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不久，十一月，“銅馬”，“青犢”，“尤來”等變民集團的殘部，又擁立孫登為皇帝。孫登部下將領樂玄，斬殺孫登，率領部眾五萬餘人，歸順劉秀，使劉秀更加樹立了統一的信心。
然而，西方對付赤眉的戰事，卻並不順利，使劉秀時常操心。
大司徒鄧禹，自馮愔事件發生以後，威名大減，他的聲譽十分低落；而鄧禹大軍又缺乏糧秣補給。雖然鄧禹不斷對赤眉大軍發動攻擊，卻始終都不能取得決定性的勝利。那些歸附鄧禹的部眾也開始離心離德，甚至有人不斷離散，鄧禹更加束手無策。
赤眉大軍占據長安，延岑占據漢中，都不斷地殘害百姓，使西部始終不得安寧。為了自保，各郡各縣的地方武裝，家族勢力，都集結丁壯，修築營寨，武裝戒備，形成許多獨立王國，自成豪強勢力，不聽從漢室的號令，鄧禹也無計可施。
得知前將軍鄧禹對西部戰場已經無能為力，劉秀隻好開始考慮換帥的問題。
左思右想，劉秀最終決定，任命偏將軍馮異，擔任征西大將軍，前往接替鄧禹的職務，改變漢軍對赤眉大軍作戰不利的局勢。
馮異出發時，劉秀親自率領文武百官，到河南縣（洛陽以西）為馮異餞行送別。
劉秀諄諄叮囑馮異道：“公孫（馮異字）愛卿，朕實在舍不得你離開朕。你平素愛好讀書，精通《左氏春秋》、《孫子兵法》。你作戰十分勇敢，為人謙退，從不居功自傲，常為朕的先驅；而愛卿你又善用謀略，料敵決勝，治軍嚴明，關心民生疾苦，其功至巨。
因此，朕考慮再三，特命你接替大司徒仲華的職務，希望你能夠替朕盡快收複三輔地區，使黎民百姓獲得安寧。
三輔地區百姓，一連遭受王莽，劉聖公帶來的災難，人民生活水深火熱；如今，更加上赤眉，延岑的暴行，已經是生靈塗炭，民不聊生。
朕深知百姓疾苦，十分了解你的為人和用兵，朕也常常為大司馬吳漢因暴虐逼反鄧奉之事，愧疚於心。
因此，朕對將軍寄予厚望，希望將軍能夠體恤朕愛民之意，履行好討伐叛徒，誅滅逆賊，保護善良的責任。
如果有歸附的變民首領，你就把他們直接送到京師，讓朕處置任用。然後，愛卿你就遣散他們的部眾，使他們各歸本行，去安居樂業；摧毀他們的營寨，使他們不能再次聚集，萌生反叛之意。
愛卿啊，征伐的意義，並不是非要奪取土地，屠滅城池不可啊！主要還在於瓦解敵人，安撫民心。這點，愛卿想必深知，所以朕才對你委以重任。
朕的其他將領，如大司馬之流，並不是不會戰鬥，隻是太喜歡討好和放縱部下，太喜歡擄掠。你是朕的優秀將領，統帥良將，應該學會特別地克製自己，不要帶給郡縣痛苦，辜負朕的意思。”
馮異急忙頓首答應：“謝謝陛下的信任。微臣一定盡心竭力，效忠皇上！微臣一定時刻不忘陛下的教誨，施恩於民。使長安百姓，心向漢室！若有違背，任憑陛下處置！”
“很好！愛卿。朕相信你善待百姓的承諾。即日起，你就率軍西上。所經過的地區，你要多多展示朕大漢的威力，建立朝廷的信譽，使變民集團早早歸順，重建和平安寧日子，重享太平盛世！”劉秀下旨道。
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不久，劉秀下詔，再次任命伏隆為光祿大夫（高級國務官），派他出使張步。劉秀任命變民首領張步為東萊太守，其他新任命的青州牧（青州州長），郡守，都尉（民兵司令官）等，都隨同伏隆東下，前去接任自己的職位。劉秀並且還授權伏隆，可以代表皇帝，直接任命包括縣長在內的下級官吏，打算以和平方式解決東方的問題。
接著，劉秀征召鄧禹立即回京。劉秀不斷地叮嚀鄧禹：“大司徒，你要審時度勢，不要因為沒有完成朕交給的使命而一意孤行。切記，不要與走投無路的窮寇，較量長短。