在18世紀後期的化石戰爭期間，馬什與愛德華·德林克·科普（Edward Drinker Cope）之間有過激烈的競爭。兩人曾根據許多零散、相似的化石建立了數個屬，但之後被證明屬於異特龍，使得異特龍的發現與早期研究非常複雜。兩人所建立的名稱包含馬什命名的Creosaurus（意為“肌肉蜴”）、Labrosaurus（意為“貪吃的蜴”）以及科普命名的Epanterias（意為“拱起的”）。
在競爭的過程中，科普與馬什並沒有持續地進行他們與他們下屬的挖掘工作。舉例而言，班傑明·福蘭克林·馬奇（Benjamin Franklin Mudge）在科羅拉多州花園公園發現異特龍的原型標本後，馬什便轉向懷俄明州進行新的挖掘工作；而在1883年，M.P.Felch重新開始花園公園的挖掘工作後，卻發現了一個幾乎完整的異特龍化石，以及數個部分骨骸。另外，科普的一個挖掘工人H.F.Hubbell，在1879年於懷俄明州的科摩崖發現了一個異特龍標本（編號AMNH5753），但他沒有提到化石的完整程度，所以科普從未看過這個化石。在1903年，科普死後數年，這個標本被發現是當時最完整的獸腳類恐龍之一，並在1908年開始展覽。在一個由查爾斯·耐特（Charles R.Knight）所繪製的圖畫中，編號AMNH5753的異特龍跨越在一隻迷惑龍身上，吞食著迷惑龍的屍體。雖然這是第一次將獸腳類恐龍描繪成站立姿態，但當時並沒有科學證據可以支持。
異特龍名稱的重複使得研究變得複雜， 科的而化。
在當時便有一些科學家，例如塞繆爾·
溫德爾·威利斯頓（Samuel Wendell Williston），提出有太多相關名稱被重複建立。在1901年，威利斯頓便指出馬什自己也無法分辨出異特龍與Cmo—saurus的差異。查爾斯·懷特尼·吉爾摩爾（CharlesW.Gilmore）在1920年嚐試將這些複雜的名稱整理歸類。吉爾摩爾認為萊迪用來命名腔軀龍的尾椎，其實跟異特龍的尾椎一樣；因為腔軀龍較早命名，所以取代異特龍。在接下來的50年，腔軀龍取代異特龍，成為正式的名稱。腔軀龍目前為非正式的用法，隻用來區分吉爾摩爾與麥迪遜兩人重建的不同形態頭顱骨。
早在1927年開始，猶他州艾麥裏縣的克利夫蘭勞埃德恐龍采石場便有了零散的發現，威廉·斯托克斯（WilliamJ.Stokes）在1945年於《科學》雜誌描述了這個采石場，但直到1960年代，才開始了大型的挖掘計劃。在1960年到1965年期間，在接近40個機構的合力挖掘之下，該采石場出土了數千塊骨頭。克利夫蘭勞埃德采石場之所以著名，原因包含大部分骨頭都屬於脆弱異特龍，例如在2006年，73個出土的恐龍個體中，至少有46個屬於脆弱異特龍；這些化石不呈天然狀態，而且互相混合；將近有10多個科學研究討論了該地點的化石埋葬狀況，形成不同、互相矛盾的解釋。對於該地的成因，包含大群動物深陷在泥濘之中幹旱導致大群動物困在水窪之中。無論正確的成因為何，當地發現的大量異特龍化石使得科學家可以詳細地研究它們，使得異特龍成為了解最多的獸腳類恐龍之一。該地所出土的異特龍化石幾乎包含各種年齡與大4、，身長在1—12米。
生長模式
異特龍的大量化石幾乎涵蓋了所有的年齡層，這使得科學家們可以研究異特龍的生長模式與年齡上限。在科羅拉多州發現的一堆壓碎的蛋化石，可能屬於異特龍，這是目前所發現最年幼的異特龍化石。根據四肢骨頭的組織學分析，異特龍的年齡上限為22歲到28歲，相當於其他大型獸腳類恐龍（例如暴龍）。異特龍的最高生長率大約發生在15歲時，一年可以增加148千克的體重。