第三，要強化對一係列重要的過程性或者說功能性問題的研究。政治發展不僅包括體製改革，而且應當包括政治過程的改善。相對於體製改革，我們對政治過程的問題以往關注得更少一點。這與我國政治學長期不發達有直接關係。比如，在美國，係統地研究政府過程的問題，從1908年就開始了。從民族特點來說，中國人不缺“大氣”、勤勞、勇敢、靈活，但是應當承認，我們辦事情不夠精細，對過程設計、情報、檔案、績效評估、分工、應急管理等政治與公共管理環節，缺乏足夠的注意，曆史上積累下來的東西不多，需要“補課”。在經濟發展達到一定水平以後，政治與政府管理流程設計安排粗放的問題就會逐步暴露出來，從而製約社會管理和社會服務水平的提高。例如，我國人口多，地方大，政府的縱向間層次不可能太少，怎麼處理它們之間的關係，研究得就不夠，多年困擾我們的以“條塊矛盾”為代表的許多深層次問題一直沒有得到解決，“每一級都管所有的事情”，權力的交叉點過多，責任不清。以何種機製來處理必要的中央集權與適當的行政性分權、政治性分權、地方自治的關係的研究應當提上日程。對這些課題的研究，已超出了通常所說“中央與地方的關係”的範疇，超出了初期體製改革和傳統政治學的範圍，需要通過施政創新和理論創新來推動，需要開發和建設一批新的政治學分支學科和交叉學科。
第四，要強化對一係列重要的過渡性問題的研究。中國如果不經曆改革開放，現在的許多問題，就不存在；中國如果不繼續改革和擴大開放，這些問題也就解決不了。前麵談到的結構性問題和體製性問題，實際多數也同時是過渡性的問題。現在，三個時間起點不同的“過渡”都在21世紀的前20年進入了“總結期”：從1840年開始的由“傳統社會”向“現代社會”的過渡，從1921年開始的對社會主義事業的探討所引發的向中國特色社會主義的過渡，從1978年開始的由計劃經濟體製向市場經濟體製的過渡。然而複雜的是，這個曆史過渡的“總結期”，同時也恰好是中國曆史上難得的“戰略機遇期”。麵對這些重要而複雜的課題，當代中國的政治學，應當成為“過渡政治學”、“發展政治學”，並且在研究這些過渡性問題和發展中的問題的過程中，使學科成熟和壯大起來。
每個國家都有自己的問題。在社會轉型和政治發展中，不斷冒出來問題是正常的。對複雜的政治現象，不能采取簡單化的態度和思維方式。不要抓住一點，不及其餘；不能讓錯覺和偏見妨礙了對政治變革的認識；不要動輒把問題產生的原因歸結為體製，也不能籠統和大而化之地批評“政治改革滯後”。其實，很多問題往往出在運作過程和運行機製上。任何實際運行中的政府，都不僅是一種體製，一個體係，更是一個過程。因此，關於政府與政治問題的研究，除了堅持傳統的體製研究和要素分析的研究方法外，還需要走向一個重要的領域——過程研究。1997年，在拙著《當代中國政府過程》中，我首次將“政治過程”研究方法應用於分析中國政府活動，力圖將對中國政府的研究從“體製”層麵較為係統地提高到“過程”層麵。
在研究中，我們這個以“政府過程研究”為核心的學術團隊，形成了一些對於中國政府與政治研究有特色的理論共識和思維方式。我們把研究重點放在中國政府與政治實際運作情況和工作程序上，旨在從動態的角度考察和研究當代中國政府是如何治理的，在此基礎上試圖探討其中的規律性。
中國政府與政治的研究必須能夠回應“中國問題”。中國漸進地推進改革，在運作政府等方麵，確有自己一套獨創性的東西，有自己的發展邏輯，需要係統地挖掘；麵對中國社會的急劇變化和快速轉型，以及隨之而來的新問題、新現象和新矛盾，更要提出自己的解釋和指導方案，不能僅僅用歐美的語言係統和評價標準解釋中國政治。來源於西方的理論能夠啟發我們的思維，但不能簡單借用在西方經驗基礎上形成的理論來解釋和指導中國的政治發展。中國應該有基於自己實際成長起來的具有中國風格、中國氣派的政治學，需要創造和使用自己的核心概念、基本範疇、理論體係和分析框架。中國到了以理論回饋時代的時候了。