萊亞德深信，是他而不是波塔找到了真正的尼尼微遺址。萊亞德和波塔一樣，對古遺址沒有進行科學考察，一門心思地尋找惹眼的東西，運回家去。不久，大量的飛獅飛牛和其他寶藏開始踏上艱險的旅程，沿下遊漂運。僅僅一個巨大的牛像，就需要一隻由600張羊皮製作而成的皮筏子運載，一隊全副武裝的防盜匪士兵來保衛。萊亞德的發現物在波斯灣的底格裏斯河口裝船轉運，送往倫敦，在莊嚴的倫敦博物館裏再現風采。
1847年，萊亞德開始發掘庫容吉克，那個波塔在發現喀霍沙巴德之前曾檢測過然而又放棄了的土丘。萊亞德發現波塔當時找對了地址，隻是挖掘得不夠深。實際上，在庫容吉克土下20英尺處，有大量的文物。正如亨利·羅林遜在翻譯楔形文字過程中很快證實的一樣，庫容吉克真的是長期被人們尋找的尼尼微。萊亞德發現的第一個遺址是一個叫尼姆路德的城市。尼姆路德城與波塔發現的喀霍沙巴德有相似之處，曆史上都曾作過亞述帝國的首都。然而，尼尼微才是傳說中的亞述王國最強大的國王們的首者。才是《聖經》中所說的先知約拿布道的首都。
通過幾年的發掘，萊亞德在尼尼微收獲驚人。他發掘出了自公元前704—681年一直統治著亞述的國王辛拿切利甫的部分宮殿。宮殿擁有71間房間，其中一間是隨後建造的圖書館，這是辛拿切利甫的孫子，阿西巴尼浦的傑作。圖書館包攬了古亞述叢書國——從語言、曆史、文學、宗教到醫學，無所不有，宮殿至少還有27個入口，每一個都由巨大的牛、獅或者獅身人麵石雕衛士守衛著。也許最令人難忘的要算是那些記載著亞述曆史和神話的石雕壁畫。萊亞德估計，如果把畫一幅接一幅地排列起來，幾乎有2英裏長。
由於大英博物館提供的資金極其吝嗇，惱怒的萊亞德於1851年離開發掘地，返回了英國。在美索不達米亞，來自阿拉伯、伊拉克、法國、德國、英國以及美國的考古隊仍在進行著零零星星的發掘，有的發掘者高度重視科學考察價值；有的則僅僅算是些劫墓暴發戶，直到20世紀，人們才真正開始了對尼尼微、尼姆路德以及其他古美索不達米亞城市的科學考察。然而，從這種《聖經》和曆史似乎交錯難分的土地上尋找到驚人的發現，卻是在20世紀。
19世紀50年代初，大英博物館的研究人員花了多年時間，把萊亞德從尼尼微發現的24000多塊楔形文字碑分類翻譯，其中一位最成功的翻譯人員叫喬治·史密斯，一位熱情的亞述學學者。一天，在考察一堆破碎的石碑時，他偶然讀到了令人難以置信的東西。碑文記載了古巴比倫時期，上帝派大雨和洪水來懲罰邪惡有罪的人類時的情景。在那次大災中，一個名叫尤特拿比利姆的人造了一隻木船，載上家人和許多動物，在洪水中幸存了下來。史密斯意識到，碑文記載的故事極像《聖經·創世紀》一書中描述的《洪水與諾亞方舟》的故事。
史密斯的發現引起了轟動。有些人聲稱那段碑文證明諾亞方舟的故事是真實的；而另一些人卻爭論說，碑文表明《聖經》故事是依據更古老的神話而寫成的。可是那塊有關洪水故事的碑已破碎，史密斯也因此無法提供巴比倫故事的全文。
於是一家叫《每日郵報》的倫敦報紙派史密斯去尼尼微找回破裂碑文的殘餘部分，有史以來的奇跡般的巧合出現了，史密斯竟然在不到一星期的時間裏就碰上了那遺失碑文其餘部分。然而新恢複的碑文全文並沒有增添什麼有關洪水的內容，而希望繼續發掘的史密斯2年後又因痢疾死在了敘利亞。
自波塔和萊亞德時代起，我們對古美索不達米亞已有了大量的了解。甚至除了美索不達米亞各城市的發掘和楔文文獻翻譯外，我們還填補了有關蘇美爾人、巴比倫人以及亞述人問題的諸多細節。
緊隨古蘇美爾之後的是兩種強有力的文明，即巴比倫文明和亞述文明。大約在公元前2000年，這兩種文明都起源於美索不達米亞；當時巴比倫在南方，而亞述在北方。巴比倫持續幾個世紀都比較強盛，可是，在公元前1600年左右，兩個民族都受到了美索不達米亞以外的某個入侵民族的統治。公元前14世紀，侵略者被驅逐之後，亞述又控製了巴比倫。公元前12世紀，亞述在國王格拉派爾塞的強有力的統治下曾一度繁榮昌盛；然而在格拉派爾塞死後，國家曾一度衰落、公元前883—627年，在國王辛拿切利甫和國王阿西巴尼浦等在位期間，亞述又重新恢複了往日的輝煌和榮耀。
就是辛拿切利甫使尼尼微成為了亞述帝國的首都：城市建在山上，圍牆長達7英裏半還多，至少有5處因修造城門而被斷開；也許還有更多的城門，隻是尚未發掘出來。山頂最高處建有辛拿切利甫國王的皇宮，占地麵積2英畝。為了建造這座歌頌他榮耀的豐碑，他從土耳其、波斯和巴比倫引進了大批能工巧匠。這些人又帶來了如香木、象牙、金、銀以及白色石灰石一類的罕見材料。宮殿四周花園環抱，園林水源充足，蔥翠繁茂；殿內房屋設施舒適。由水井、滑輪、吊桶等物構成的一套精致的供水設施將水送到國王的浴室；浴室內有淋浴，格子窗和通風不斷向室內送入新鮮空氣，一個帶輪子的移動火爐在寒冷時為房間供熱。辛拿切利甫的孫子阿西巴尼浦創造了令人難忘的宮廷圖書館，收集了當時亞述人所知的全世界各地的書籍。阿西巴尼浦曾對一位巴比倫大臣下令說，“隻要你知道而亞述沒有的稀世碑匾，都給我找來。”