1991年3月被國家醫藥管理局授予"全國醫藥行業優秀企業家"稱號
1991年由企業轉入官場，先後任浙江省總工會副主席、主席
1993年被摘除左腎
1994年4月進京，被任命為國家醫藥管理局局長、黨組書記
1998年3月首任國家藥品監督管理局局長、黨組書記
2003年5月任國家食品藥品監督管理局局長、黨組書記
2005年6月退休，被免去國家食品藥品監督管理局局長、黨組書記職務
2005年6月22日出任中國藥學會理事長
2006年12月22日被中紀委"雙規"
2007年1月24日，中南海召開國務院常務會議，聽取監察部關於國家食品藥品監督管理局原局長鄭筱萸嚴重違紀違法案件調查的情況彙報，溫家寶總理主持，中紀委書記吳官正出席會議並講話。根據《中國共產黨紀律處分條例》《中華人民共和國公務員法》的有關規定，經中紀委常委會議審議並報中共中央批準，決定給予鄭筱萸開除黨籍處分;經監察部報國務院批準，決定給予其行政開除處分。對其涉嫌犯罪問題移送司法機關依法處理。
2007年2月28日，全國政協十屆常委會第十六次會議通過表決，決定撤銷鄭筱萸的政協第十屆全國委員會委員資格
2007年3月被開除黨籍、開除公職，3月10日被北京市公安局逮捕
2007年5月16日，國家藥監局原局長鄭筱萸受賄案在北京市第一中級人民法院開庭審理
2007年5月29日，北京市第一中級人民法院以受賄罪和玩忽職守罪一審判處鄭筱萸死刑
2007年6月18日，北京市高級人民法院二審開庭審理鄭筱萸腐敗案
2007年7月10日，經最高人民法院核準後，鄭筱萸被執行死刑，成為新中國成立以來第四名因經濟犯罪被判處死刑的部級以上官員
……
這是一條跌宕起伏、激越奔騰、過早消失在荒漠盡頭的生命之河。它的源頭是那樣孱弱那樣細小，但它頑強地拚搏著、奮鬥著，渡過了激流險灘，迎來了波瀾壯闊的輝煌頂峰，但它最終還是在蕭蕭的冷雨中嗚咽著跌入悲涼的茫茫大漠，最終在人們的視野中成為記憶……