內勒斯上任伊始麵臨的第一個棘手的問題就是關於大學收費改革。由於曆史的原因，作為高福利型國家的德國，大學經費都來自州政府的財政支持，很多大學沒有學費或隻是象征性地收取很少的費用。但進入90年代以來，德國社會福利的支出已經遠遠超出國家的支付能力，財政赤字累累。大學收費的直接誘因是德國大學的學生規模不斷膨脹。德國大學基本學製是10個學期，但實際上，大學生平均在校年限為6-7年。學生修業年限過長一直是德國高校的一個大問題。明斯特大學4.5萬學生的規模在德國還不算多的，科隆大學就高達8萬人。在大學，平均一個老師至少要負責教53個學生，這種趨勢還在不斷上升。由於每學期學生的人數太多，以至於教授和講師簡直都沒有時間去認識他們。麵對越來越多的大學生，大學的教學設施和教師隊伍必須不斷擴張，然而，錢從哪裏來？德國高校每年的教育資金缺口高達20億至30億歐元。在州財政不能滿足大學需求的時候，一個關於大學收費的呼聲浮出水麵，日漸響亮。以至於2005年德國聯邦法院作出判決，認為禁止收取學費的決議與憲法精神相違背，這實際上為大學收費改革開了綠燈。
然而在教育公平的旗幟下，高校收費並非一帆風順。2005年12月，繼下薩克森州議會通過關於該州公立大學收學費的法律，成為第一個公立大學收取學費的州之後，明斯特大學所在的北威州也作出決定，從2006-2007年冬季學期開始，北威州內33所高校大學生每學期要繳納500歐元的學費，這個法律自2006年4月1日起生效。不過，最終何時實施，具體繳納多少金額，這個法律並沒有強製，可以由大學自己決定。北威州的這一決定在學生中掀起了此起彼伏的抗議。明斯特大學學生會在2006年上半年舉行了遊行示威，抗議學校收費，這一抗議使正常教學活動一度陷入癱瘓。
剛剛就任校長的內勒斯感受到了雙重壓力：一方麵來自州大學監管委員會要求執行州的法律，另一方麵來自學生持續不斷的抗議。她宣布，2006年冬季學期的收費暫時停止。學生會對這一決議感到歡欣鼓舞。但是，內勒斯並沒有退縮，她以退為進。在接受媒體記者采訪時她公開表示：停止收取學費將導致學校減少大學生錄取名額。就在學生抗議剛剛緩和的時候，明斯特大學所在的北威州原來的州長離任，力主大學收費改革的財政部長繼任州長，這意味著北威州推進收費改革將繼續向前。
對於剛剛就任明斯特大學校長的內勒斯來說，辦學資金是第一位的。既然從州財政那裏拿不到錢，向學生收取學費就成了唯一選擇，否則大學就沒法辦下去了。麵對抗議如潮的學生，內勒斯義無反顧，仍然要繼續推進學費改革。在民主國家，民主既是目的，也是手段。內勒斯決定利用校務委員會來推進這項改革。按照法律，在德國，校務委員會是大學最高權力機構，其成員包括教授、助教、學生，這些成員都是通過民主選舉產生的。明斯特大學的校務委員會共有23名成員，其中包括12名教授、7名助教、4名學生。
2007年1月17日，校方以減少學費的方式向抗議的學生作出讓步，即從原來的每學期500歐元減為300歐元。盡管學生仍然不滿，但校務委員會總算可以召集開會了。3月14日，明斯特大學關於學費改革迎來一個曆史性時刻，校務委員會全體成員就每學期收取300歐元的方案舉行表決。結果是12名教授全部投讚成票，7名助教和4名學生全部投反對票。12比11，按理應該可以通過這個方案了，但學生並不接受。這時，一個教授提出每學期275歐元的建議，在表決這個方案的時候，最終結果還是12比11，學生終於勉強接受。就這樣，一個每學期收取275歐元的學費改革方案正式執行，這是校方的勝利，當然也是內勒斯的勝利。表決之後，明斯特大學決定自2007-2008年冬季學期開始征收學費，這意味著明斯特大學一年將收入2500萬歐元。內勒斯說，這筆經費，能有效幫助學校改善教學環境和提升教學質量。因為學費改革，內勒斯盡管飽受批評和指責，但在辦學經費艱難的情況下，推行這個改革無疑是對的，因為這讓明斯特大學渡過了難關。