楊佺期欲立大功，振興楊家，北伐中屢敗敵軍，榮立大功。縱是如此，桓玄照舊看不起他。楊佺期勸殷仲堪殺死桓玄，說桓玄終為後患。殷仲堪一心維係三方聯盟，怕有一方出閃失，自己控製不住荊州局勢，不許楊佺期動手。
公元399年，荊州大水，平地三丈，殷仲堪把府庫中的儲備糧食全部拿出來賑濟饑民，江陵財力空虛。桓玄終於撕下假麵具，盡起江州軍隊西上，奪取荊州屯糧之地巴陵，打敗殷仲堪的援兵，兵鋒指向江陵。
殷仲堪連忙派人去襄陽求救兵，楊佺期說：“江陵無糧，怎麼抵抗敵人？可率軍北來，共守襄陽。”殷仲堪指望保全軍隊和地盤，不肯棄荊州，騙楊佺期說：“最近我們征集一些糧食，儲備很足。”楊佺期相信了，率步騎八千來救江陵。
楊佺期的雍州兵是百裏挑一的精銳勇士，武器裝備一流，精神抖擻，精甲耀日。到了江陵城卻吃不上肉菜，隻能喝些米粥。楊佺期大怒道：“這回完了！”立刻向桓玄發起進攻，等吃不上飯，仗就不能打了。桓玄避其銳氣，先行退卻。第二日,桓玄利用楊佺期急於求戰之心，用伏兵打敗雍州兵，攻入江陵。楊佺期和殷仲堪先後出逃，均被追兵殺死。
殷仲堪的死訊傳到江陵，桓玄與眾人正在講解《論語》，講到下麵一句：“富與貴，是人之所欲，不以其道得之，不處。”桓玄聞報，心情、臉色都很不好。桓玄用欺詐和背叛的手段謀占荊州，不夠正大光明，為君子所不齒，連他自己都感到臉麵無光。但是，心中的一絲不快馬上被巨大的成就感一掃而光。東晉朝廷下詔承認桓玄的軍事勝利，以桓玄為都督荊、司、雍、秦、梁、益、寧七州諸軍事，後將軍，荊、江二州刺史。
桓玄兼並西夏、獨霸荊州，領荊、江二州，二府，一國。正巧趕上一年中的第一場雪，五處官府都來祝賀，五封賀信一同送到。桓玄神采飛揚，在官廳上於信後起草作答，下筆如有神助，粲然成章，文采斑斕，互不混雜。
由桓玄陰謀發動的高門士族與皇權、地方官府與朝廷的戰爭，以桓玄與司馬元顯共治收場。統治階級內部的爭權奪利，削弱了自身力量，被高門士族壓抑的庶族地主乘機發動了一輪規模浩大的奪權運動，孫恩、盧循、劉裕接踵而起。江東烽煙遍地，孫恩大起義揭開了這場殘酷無比的戰爭序幕。
螳螂捕蟬，黃雀在後，而不知樹下尚有一張彈弓。
在*起義軍的過程中，一位震古爍今的名將應運而生。他曾隻身揮舞一柄長刀驅趕數千敵人。作為大漢民族的英雄，接連砍下慕容鮮卑和羌王的首級，踩著無數的頭顱登上劉宋王朝的皇帝寶座，開創了一百六十九年南朝基業。桓玄機關算盡、孫恩浴血奮戰換來的一切全都為他做了嫁衣裳。