻擋。當鹹豐二年（1852）太平軍進入湖南後，清廷便命令兩湖督撫等地方官員勸諭士紳，舉辦團練。此時，曾國藩正因母喪在原籍守製。這年十二月十三日（1853年1月21日），他接到湖南巡撫張亮基轉來軍機大臣傳達鹹豐帝十一月二十九日上諭，要他以在籍侍郎的身份協助張亮基“辦理本省團練鄉民”。曾國藩接旨後四天即前往長沙，著手籌辦團練武裝。
鑒於清朝原有軍隊已不足以維護帝國統治秩序的實際狀況，曾國藩認為必須從根本上著手，建立與培訓起一支有嚴密組織並有頑強戰鬥意識和實戰能力的新軍。為此，他擬定了他的建軍原則，竭盡全力組織起一支新的地主階級武裝湘軍。
曾國藩利用宗法關係作為維係湘軍的紐帶，使全軍上下歸他一人調度指揮，湘軍成為以曾國藩為首領的私人武裝。這是中國近代最早出現的軍閥集團。湘軍的骨幹多是以各種宗法關係糾集在一起的中下層知識分子。他們出身於一般中小地主家庭，功名不高，或是諸生、文童，也沒有顯赫的政治地位。但這些人都浸透了帝製正統思想，都以堅決維護名教綱常和統治秩序為己任。這些人比腐朽的帝國官僚有才幹，他們兢兢業業，有一股拚命向上爬以取得功名利祿的頑強精神和野心。曾國藩正是帶領這樣一批儒生們，結成“誓不相棄之死黨”，而成為太平軍的死敵。
四 甲午戊戌與庚子辛醜
英法聯軍以後，中國對外沒有再受嚴重的挫折，以為大勢已無問題。一直到甲午戰爭中，被素來所輕視的日本打敗，在羞憤之下才知道自己實在衰弱不堪，非設法振作不可。
1895年4月，日本逼迫中國簽訂《馬關條約》的消息傳到北京，康有為發動在北京應試的一千三百多名舉人聯名上書光緒皇帝，痛陳民族危亡的嚴峻形勢，提出拒和、遷都、練兵、變法的主張，史稱“公車上書”。這次上書，對清政府觸動不大，卻轟動了全國。“公車上書”揭開了維新變法的序幕。
在維新人士和帝黨官員的積極推動下，1898年6月11日，光緒皇帝頒布《明定國是詔》，宣布變法。新政從此日開始，到9月21日慈禧太後發動政變為止，曆時一百零三天，史稱“百日維新”。
在此期間，光緒皇帝根據康有為等人的建議，頒布了一係列變法詔書和諭令。主要內容有：經濟上，設立農工商局、路礦總局，提倡開辦實業，修築鐵路，開采礦藏，組織商會，改革財政；政治上，廣開言路，允許士民上書言事；軍事上，裁汰綠營，編練新軍；文化上，廢八股，興西學，創辦京師大學堂，設譯書局，派留學生，獎勵科學著作和發明。這些革新政令，目的在於學習西方文化、科學技術和經營管理製度，發展資本主義，建立君主立憲政體，使國家富強。
新政措施雖未觸及帝製統治的基礎，但是，這些措施代表了新興資產階級的利益，為頑固勢力所不容。清政府中的一些權貴顯宦、守舊官僚對新政措施陽奉陰違，托詞抗命。1898年9月21日淩晨，慈禧太後突然從頤和園趕回紫禁城，直入光緒皇帝寢宮，將光緒皇帝囚禁於中南海瀛台；然後發布訓政詔書，再次臨朝“訓政”。9月28日，在北京菜市口將譚嗣同、楊銳、劉光第、林旭、楊深秀、康廣仁六人殺害；徐致靖被處以永遠監禁；張蔭桓被遣戍新疆。所有新政措施，除七月開辦的京師大學堂（今北京大學）外，全部都被廢止。
變法失敗後，一切舊製隨之複辟。反動政府，不隻廢除新政，並且想借義和團的神力殲滅洋人，以為將中國的洋人全部殺掉，天下就可太平無事！