與此同一路徑，他用《法華經》經義去解釋《中庸》之“天命之謂性，率性之謂道，修道之謂教”三句。他所謂天命之謂性，天指第一義天，命指阿賴耶識執持色身相續不斷之妄情。“天命之謂性”指阿賴耶識這一有生之性中含淨性（天）與妄情（命）。全真起妄，淨性表現為妄情；全妄是真，妄情歸結為淨性。“率性之謂道”者，率染惡種子而行，是小人之道，亦名逆修。率淨善種子而行，即君子之道，亦名順修。“修道之謂教”者，小人之道通過修行使其盡除，君子之道通過修行使其光大（見《性學開蒙答問》，《靈峰宗論》第198頁）
對這個解釋，智旭認為“三句合宗，頭正尾正，凡一文一字，皆可消歸至理”。但他也說，這種解釋的結果，是智旭之《中庸》，非子思之《中庸》。其他如對“十六字心傳”的解釋等皆如此類。這是智旭融會儒釋的一個重要方法。他的根據是，儒釋道三教是根本大道的表現，其教義皆“權法”。他說：
今約三聖立教本意，直謂同可也，以無非為實施權故也。約三教施設門庭，直謂異可，以儒老但說權理，又局人天，佛說權說實，皆出世故也。約權，則功夫同而到家異，謂亦同亦異可也。約實，則本不壞跡，跡不掩本，謂非同非異可也。（《性學開蒙答問》，《靈峰宗論》第199頁）
就是說，就儒釋道三教教化善類所據之根本義理著眼，三教本同；就各自的方便說法著眼，三教不同。就三家教化上某些方法的共同性說，三家可說功夫同。就三家最後的不同成就說，三家可說歸宿不同。因此可說三教亦同亦不同。佛教雖說的是出世的道理，但不妨用儒道入世的方式說出。所以三家又可說是非同非異。智旭對於儒道釋三家的關係，用佛教“離四句，絕百非”的思辨方法，說得可謂曲盡旁通。
稍早於智旭的著名禪僧元賢（1578—1657）也有很強的融合儒釋道三教的傾向，他的著名著作《囈言》、《續囈言》就是為會通三教而作。其中有一段關於三教的問答，與上述智旭對三教關係的論述極其相像：
先覺多言三教一理，是否？曰：教既分三，強同之者，妄也；理實惟一，強異之者，迷也。故就其異者而言之，則非獨三教不同，即同一佛教，而大小不同；即同一大乘，而權實不同。蓋機既萬殊，故教非一端。若就其同者而言之，則非獨三教是一，即一切魔外，以及資生業等，皆順正法。蓋理外無教，故教必歸理。如此方儒教，乃是此中眾生，形生神發，日趨於欲，不約而防之，何所底止！故聖人因時事，察人情，為之說仁義，立綱紀。化之以禮樂，束之以刑罰，使不亂也。即使佛處震旦國，說經世法，又豈過於周公、孔子哉！然眾生既束於儒典，執著名相，則名相之區，翻為桎梏之地，豈儒家聖人之意哉？由是老莊出，而說虛無自然之道，使聞者閑曠超越，不為物累，庶幾為入道之方便。至於我佛所說，則超人越天之實法，而窮理盡性之實學也。是知理一，而教不得不分，教分而理未嚐不一。彼執異執同者，皆戲論也。（《囈言》，《中國禪宗大全》，第1424頁）
在元賢這裏，根本道理隻有一個，而借不同的教法顯出。各種學說，各種宗派，甚至邪魔外道，都是說出了這根本道理的一個方麵。儒家是就經世法說，仁義禮樂，綱紀刑罰皆經世之具，不可缺少。但執著於經世法，則為經世法所桎梏。道家就是為救儒家執著名教而倡導虛無自然學說。但道家學說仍不能超出世情，佛教因之而創出世法。其窮理盡性，即了知心為根本之理，萬法本性空寂。知道這一點，即可超越三教優劣同異之辯。可以看出，元賢的這些說法，與智旭可謂異曲同工。
通過對明代四大高僧思想的簡略論述，我們可以看出，明代特別是明中晚期，佛教界有很強的調和儒釋道三教的趨勢。就這一情勢而觀，南北朝的黑白之爭，唐代的空有相性之爭，宋代天台的山家山外之爭，禪宗的五家之爭，乃至明初姚廣孝（道衍）對程朱排佛的駁論，這時都顯得多餘，都讓位於融合這一大的時代趨勢。這一方麵說明，儒家學說特別是理學已經以絕對統治地位牢牢地占據了社會舞台，它的影響滲透到各個方麵。佛道已失去往日的光輝，不能不附顯學之驥尾以延殘喘，它隻能尋求與儒家的調和。另一方麵說明，中國佛教經過千餘年發展，至此已爛熟。佛教內部的爭論，其理論上的差別已為人熟知，不複有為此爭辯的興趣，原為取得統治者的支持而有的門戶之爭至此也因明朝對佛教的整頓限製政策而大大地消減了。自唐末五代即已開始的融合禪淨、台淨、禪教、性相的趨勢隨著儒教的一尊而逐漸強固，至此已達到高峰。還有一點，由於整個社會隨著生產發展而有的近世化過程的加速，特別是明代中後期市民階層的逐漸發達，僧家生活世俗化的趨勢在加劇。僧人窳濫的情形越來越嚴重。這可由明代僧家內部大量出現的警戒、箴規、訓誨文字作證。佛教整個的萎縮使它的創造生機喪失殆盡，不得不尋求與儒道的融合。四大高僧的理論和實踐就是整個明代特別是明中後期融合會通時代趨勢的一個縮影。
(本章完)