其二是國有企業改革的問題。由於價格機製的改革在1992年時已經基本結束，再加上市場經濟體製的改革目標基本確立之後，中國國內的短缺現象到上世紀90年代中期徹底扭轉，賣方市場最終向買方市場轉變，而與此同時，國有企業的經營卻每況愈下，所以經濟學界的研究重心自然而然向國有企業的改革轉變。國有企業改革的最終目標自然是建立現代企業製度，其中中心問題是產權改革，產權改革的核心是現代企業製度中的所有權構成問題。在這一問題上，出現兩次著名的爭論。一次是1995年被稱為“北大交火事件”的林（毅夫）張（維迎）之爭。在那次交火事件中，林毅夫主張國有企業改革方式的核心是創造競爭的環境，而張維迎則主張國有企業改革的出路在於民營化。一次是2004年的“郎顧之爭”，這次爭論以2004年8月9日香港著名教授郎鹹平在複旦大學發表的題為《格林柯爾：在“國退民進”的盛筵中狂歡》的演講攻擊大陸的並購大王顧雛軍利用國企改製的方式大量侵吞國有資產為導火線，引發了國內關於國有企業改製的方向及其事實結果的大討論。在討論中分為了明顯的兩派，一派堅持國企私有化是正確的方向，一派認為國企私有化的結果是造成了國有資產的大量流失。
其三是關於中國經濟轉軌模式的研究。準確地說，關於中國經濟轉型或轉軌的理論，應該說是從第二階段開始的。因為隻有這時中國才正式確立了轉型的目標，並開始思考轉型的模式和路徑。在關於中國經濟轉軌模式的研究中，1994年盛洪主編的論文集《中國的過渡經濟學》收錄了其中的代表性成果。這方麵的研究主要從三個方麵展開，第一是對中國經驗的概括和解釋，探討中國轉軌的實踐模式。一般學者都認為中國經濟轉軌的經典範式是“體製外改革”和“增量改革”。如盛洪就認為價格雙軌製的設想包含了增量改革和體製外改革的一般構思。第二是對激進轉軌和漸進轉軌模式的不同績效的分析比較，並對國際上批評中國經濟轉軌方式的觀點進行了反擊。其中，林毅夫等人指出中國的漸進式改革最接近“帕累托演進”，經濟改革必然要涉及到較大範圍的利益結構調整，中國的改革是在中國共產黨領導下進行的，因而領導階層中並不存在一個足以與堅持改革的主流意見相抗衡的利益集團。而樊綱則認為中國改革的本質特征在於它是“非帕累托演進”，但通過“漸進式改革”和“激進式改革”的成本比較得出“漸進式改革”是中國的最優選擇。第三是對與改革道路相關的國外轉軌理論及改革熱點問題的研究。這方麵的著重點是政府職能與地方政府的關係。劉世錦探討了作為改革者的政府在政府機構、法律製度、製度環境以及各類經濟競爭等方麵的改革問題，指出通過政府推動的改革為企業和個人自發進行改革開辟道路並使後者占據日益重要的地位。周振華從中央與地方分權以及地方政府利益獨立化的角度探討了政府間的利益分配與資源配置。戴園晨探討了建立市場秩序和界定政府和市場邊界的問題。
第三階段是體製確立與改革攻堅的轉型深化期。2003年中共十六屆三中全會宣布社會主義市場經濟體製的初步確立是第三階段開始的標誌，中國經濟改革或稱中國經濟轉型研究也由此進入了轉型經濟探討和體製改革攻堅研究為主題的新階段。這時經濟理論研究的基本特征是：在轉型模式研究中滲透著改革對策研究，在改革對策研究中又折射出轉型模式研究的基本理論主張。這一段時期研究問題非常廣泛，重點主要在如下幾個方麵：
其一是中國經濟轉型的模式、道路和特點。這個問題是第二階段的一個研究熱點，但在第三階段依然為重要的內容，而且和第二階段不同的是，第二階段關於中國經濟轉型模式的研究重點在於探討，而這一階段則開始全麵的總結。另外，這一階段很多的學者都開始突破了原有的“激進——漸進”範式，而提出了新的轉型思維範式。如周冰和靳濤提出，以憲法性秩序轉變方式為依據，經濟轉型方式可以概括為平滑模式和突變模式。中國的經濟轉型屬於平滑模式。李曙光則從戰略的角度提出，中國經濟改革走的是一條特殊的“政策之治”的路徑，下一步的改革，關鍵是由“政策之治”邁向法治之治。