後來周延儒複起，除了複社張溥等人給他湊了一筆政治獻金，阮大铖發發狠也給了一萬兩，說明這人斂財確實有一套。一開始周延儒沒敢要，問他，我這次複起可都是東林人出的力，小阮你名字還在逆案名單裏呢，沒法推薦你啊。阮大铖一想也是，好吧，推薦馬士英沒問題了吧。周延儒說，太沒問題了，拿著一萬兩銀子就走了。此舉說明阮大铖得到了呂不韋的真傳，會做長線投資，馬士英就是他向東林複仇的潛力股。
南明小朝廷剛剛成立，馬士英就上疏弘光舉薦阮大铖，當年的投資開始往回收了。阮大铖很直接，見弘光的第一麵就亮出了刀子，刀鋒對準東林黨。“陛下隻知君父之仇未報，亦知祖母之仇未報乎？”
弘光就是福王朱由崧，“君父”指的是他堂弟崇禎和他爸老福王朱常洵。李自成攻陷洛陽後，把大胖子朱常洵剁成肉塊和鹿肉混一起燉了一大鍋，美其名曰“福祿宴”，跟手下們分而食之，第二天老福王變成李自成的大便被排了出來。“祖母”就是朱常洵他媽鄭貴妃，明朝三大案的第一犯罪嫌疑人。當年鄭貴妃想立自己的兒子為太子，就是被楊漣等東林黨人“粉碎”的。阮大铖之所以把棺材裏的鄭貴妃翻出來，當然不是讓朱由崧緬懷他奶奶，目的還是東林黨。此時的阮大铖已經沒啥可以掩飾的了，過去是有官萬事足，現在是報仇萬事足。
複仇之前得先把自己打扮得政治正確，於是阮大铖開始頻繁上疏自辯。本來老阮給自己曆史遺留問題的辯解還算靠譜，但可能是通訊不發達的緣故，他說北京破城後自己的好哥們兒馮銓“闔家殉難”，還說大學士韓爌“全家投敵”，結果正好相反，全家投敵的是馮銓，闔家殉難的是韓爌。
大學士薑日廣，久經考驗的東林黨黨員，因反對起用阮大铖被後者誣告。收拾薑學士的過程很簡單，阮大铖隻動用了他的編劇才能就逼得薑日廣致仕。具體細節是這樣的，阮大铖上了一道“黃”疏，說薑日廣跟兒媳婦通奸，連偽證都懶得弄，直接拽了個姓朱的皇室成員署個名就OK了。朱由崧是南明第一混蛋，一見有自己親戚簽字就信了，認定這起“爬灰事件”成立。阮大铖這招非常下作，給薑日廣扣個爬灰的屎盆子，後者一耿直老儒，想分辯幾句都不好張口，總不能把兒媳婦叫皇上跟前兒幫老公公證明清白吧。其實潑糞這招東林黨人當年也對阮大铖使過，不過論技術那幫大儒隻能管阮大铖叫老師。
肅清東林、複社是個大工程，首先就是擬定一個詳細名單。阮大铖想起了羅織學前輩崔呈秀、王紹徽等各位老師，就學著編了一本《蝗蝻錄》，一本《蠅蚋錄》，蝗蟲個大，所以這本是東林黨名單；蚊蠅個小，所以《蠅蚋錄》裏全是複社成員。黑名單煉成了，下一步的工作就是抓人整人，一時間東林黨人紛紛辭官，複社四公子四散奔逃。倒有個東林大人物主動送上門，文章宗伯錢謙益，不過這位是主動加入阮派，還表揚阮大铖是“慷慨塊壘奇男子”，因此老錢就不整死了，但也不重用，當擺設挺好。
南明小朝廷被端後，馬士英帶著殘兵到杭州紹興一帶打遊擊，阮大铖投奔魯王和隆武政權先後被拒，最後被老同學朱大典收留。朱大典和阮大铖是同科進士，在斂財上和阮大铖一樣都是天才，所以有資本自己拉起一支隊伍。和阮大铖不同的是，朱大典死腦筋不肯投降，最後清兵攻破金華，朱家的女眷都跳了井，男的都圍坐在朱大典身邊，朱點燃引線，一聲巨響一了百了，非常悲壯。
在朱大典處待了沒幾天，金華人就不幹了，說金華以香噴噴的火腿聞名，你老朱弄了個姓阮的臭豆腐在這供著，不行，轟走。朱大典沒辦法，就把阮大铖送到了錢塘江分部。錢塘江是要津，阮大铖知道此地的重要，於是“潛通降表於北，且以江東虛實啟聞北師，在江頭為北師間諜者幾一年，而越人不知也。故後錄用降官，有‘大铖投誠獨早’之旨”，張愛玲說成名要趁早，阮大铖說投降要趁早，都是人生“圭臬”。不久清兵攻破錢塘江防線，阮大铖就順水推舟地投降了。隨後阮大铖就把朱大典給清朝的“開國大典”獻禮了，阮大铖先是寫信勸降，被朱大典撕了，清軍隨即攻城，金華城牆太厚，炮轟了半天也沒動靜。據說就是阮大铖獻的策，他告訴清軍金華西門是新夯的土，最薄弱，一轟之下果然破城。接下來就是開頭那一幕了，所以朱大典比阮大铖名聲好一些，死後還得了個諡號：烈湣。
