光緒二十四年（公元1898年）正月初三下午，總署大臣李鴻章、翁同龠禾、榮祿等在總理各國事務衙門召見了康有為。這實際上是一次大論戰。當談到變法問題時，榮祿先發製人，態度冷傲地說：“祖宗之法不可變！”康有為早有準備，麵色從容地反駁道：“任何事都得因此變通。就拿總署這個衙門來說吧，祖宗當年就沒有設過，現在則增設了。形勢不同，這種變化是免不了的。”榮祿被康有為駁斥得啞口無言。這次召見，從午後三時直到黃昏，榮祿對康有為抱有極大的政治偏見，沒等接見完畢，便先行告退了。
同年四月，康有為在北京成立“保國會”，宣傳保國、保種、保教，榮祿大加詆毀，攻擊康有為“僭越妄為，非殺不可”，要康有為“小心腦袋”。
同年六月，“百日維新”開始，榮祿等人與慈禧密謀策劃扼殺維新運動，先由慈禧逼迫光緒帝罷免其老師及親信翁同龠禾。慈禧罷免翁同龠禾後，很想讓榮祿入軍機處，而榮祿很會察言觀色，並懂得兵權的重要性。所以榮祿極力推辭，他冠冕堂皇地說：“去一漢員，仍宜補一漢員。”他推薦王文韶入總署，他自己則乘機代替王文韶為直隸總督北洋大臣，把持軍事大權。這樣，榮祿輕而易舉地節製了北洋三軍（袁世凱的新建陸軍、聶士成的武毅軍、董福祥的甘軍），並被授予大學士銜，成了權傾內外的重臣。
就在這個時候，榮祿等人已經開始策劃廢黜光緒的問題。榮祿再三懇請慈禧再一次出來“垂簾聽政”。慈禧一方麵躍躍欲試，另一方麵又不無顧忌地說：“我不是想躲在頤和園裏享受，隻是怕人家又要嘲笑我好攬大權了。”榮祿則諂媚討好地說：“所謂‘攬權’，是對臣下講的，怎麼能指太後呢？明白事理的人不會說這種話，說這種話的人無足輕重。”
榮祿曾遍邀王公大臣聯銜懇請慈禧垂簾訓政，其目的是造成一個聲勢煊赫的籲請慈禧垂簾的運動，以便上下勾結，奪取光緒帝的皇權。雖沒有達到目的，但他這些邀寵的舉動，使慈禧更加寵信他了。
戊戌年六月，頑固派諸大臣見光緒廢科舉、興學校，又聽說要裁撤衙門，都感到非常恐懼，紛紛勸榮祿設法阻止。而榮祿卻笑著說：“等到他們鬧到剪辮子的時候，自然有辦法，這個時候你們就這麼著急幹什麼！”榮祿的一席話表明慈禧一黨早已打定主意，隻等一有時機，就立即撲滅新政，取代光緒。
當時盛傳慈禧準備於九月帶光緒去天津閱兵。而實際上到天津閱兵隻是榮祿為了迎合慈禧喜歡遊玩的心理而上的奏折。但維新派認為，頑固派可能用閱兵之機逮捕並廢黜光緒帝，推翻新政。此時此刻，維新派才感到有抓住軍權的必要。經過仔細篩選，他們將目光移向了袁世凱。他們打算鼓勵袁世凱舉兵勤王，殺榮祿，兵圍頤和園，逼慈禧交出政權。於是維新派誌士譚嗣同密訪袁世凱，在談話過程中，袁世凱假惺惺慷慨激昂地表示：“殺榮祿如殺一狗耳！”譚嗣同聽後，甚為滿意，放心地走了。
同年七月二十六日這一天，發生了兩件非同尋常的事。一是光緒帝明發上諭召見袁世凱，二是日本首相伊藤博文抵達天津。這兩件事榮祿都是當事者。在前一件事中，榮祿負責轉達諭令，而在後一件事中，榮祿曾親自宴請伊藤。身為慈禧親信的榮祿馬上將所掌握的有關情況全部電告了慈禧。同時榮祿還采取了一些具體的步驟。他見袁世凱被召，馬上調兵遣將預為防備。首先調聶士成守天津，以斷袁軍入京之路，接著調董福祥軍密入京師，做好發動政變、廢黜光緒帝的準備，然後又唆使禦史李盛鐸奏請光緒帝侍奉慈禧同往天津閱兵，借以乘機下手。
而西太後得到了光緒帝在八月初五接見伊藤博文的消息後，大生懷疑，認為光緒要“勾外國謀我”，於是便於八月初四返回清官，以監視皇上見伊藤的舉動。西太後回到清官時，榮祿也尾隨而至。伴隨榮祿的是十營聶士成的武毅軍開進京城，於是京城轟動，人心惶惶，政變的烏雲已經覆蓋了北京城。
