到21世紀之後，番薯的研究依然受到學術界的重視，但學者的研究視角有所擴大。如邵侃等以甘薯為例，從探究甘薯的來源及傳入途徑、性狀和功用等入手，分析明清時期糧食作物引進的現實意義和深遠影響。在肯定甘薯的引進對中國社會產生積極作用的同時也指出，新引進的物種憑借其生態適應能力強、繁殖能力強、傳播能力強等特點搶奪其他生物的生存空間，破壞生態平衡，對當地生態環境造成了長期的不利影響。
對於美洲原產作物傳入中國後的影響問題，還有許多人作過論述。概括起來，這些影響主要體現在幾個方麵：第一是對農業生產的影響。何炳棣認為，“玉米、番薯等美洲作物的傳入對中國土地利用和糧食生產確實引起了一個長期的革命”。趙岡等人既分析了玉米番薯引進對我國糧食畝產增加的作用，同時也分析了由於玉米引種對環境破壞所造成的清後期糧食畝產下降問題。閔宗殿也討論了海外作物傳入對我國農業的影響。第二是對社會經濟發展的影響。陳樹平指出，玉米番薯的引進，不僅使糧食產量提高、耕地麵積擴大，從而解決民食問題，而且還促進了經濟作物的種植以及糧食商品化的發展，客觀上又推動了手工業和商業的發展。藍勇分析了美洲高產旱地農作物傳入後，一方麵使人口持續增長，另一方麵也造成了亞熱帶山區的結構性貧困，製約了商品經濟的發展。李映發以四川為個案，探討了清初客家移民在傳播玉米、甘薯中的作用。王思明認為，美洲作物的傳播不僅滿足了日益增長的人口生存需求，而且有利於提高農業生產效率。第三是對人口的影響。葛劍雄認為：“甘薯、玉米、花生、土豆等高產耐旱作物的引種等都曾大大提高了糧食產量，從而使人口有了新的增加。王育民持類似觀點，認為高產農作物引進是中國明清時期人口猛增的重要原因之一。第四是對環境的影響。張建民認為，玉米、番薯等高產作物的引進是明清農業墾殖擴張的重要條件，但對生態環境的破壞作用不容忽視。張芳分析了玉米引種對環境的破壞，以及由此而導致的清朝後期糧食畝產的下降。佟屏亞探討了玉米傳入對中國近代農業生產的雙重影響，在肯定其積極作用的同時，也指出了它對生態環境所造成的極度破壞。這裏還要特別介紹張箭在2001年發表的一篇文章。該文論述了美洲三大糧食作物(玉米、土豆、甘薯)的被“發現”、傳播和在世界範圍內擴散的過程，肯定了歐洲人在這一過程中的獨特作用。這篇文章指出，美洲作物在歐洲的傳播一般經曆了被收藏、在庭院試種供醫藥學家和植物學家研究、被誤會和歧視、逐步進入餐桌和食槽等幾個時期。文章也考釋美洲糧食作物傳入中國的路線、時間、方式等問題，厘清了一些比較重要的問題。文章最後總結了美洲糧食作物所具有的優點，高度評價了美洲糧食作物的馴化、傳播和進一步改良在人類曆史上的重大意義。這篇文章所包含的綜合研究方法，對於後人的研究具有啟發意義。
（3）關於馬鈴薯、煙草等農作物的引入問題
相對於玉米和番薯而言，我國史籍關於馬鈴薯的記載很少，而且非常模糊。這樣，研究馬鈴薯引入問題的文章不多，至今尚不清楚馬鈴薯引進的確切年代和具體途徑。大體上說來，關於這個問題有以下4種說法。第一種說法是，馬鈴薯是在17世紀中葉由海路傳入台灣和東南沿海的。20世紀60年代初期萬國鼎在《五穀史話》中最先提出這一觀點，並認為我國最早記載馬鈴薯的文獻是康熙福建《鬆溪縣誌》(1700年)。