降清後的阮大铖非常討清軍喜歡，有個清軍將領求知欲很強，阮大铖就教他吟詩作對，以他的水平給滿洲武人上課，跟教幼兒園差不多，沒幾天就收了一堆少數民族學生。清軍吃的軍糧粗糙，阮大铖就讓手下采辦蔬果肉食，找自家的廚子烹飪，香氣把站崗放哨的都吸引過來了。吃飽喝足，清軍帶兵的貝勒聽說他有個阮家班，唱戲唱得賊好，就問阮大铖會不會，老阮就親自“執板頓足而唱，以侑諸公酒”。滿人都是東北那旮旯來的，聽不懂南方話，阮大铖就改唱弋陽腔，清兵聽了都說：老阮你說你咋整的呢？老阮你太有才了。
有關阮大铖的死，版本很多，相對較靠譜的是張岱的記載。他的《石匱書後集》中關於阮大铖之死記錄得相對詳細：“隨征金華，城破，大铖搜朱大典外宅，得美女四人，宣淫縱欲。過仙霞嶺，中風墮馬，已不能言，咋舌而死。”舌頭都伸出來了，多半是腦溢血。吳偉業記錄的略有不同，清軍攻打衢州前，領兵貝勒見他滿臉浮腫，就勸他原地休息，等回來的時候再接他，阮大铖怕丟了將來的官位，就說：“福建巡撫已在我掌握中，諸公為此言得毋有異意耶？”別人又勸，他就扯著嗓子吼，順便表明一下自己中氣十足，“我何病！我年雖六十，能挽強弓，能騎劣馬，我何病！”貝勒爺一看，既然你這老家夥逞能，就一塊走唄，死半道上可別怨我。到仙霞嶺，其他人都騎馬上山，阮大铖想表現自己很強悍，就牽著馬登山，還指著旁邊的清兵說，你看，老子我的身子骨比小青年還強十倍呢。說完噌噌地往山上爬，要做第一個登上峰頂的人。結果，他贏了。
清軍登頂後，見“大铖馬拋路口，身坐石上。呼之不應，馬上以鞭挑其辮，亦不動”，死了。
上世紀七十年代黃裳先生讀過阮大铖的《詠懷堂詩》之後，寫了篇散文，因為引了一句國學大師王伯沆的話，被領導嗬斥一通，那句話是“乃知小人無不多才也”。知道了吧，三十多年前表揚奸臣有才華也是樁罪名。後來阮氏詩集《和簫集》被發現，黃裳先生曾想買下，不賣就抄下來，結果被政治素質過硬的人告發，遭到批判，這回的罪名是“對一個曆史上的大壞蛋寄予了愛慕和同情”。
其實早就有人表揚阮大铖了，陳寅恪先生，還有他的父親陳散原，都認可阮大铖在文學與戲劇兩個領域的才華。陳寅恪還提到了阮大铖的兩本戲，“至所著諸劇本中，《燕子箋》《春燈謎》二曲，尤推佳作。其痛陳錯認之意，情辭可憫。”此外他還論述了阮大铖後期行為的成因，認為東林黨人對他苛之太甚，“此固文人文過飾非之伎倆，但東林少年似亦持之太急，杜絕其悔改自新之路，竟以‘防亂’為言，遂釀成仇怨報複之舉動，國事大局，益不可收拾矣。”這段話出自《柳如是別傳》，比黃裳“過分”得多，不知陳寅恪先生為此挨過批鬥沒有。
章太炎也高度評價阮詩，認為明朝能跟他水平相當的沒幾個，並舉例潘嶽、宋之問這二位的屁股未必比阮大铖幹淨，但詩文也都傳世了，“君子不以人廢言也”，因此發掘秦檜、嚴嵩、阮大铖這些“大奸大惡”的遺作，不是什麼給壞蛋張目的行為，屬於正經的文學考古。
阮大铖在戲劇創作上絕對是一天才，終其一生他總共寫了十一個劇本，如果都流傳下來，相當於三分之一個莎士比亞，可惜流傳下來的隻有四種，《燕子箋》《春燈謎》《牟尼合》以及《雙金榜》。先不說質量，單說寫作速度就把現代編劇比沒了，《牟尼合》總共三十六場，阮編劇半個月搞定；《春燈謎》三十九場戲，一個多月就寫完了。那時候的昆曲火得一塌糊塗，往往阮大铖剛寫完幾場就拿去排演，要不是手快還真接不上。當時的觀眾都是阮劇的粉絲，連阮大铖的死敵複社諸位公子也愛看，隻不過這幾位粉絲太難伺候，上文有述，不重複了。
香港的幾位電影大腕都有自己的班底，比如成龍的成家班，洪金寶的洪家班，都是人家阮大铖玩剩下的。當年阮大铖養了個“阮家班”，隻唱自己寫的戲，這幾乎是後世所有編劇的夢想，卻不知人家阮老板早在明朝末年就實現了。阮大铖的哥們兒、寫《夜航船》的張岱多次欣賞過阮家班的表演藝術，看完給了“五個出色”的至高評價，認為阮大铖的戲從劇情、角色、唱詞到唱功、扮相無一不精妙。另據觀眾之一的冒襄記載，阮家班演一出戲的門票是十六兩白銀，尋常人家是看不起的。
張岱還把阮大铖定位為現實主義戲劇大師，“罵世十七，解嘲十三”，順便在戲裏夾槍帶棒地罵罵東林黨，相當解氣。不過螳螂捕蟬，孔尚任在後，阮大铖想不到自己也會被人寫進了戲裏，而且還是反一號，《桃花扇》裏的阮大铖構陷侯方域，拆散侯和李香君，形象相當不光彩。而侯方域在他的《李姬傳》裏，借女子之口又把阮大铖滅了一道。這就叫世道輪回，報應不爽。