朱謙之的這篇答複文章發表後，烏恩溥隨即對其進行了批判。烏恩溥認為，“來華教士所進行的活動並不是散漫的個人宗教活動，而是依據殖民國家統治者的命令進行的有組織、有計劃的侵略活動”，“基督教侵入中國是中國人民的災難。中國人民在原來封建專製主義思想統治的基礎上，又遭受了基督教宗教神秘主義的束縛和奴役”，所以，“朱謙之先生所一貫堅持的觀點是違反曆史實際的，是非科學的”。烏恩溥：《關於十六、十七世紀外國傳教士在中國的活動問題》，《新建設》1960年3月號。不過，與朱謙之的那篇文章相比，這篇批判文章顯得非常蒼白無力。
徹底批判西方來華傳教士，固然可以使人們看清其侵華“先遣隊”的真麵目，陳慶華在《早期天主教士底武力征服中國陰謀》對此有過專門的敘述。不過，這也給大陸學者帶來另一個學術上的難題。因為無論是明清之際的天主教傳教士，還是19世紀開始來華的基督教傳教士，都曾猛烈抨擊過古代中國正統的意識形態儒家學說。許多人甚至把西方傳教士對儒家學說的批判看做是西方傳教士對中國進行文化侵略的一個重要表現。而就中國本身而言，自20世紀初的新文化運動開始，儒家學說也被當成是一種腐朽落後的反動的意識形態，是革命的對象。中華人民共和國建立後，更是如此。那麼，如何評價西方傳教士對儒家學說的抨擊呢？陳申如發表的《外國基督教在華傳播及其與儒教的關係》對這個問題進行了很好的研究。文章說：“無論儒家思想、或基督教思想，都是為了麻痹人民，以便更好統治人民、奴役人民”，所以，當西方列強“認識到光憑借‘大炮’和‘基督教的曙光’不能征服中國人民”時，就會轉而利用儒家思想；“中外反動勢力在政治上勾結了，由此反映在上層建築方麵，基督教思想和儒家思想也就逐漸從矛盾、鬥爭轉向相互妥協”；“我們可以得出一個結論：即通過‘尊孔’的出現，表明基督教同儒教二大反動思想已開始合二為一，以做垂死掙紮，企圖來共同對付無可抗拒的中國革命新思潮”。這篇文章，比較典型地反映了特殊時代裏特殊的論證方法。
五六十年代大陸學術界對海上絲綢之路相關問題的研究，主要體現在上麵七個方麵。此外，由於向達的努力，在文獻整理上也取得了重要的進展。
1957年向達被劃為右派，不僅“受到不公正的對待”，而且還受到了一批著名學者的公開批判。但向達並沒有放棄對學術與真理的追求。在此後的幾年中，他積極籌劃並致力於整理《中外交通史籍叢刊》，其目的，“主要就是選擇那些在‘正史’外國傳以外的有關中外交通的著述來加以整理出版”這套叢書原計劃出版41種，分四批出齊。但由於“文革”的爆發，向達本人“被一再批鬥”，於1966年11月去世，成了“‘文革’中第一個去世的人”。《中外交通史籍叢刊》也隻出版三種，分別是《西洋番國誌》、《鄭和航海圖》和《兩種海道針經》。這三種文獻，都是向達本人整理出來的。1961年出版時，《人民日報》還為此刊發過消息《北京大學曆史係編輯〈中外交通史籍叢刊〉》(《人民日報》1961年10月19日)。70年代末期，中華書局決定恢複出版這套叢刊，具體工作由謝方主持。到了1998年，共出版了26種(其中包括向達整理的3種)。中華書局編輯部：《〈中外交通史籍叢刊〉重印說明》，鞏珍著，向達整理：《西洋番國誌》。現在，《中外交通史籍叢刊》是研究古代海上絲綢之路必讀的基本文獻。如果沒有向達在60年代所做的努力，這套文獻的整理出版是不太可能的。
1966年開始的“文革”，給海上絲綢之路的研究帶來了深重的災難，一大批才華橫溢的優秀學者在這場浩劫中含冤而死。我們這裏僅以吳文良為例。“文革”中，吳文良“被送去德化集中營(美其名曰‘學習班’)，厄運隨之降臨，禍根竟出在《泉州宗教石刻》一書上。原來在該書出版後，海外一些學者曾就書中的某些問題與吳先生進行書信商榷，造反派竟據此誣為罪證，采用高壓的逼供訊手段，把先生打成‘裏通外國的反革命分子’，對先生施行殘酷的嚴刑拷打，直至被迫害致死”吳文良：《泉州宗教石刻》，吳幼雄增訂，黃展嶽序。。
在“文革”十年(1966-1976年)中，武伯綸的《唐代廣州至波斯灣的海上交通》，大概是中國大陸關於海上絲綢之路南海航線(中國通往東南亞及印度洋地區)的唯一的一篇學術文章。文章主要根據保存在《新唐書·地理誌》中的賈耽的《皇華四達記》，介紹了唐代廣州與波斯灣之間的海上航線。文章說：賈耽的這部著作，“是我國勞動人民和亞非各國人民，在一千多年以前共同努力，開辟這一段海上交通的真實記載，也是研究我國在唐代和亞非各國文化交流、友好往還的珍貴史料。在目前大好形勢下來研究《新唐書·地理誌》的這段古代史料，覺得格外有興趣”。這篇文章除了引述馮承鈞所譯的《馬可波羅行紀》和岑仲勉的《隋唐史》外，沒有提及國內外其他學者對此問題的研究成果，也沒有利用多少中外文史料，更沒有提出或解決多少學術問題。但是，這篇文章的問世，表明當時中國大陸對於海上絲綢之路的研究並沒有完全中斷。
郭沫若在《出土文物二三事》中寫道：1970年，陝西西安市郊出土了兩甕唐代文物，“已考定為唐玄宗李隆基天寶十五年(756年)六月因安祿山之亂逃奔四川時，邠王李守禮的後人所窖藏”，其中有五枚日本“和同”銀錢。郭沫若認為：“邠王所得‘和同’銀錢，與《開元通寶》金銀錢及其他珍寶同時窖藏，看來是日本遣唐使所獻的‘貢品’由朝廷頒賜的。”元代，日本僧人邵元於搭乘商船在寧波上船，遊曆過許多佛教聖地，後久居河南登豐少林寺，曾接任過首座僧職。邵元在中國生活了21年後返回日本。1973年，在少林寺塔林中發現了邵元所撰塔銘。《日僧邵元在我國所撰碑文銘考略》通過介紹現存我國境內的三件邵元所書碑文塔銘，說明了中日兩國之間悠久的曆史關係和渾厚的傳統友誼。