萬曆三十年，萬曆皇帝已經四十歲了，用萬曆自己的話來說，是：“年紀大了，開始步入中年了，精力不比以前了。”
這一年二月，萬曆突然得了一場大病，病來得很凶，差點死過去，幸好太醫搶救得及時，才沒有釀成悲劇。
養病之時，躺在病床上，萬曆百無聊賴之中，就胡思亂想，又跟小時候那樣，思索起人生的終極意義和價值來。有時還叫太監念些老莊之類的消極讀物，一邊聽著，一邊反思自己的過去，覺得人世真不過是一場大夢。自病好了之後，消極沉淪，對什麼事都提不起興趣了。比如，以前對色情之事很感興趣，生活作風很不嚴禁，不但跟眾多的妃嬪、宮女亂來，還跟幾個長得英俊的小太監搞同性戀，現在卻逐漸冷淡下來；又比如，以前喜歡收藏古董，現在卻覺得完全是在浪費時間和精力；再比如，以前喜歡到皇家花園狩獵，現在卻覺得那是無聊之舉，，純屬沒事偷著樂。現在最喜歡的，就是跟一些還有點文化素質、閱讀麵廣的太監和宮女討論哲學、神學、宗教、曆史等方麵的問題。常常是一整天不上朝，跟小太監小宮女們討論“白馬非馬”、“莊周夢蝶還是蝶夢莊周”、“一根針尖上能站多少個天使”的話題，也不管外廷的大臣們等他等得花兒都謝了。
由於長時間見不到他，大臣們都有意見，都說：“皇上怎麼不上朝呢？雖然他是老大，但老大也不能每次都不露麵啊！”
此時的元輔沈一貫也感覺到了萬曆的消極情緒，在一次奏疏中說：“皇上居深宮之中，不見群臣，百姓所謂可塞目掩耳，置人於拂理；臣等日出入長安門，勢不能避兒童走卒，無非鞭策臣等之言；流離瑣筆，無非感悟臣等之狀。”
萬曆看了，卻沒有什麼震動，也沒有生氣，隻是懶洋洋地對身邊的太監說：“告訴他，說我身體不舒服，需要靜養一段時間，叫大家有什麼事自行斟酌處理。”
由於萬曆在後宮跟太監宮女探討形而上的問題，朝政便趨於萎頓，最明顯的，就是中央和地方的政府官員長期不補，空缺職務越來越多。
主管人事工作的吏部尚書孫丕揚上書多次，請求萬曆把急需的官員補足，提到很多人事問題，比如管財政的兼管軍事、管軍事的兼管特許經營，甚至還有這個州縣的官員順便將隔壁州縣的事務管起來，造成了很大的混亂。但這奏疏上去之後猶如泥妞入海，毫無反響。孫丕揚見萬曆對此無動於衷，心裏也冷起來，覺得很沒有意思，萌生退意，私下對好朋友說：“操，我這是熱臉貼上冷屁股，自找沒趣。這江山反正是他皇上的，不是我孫丕揚的，****這麼多心幹嗎？他不幹，我也不幹了。”上書請求辭職。
孫丕揚辭職之後，人事工作更是沒有人管：南北尚書缺三名，侍郎十名，科道官九十四名；各地缺巡撫三名，布政使、按察使等六十六名，知府二十五名；全國禦史巡行查務共十三處，缺員九處。到了萬曆三十三年，南北大臣缺一半以上，布政司、按察司缺官五六十員，知府缺員四五十員。到後來，內閣大學士僅葉向高一人。到萬曆四十一年，缺員情況達到極點，南北六部缺尚書、侍郎十四員，都察院缺員五名，倉場戎政及卿寺京堂缺十餘名，總督、巡撫缺四名。
當時有很多大臣都等著升遷，眼睛盯著上麵的位子好長時間了，但隨著時間的流逝，還是看不到希望，越發對萬曆有意見，都在私下裏發牢騷，說：“你皇上不提拔年輕幹部也就算了，對這些年輕幹部多考察一段時間也是對的，免得他們到了新的崗位由於經驗不足犯錯誤，但我們這些老頭子為朝廷工作多年了，一晃就到退休年齡了，再不考慮，怎麼說得過去？”
可萬曆就是不考慮，這些老頭也沒轍。
萬曆消極的人生態度還導致了另一個結果，那就是黨派之爭越發激烈。
萬曆四十年，東林黨與齊、楚、浙三黨之間水火不容，相互攻擊。國子監祭酒湯兵尹等老奸巨猾的人則躲在暗中挑撥群眾鬥群眾，唆使眾人與東林黨人作對。凡是新進的言官，都被湯兵尹收羅到門下。戶部尚書李三才與東林黨領袖顧憲成交情很深，在朝廷中大力推薦東林黨的人，導致跟湯兵尹等人關係緊張。雖然兩人每次見麵都很客氣，還笑嘻嘻地問對方：“吃飯了嗎？”或者：“今天天氣，哈哈哈。”但一轉身，都惡狠狠地朝地上吐口痰，罵：“******，什麼玩意兒！”