其二是對於經濟運行機製的研究，主要研究市場機製和宏觀調控的關係，並進一步延伸到政府改革和法治政府的問題，由此而進入到了憲政研究的政治領域。如錢穎一把建成基於法製的市場和高效廉潔政府看作是中國經濟轉軌成功的標誌。李稻葵指出“經濟轉型和經濟改革的本質是政府的改革”。唐任伍、王宏新從把現代經濟分為“革命經濟”、“改革經濟”和“憲政經濟”的角度，探討了經濟改革和憲政轉型的關係，提出了以“憲政經濟”作為中國經濟改革與憲政轉型的製度選擇的觀點。
其三是關於所有製和收入分配體製的研究。所有製改革是中國經濟轉型與製度創新相關的一條主線，各種觀點層出不窮，雖然公有製仍然被確定為中國經濟製度的一條基本原則，但這一問題事實上是中國社會主義製度創新的根本性難題，這個難題在中國經濟轉型深化期必須解決。所以，這一段時期，關於所有製的研究仍然是一熱點。如李連仲進一步闡述了股份製是公有製主要實現形式的主張。衛興華則從轉型深化時期國有企業改革的現實和馬克思主義基本理論的角度指出要警惕公有製主體流於空談。但是另有一部分學者對此不以為然。如張軍擴提出把公有製尤其是國有製看作是決定社會主義製度性質的事情，甚至看作是決定共產黨執政地位的事情是“一個似是而非的認識。”另外，由於社會貧富差距的拉大，這一段時期，收入分配製度也開始成為理論界的熱點。很多學者對於公平與效率的關係進行了重新思考，這方麵，最有代表性的是範恒山的觀點，他認為，到了現階段，關於收入分配製度應該從以“破”為主轉變為“破”、“立”並重和寓“破”於“立”，從主要進行利益調整轉向利益調整和利益增進並重，從利益傾斜轉向利益兼顧、要求廣大人民群眾都能分享改革發展的成果。
其四是關於社會製度創新的研究。由於社會主義市場經濟體製基本形成，很多學者紛紛提出中國今後的重點應該是製度創新和製度建設。如胡鞍鋼提出了第二次轉型的觀點，主張今後必須從以經濟建設為中心轉變為以製度建設為中心。蔡繼明也認為，伴隨經濟體製改革的不斷深化，基本經濟製度的規定性也發生了變化，中國的經濟轉型從體製改革階段到了製度創新的階段。
近幾年來，由於中國改革取得的巨大成功以及中國經濟體製的基本成型，也出現了大量的綜合性全麵係統描述中國近幾十年來改革曆程的著作，這方麵應該以吳敬璉2004年出版的《當代中國經濟改革》為代表。吳敬璉在這部著作中認為，中國經濟改革始於1958年，從1958年到1978年是行政性分權改革，主要內容是向各級地方政府的放權讓利。這種放權讓利實際上與當時高度集中的計劃經濟體製是相矛盾的，因為計劃經濟本身要求全國經濟命令高度統一，做到令行禁止，而行政性分權實際上違背了這一原則，所以最終導致了地方保護主義和經濟的混亂，但是另一方麵，這種地方保護主義也使市場關係在地區與地區之間的競爭縫隙中成長起來，為中國後來民營經濟以及鄉鎮企業的發展打下了基礎。從1978年到1993年是增量改革階段，這一段時期改革的重點放在非國有經濟方麵，也就是由“體製內”轉向“體製外”，尋找新的經濟增長點，主要采取的措施有鼓勵非國有企業的成長；對外開放，實現部分地區與國際市場的對接；建立試驗區，實行改革開放的“地區推進”；實行“雙軌製”等等。這種增量改革取得了巨大的成就，但吳敬璉認為也帶來了極大的消極後果，這種消極後果主要表現在：國有企業的財務狀況日益惡化；通脹壓力經常存在，不時爆發；腐敗猖獗；貧富差距擴大等等。1993年11月的十四屆三中全會通過的《關於建立社會主義市場經濟若幹問題的決定》正式確立了“整體推進、重點突破”的新改革戰略。於是，從1994年開始，中國的經濟改革進入到了整體推進階段。這一時期在財稅製度、金融體製、外彙管理體製、企業體製和社會保障體係等方麵進行了全麵的改革。這次改革取得了巨大的成就，使中國經濟最終全麵與世界接軌，同時也使國有企業最終走出了困境，確立了中國混合所有製的經濟結構。但是，企業改製過程中國有資產的流失非常嚴重，收入差距日益拉大，這也說明中國的經濟改革依然存在許多問題急需解決。正因為如此，吳敬璉最終才提出：“改革的兩種前途嚴峻地擺在我們麵前：一條是政治文明下的法治的市場經濟道路，一條是權貴私有化的道路，這是希望的春天，也是失望的冬天；我們正在走向天堂，也可能走向另一個方向。”