此時，袁世凱既看透了新的勢力鬥爭的結局，又摸到了維新派的底細，這在他看來似乎又到了“立功”的絕好時機。正好此時榮祿向袁世凱傳去消息，詭稱英、俄在威海衛開戰，各國調集兵船於大沽，命他回天津防堵。於是袁世凱速回天津。回到天津後，他匆忙拜見榮祿，把維新派的計劃和盤托出。榮祿聞訊，大吃一驚，急忙趁著茫茫夜色，奔回北京，連夜向慈禧作了彙報。
第二天清晨，慈禧大怒之下，宣布“今日始”重新由西太後“訓政”，從而結束了光緒帝的“新政”時期。慈禧還不甘心，甚至想將光緒廢掉。於是榮祿忙說：“這件事關係重大，請皇太後三思而行，等捉到康有為之後，是非自然清楚。”榮祿這樣說並不是想保全光緒，也不是因為“是非不清”，他是怕引起天下的動亂，尤其摸不清外國人的態度。第二天，榮祿帶領一隊兵士，傳太後命令，將光緒囚禁於南海的瀛台。
3.廢立之謀，高人一籌
政變後的幾天中，維新派和支持變未能的帝黨官員或被捕、或革職、或遭終身監禁，無一幸免。對於一切新政，當然要一律推翻。慈禧為了表明她“勇於納諫”和並不專權，一天，她詢問大臣：“新政和祖宗的法各有什麼利弊？”在場的榮祿裝著很公允的樣子說：“變法是為了富強，也不是不可以。但富強之道，無非是開礦、通商、練兵、製造機器罷了。其他治國的大經大法，祖宗早就替我們想得很周到了，決不允許有什麼變更。”與此同時，朝中的滿族官員還聯名上疏，請求慈禧廢除新政。這樣已經廢棄的八股製度，已經裁撤的衙門，已經罷免的官員又統統恢複了。
慈禧是一心想廢黜光緒的。但是，了解中外大事的軍機大臣榮祿不讚同此事。然而勸說慈禧談何容易，榮祿為此內心極為焦躁。適逢大學士李鴻章受諭任兩廣總督。在上任前，他向榮祿辭行，見榮祿麵帶憂色，就問道：“什麼事令你這樣煩憂？”榮祿憂心忡忡地答道：“南海雖邊遠，但實在是一大都會。你到那兒任職，朝廷就無南顧之憂了。你此次出行將高舉遠引，跳出是非之圈，福誠無量。而我受恩至大，責任也最重。近日來，求生不能，求死不得，真不知該如何是好？”接著，榮祿把慈禧欲廢黜光緒帝的謀劃和盤托出，告訴李鴻章。李鴻章還未聽完，便急切地高聲說道：“此等大事，現在怎能這麼做？試問你有幾個頭顱，敢於嚐試此事？如果嚐試，必定危險萬狀。各國駐京使臣，首先抗議。各省疆臣，更會有仗義聲討之舉。你應該速去密陳太後，成敗利鈍，在此一舉！”榮祿聞此言，悵然若失，感到非同小可，馬上請求單獨召見。
慈禧召見了榮祿，榮祿問：“傳聞將有廢帝之事，是嗎？”慈禧反問道：“你認為廢帝之事行嗎？”這時並不同於朝堂之上、群臣之前，榮祿用不著拐彎抹角，他直率地說：“太後要行廢立之事，誰敢說不行！但現在他的罪狀還不充分，一旦廢棄，難免會引起混亂。所以，奴才以為這件事不可不慎重！”榮祿的擔心不是沒有根據。自政變之後，輿論紛紛，人情洶洶。“皇帝有病，生命垂危”，甚至“要換皇帝”這類傳說遍及全國。有的報紙還公開作了宣傳。大臣們對廢黜光緒的意見也不一致。有些大臣反對廢帝，而有些大臣卻極力策劃廢帝活動，如崇綺、徐桐等擬就請求廢帝的奏疏後，曾拉最受西太後寵信的實權派官僚榮祿署名，準備讓他領頭搞聯名奏請。但榮祿此人更有心計，他對內外的反應一直有所顧忌，尤其是惟恐惹怒列強以致不好收拾。因此，榮祿不願在廢帝的事上搞得過分露骨，對崇綺、徐桐的再三鼓勵沒有明確表態。榮祿看慈禧麵有難色，於是獻上了一條“妙計”：“現在皇帝年齡已大，一直沒有皇子，不如選擇宗室近友為大阿哥，當皇上的嗣子，兼嗣穆宗（同治帝），皇帝當年接任的詔書中已經講了這層意思，別人不會說長道短。太後可把大阿哥弄來，養在宮中，慢慢用他來取代皇上，這不是名正言順的事情嗎？”