20世紀80年代，何炳棣又提到了另一條史料，對這個觀點進行佐證：1650年到過台灣的荷蘭人斯特儒斯在日記中記載，當時台灣已經有馬鈴薯的種植，荷蘭人曾於1619-1662年盤踞台灣，馬鈴薯可能就是由荷蘭人帶到台灣，進而傳播到東南沿海地區的。在此後的很長一段時間內，許多人引述了這一觀點。20世紀90年代初期，穀茂等人結合馬鈴薯在歐洲的傳播曆史，對萬國鼎、何炳棣等提出質疑，認為1650年地處北歐的荷蘭是否有馬鈴薯的普通栽培種無從證實。第二種說法是，馬鈴薯是在萬曆年間傳入中國的。20世紀80年代初，翟乾祥依據蔣一葵《長安客話》(成書於明朝萬曆之際)中有關土豆的記載，主張萬曆年間馬鈴薯可能從海外直接傳至京津地區，京津地區可能是亞洲最早見到馬鈴薯的地區之一。佟屏亞等也根據這一史料提出“馬鈴薯引入我國的時間是在明萬曆初以前”。翟乾祥之後又繼續探討這個問題，強調馬鈴薯應在明末傳入我國，決不可能遲至清乾嘉之際。但有學者提出不同意見。穀茂等人認為，400多年前從南美洲引出的馬鈴薯安第斯亞種傳到歐洲後，經過100多年的進化又形成了普通栽培種。中國的馬鈴薯屬於來自歐洲的普通栽培種，因此它不可能在16世紀末或17世紀初引入中國。馬鈴薯傳入中國的時間應在18世紀後期。第三種說法是，馬鈴薯於18世紀末到19世紀初由西北陸路傳入山西等地。尹二苟認為，《馬首農言》中的“回回山藥”就是馬鈴薯，馬鈴薯是由晉商從俄國或哈薩克汗國(今哈薩克斯坦)引進的，其時間是在18世紀末到19世紀初。第四種說法是，馬鈴薯通過多種渠道、多次被引入到中國。這種說法是在本世紀初提出的，例如，翟乾祥認為，馬鈴薯於明末引入我國，傳入的主渠道是南洋和印緬；傳入東南沿海地區的馬鈴薯由於薯種退化的原因，沒能傳播開來；從印緬通道引入的馬鈴薯先在滇川黔種植，後又輾轉到隴東、陝南、晉北等高寒地帶，並完成了馴化。
對於煙草的引入問題，20世紀50年代就已有研究，重點是探討煙草傳入中國的時間和途徑問題。由於條件所限，這一階段的論文數量有限。20世紀80年代之後，除了繼續對煙草的傳入時間和途徑進行探討外，學術界逐漸出現了一種新的研究態勢，即開始將煙草問題置於整個社會環境中予以考察。
我國學術界普遍認為煙草原產美洲，1558年哥倫布帶回歐洲後在世界各地傳播開來，16世紀末17世紀初傳入我國。葉依能：《煙草：不過，對於煙草傳入我國的具體時間和地點，則有不同的觀點。劉翔根據新材料，否定了一些傳統的說法。他認為，煙草傳入中國的時間，而非明萬曆年間；攜帶傳入者是葡萄牙人，而非西班牙人；中國最早種植煙草的是廣西合浦沿海地區，而非台灣、福建兩省。鄭超雄根據廣西合浦縣一座明代龍窯遺址中出土的瓷煙鬥，認為煙草應該在正德至嘉靖二十八年間(1506-1549)率先傳入我國廣西的。鄭超雄：但這一說法遭到質疑，藍日勇認為瓷煙鬥的出土，隻能說明吸煙習俗的存在，無法證明廣西合浦沿海為我國最早種植煙草之地。蔣慕東等人通過研究出土文物的年代，也認為“廣西合浦率先傳入煙草”的觀點難以成立。陶衛寧在研究文獻資料和相關考古資料的基礎上，提出煙草作為一種經濟作物傳入中國的時間大約是在明朝中後期的正德嘉靖年間，到了萬曆年間才在閩廣沿海一帶有一定規模的種植。匡達人則主張，煙草傳入中國的時間應當在1558年之後。也有人結合以上萬曆說和嘉靖說，提出煙草傳入中國的時間應該在1558-1575年之間。