三氣與火、太極與心
受實證方法和境界論兩個方麵的影響，方以智的本體論可以分成兩個層麵，一個是何為構成宇宙萬物的物質實體，一個是如何在更廣闊的層麵解釋和看待宇宙萬物。在早期思想中，方以智以氣為物質實體，而在中晚期特別是出家之後吸納了其他思想，從宇宙終極處表述他對萬物的看法時，他又以太極為宇宙的本體。
1.氣與火天地間的一切存在，方以智認為都可以歸結為物，他提出“盈天地間皆物”的命題，這是他的實證哲學的前提，他說：
盈天地間皆物也，人受其中以生，生寓於身，身寓於世，所見所用，無非事也，事一物也。聖人製器利用以安其生，因表裏以治其心。器固物也，心亦物也。深而言性命，性命一物也；通觀天地，天地一物也。（《物理小識·自序》）
事是物，器是物，心是物，性命亦是物，總而言之，天地間的一切存在皆是物。這裏的“心亦物”、“性命一物”重在說明，作為人的思想器官的心是實在之物，性命所表示的人的存在和境遇也是實在之物，精神性的存在的最後依托是物，世間存在的一切皆可以考索其跡象，形容其狀態。在方以智的眼裏，一切都是有形質根據的。方以智對於物的形質的考察，繼承了中國古代的氣本論，把氣作為物的實體，他說：
一切物，皆氣所為也。空皆氣所實也。（《物理小識·氣論》）
質皆氣也，征其端幾，不離象數。（《物理小識·象數理氣征幾論》）
虛固是氣，實形亦氣所凝成者。直是一氣而兩行交濟耳。（《物理小識·四行五行說》）
他認為不僅物的形質是氣，即光聲也是氣，他說：
氣凝為形，蘊發為光，竅激為聲，皆氣也。而未凝、未發、未激之氣尚多，故概舉氣形光聲為四幾焉。（《物理小識·四行五行說》）
氣是一切有形之物的本體，氣凝結為有形體之物，有形之物蘊聚能量而發光，造成虛空之處而發聲。光聲皆氣所成。氣形光聲是事物的四種形態，也是認識事物的四個入路。嚴格說來，氣形光聲之氣與作為萬物實體的氣是不同的。作為實體的氣是一種表示物的構成者所用的抽象符號,它實際上是沒有名稱的，說它是氣是“強名之”。而氣形光聲之“氣”是一種具體物，不過是一種不可見的物。由於是具體物，它才有所謂端幾,即可以認識的細微表現。實體之氣是沒有表現的可能的，它隻是一種形式上的、推論出的存有。但在中國傳統哲學中，這兩種“氣”是不加區別的。方以智也沒有區別作為萬物實體的氣和細微不可見的空氣這種氣，他在《物理小識·氣論》中作為萬物本體描述的，就是“空氣”。他引他父親對於氣的描述說：
世唯執形以為見，而氣則微矣。然冬嗬出口，其氣如煙；人立日中，頭上蒸歊，影騰在地；考鍾伐鼓，窗欞之紙皆動。則氣之為質，固可見也。充一切虛，貫一切實，更何疑焉！（《物理小識·氣論》）
方孔炤所說的氣，也是指不可見的空氣，而非表示物質構成的抽象符號的“氣”。方以智一切皆氣所為的思想，繼承了他父親的說法。方以智還說：
氣行於天曰五運，產於地曰五材；七曜列星，其精在天，其散在地。故為山為川，為鱗羽毛介草木之物，聲色臭味，別其端幾。（《物理小識·總論》）
就是說，天地間一切物皆氣構成，精粹者為列曜之星，粗笨者為山川動植。所有有內在屬性和外部表現的，皆氣所為。氣是永恒存在，不生不滅的。所以他說：“考其實際，天地間及有形者皆壞，惟氣不壞。”（《東西均·所以》）可以說，方以智所謂氣，實際上是物的一種具體形態。
由於方以智是在實證原則的指導下把氣這一物質形態作為萬物的本原，所以他也可以用另一種物質形態火來作為萬物的本原。這在方以智並不矛盾，因為光和火是氣的不同表現形態。為了更形象地說明萬物的本原所具有的動能和本原在形成萬物中發生作用的機製，他用火來代替氣作萬物的本原。在他這裏，火就是氣，火具有動能，具有不息的生命力，並且可以由其內部矛盾著的兩個方麵不斷被打破和重新建立平衡來表現其動源和均衡。氣著重表示物的構成基元，火著重表示物的動能和攻取生克這些構成因素。這一點實際上也是繼承了他的家學，他的祖父方大鎮就曾指出：“滿空皆火，物物之生機皆火也。火具生物、化物、照物之用。”（《藥地炮莊·養生主》引）他的父親方孔炤也說：“兩間之光,皆太陽之火也。”（《物理小識》卷一引）他還引元代醫學家朱震亨的觀點：“天恒動，人生亦恒動，則火之為也。”（《物理小識·火》）方以智引用這些話的目的，在於論證火是五行中最重要的，天地間的一切運動都以火為根據。這實際是把火的能動的、能改變其他物質的性質加於氣之上。也可以說，在方以智這裏，氣隻是構成物的基元，而現實的物是處在形質這一層麵，形質則以五行為構成物，而五行中火最重要。方以智有《五行尊火為宗說》論證他的這一觀點：