明清之際由於王學盛極而衰，一批倡導由虛返實，注重自然科學、博物等實證知識的思想家脫穎而出。他們同時研究哲學，但屏去心性及道德問題，專意於宇宙根本原理和事物的存在及運動法則的研究。但因身感明亡的苦痛，他們大多有存續、總結中國思想學術的壯心和強烈的統合儒釋道三教的意圖。但他們的哲學中又往往有一種捉摸不定、不知身家何處的悲涼感。方以智就是這些思想家中最突出的一個。
方以智（1611—1671）字密之，號曼公，明亡後變姓名為吳石公，出家後名無可，號五老、藥地、墨曆、極丸等，安徽桐城人。青年時遊學江浙，結交當時名士，為複社領袖之一，參加了驅逐閹黨阮大铖的活動。三十歲中進士，授翰林院檢討。李自成軍入北京，欲留用，他以死相拒，相機逃出，投奔南明弘光朝。為阮大铖所不容，於是南奔廣州，賣藥市中。後投奔肇慶桂王永曆政權，擢為左中允，東閣大學士。為王坤所劾，掛冠隱居梧州，在仙回為清兵所捉，脅迫為官，威逼利誘皆不能屈，於是聽憑他去悟州雲蓋寺出家。三年後在南京高座寺正式受戒，並在此閉關三年。回故鄉服父喪，服闋後雲遊江西，入青原山淨居寺。後為清兵所獲，在押解赴嶺南途中，病死於舟中。方以智有深厚的家學淵源，曾祖、祖父、父親及三個兒子都是著名學者。他幼年聰慧，“年十五，群經史子略能背誦”。喜博物之學，“凡天人、禮樂、律數、聲音、文字、書畫、醫藥，下逮琴劍、技勇，無不究其旨趣，著書數十萬言”。有《通雅》、《物理小識》等著作。晚年潛心哲學，著有《東西均》、《藥地炮莊》、《易餘》、《性故》、《一貫問答》、《愚者禪師語錄》等，學識為黃宗羲、王夫之所敬畏。
一學術淵源
方以智是個有著強烈的實證傾向的哲學家，他與以心性為學說中心的理學家很不同，與繼承傳統氣本論、有鮮明的實學色彩的王廷相也不同。他的思想可以分為二個階段，甲申（1644）國變前以研究各種具體知識特別是自然知識為主，在具體知識中概括出、抽引出哲學道理。下學上達兼致，質測通幾並舉。國變後經過顛沛流離的生活，特別是晚年出家之後，則傾全力於哲學研究。
方以智早年的學術旨趣很大程度上得於家學。他的曾祖父方學漸曾師事耿定向之弟耿定理，為學崇實，其著作《庸言》即以“崇實”為篇名，其中說：“凡有始者，必有所為始始也者，故虛之不能不實，造化之不能不實而虛也。”注重考究事物的實際根據。這一點與方以智後來特別注重對事物之所以然的研究很有關係。方以智晚年的重要著作《東西均》就以“所以”為篇名。祖父方大鎮著有《易意》，象數義理兼取，而歸結於道德義理的闡發。父親方孔炤於易學尤精，著有《周易時論》，特別注重象數，注重掘發《周易》中包含的一般哲學理論。方孔炤以太極為《周易》的最高範疇，同時以太極為宇宙本原。太極表現為有極與無極，有極即有形的萬物，無極即未始有形而隻有抽象之理時。太極貫有極無極，它自身不落有無。方孔炤的思想充滿思辨色彩，不為具體物理所限。方以智晚年對《周易時論》原稿加以編排整理，在各章節中加了按語和解說，名《周易時論合編》並為全書作跋。
方以智在哲學方麵主要受家傳易學的影響，他的博物學則受惠於王宣。王宣（號虛舟）是方孔炤為方以智選定的老師，亦擅長易學，常與方氏諸人研討易理，亦精物理，著有《物理所》。方以智曾說：“智年十七八即聞先生緒論，曠觀千世，間引人聞道，深者征之象數，其所雜著多言物理。是時先生七十，益深於河洛，揚（雄）京（房）關（朗）邵（雍）無能出其宗者。”（《虛舟先生傳》，《浮山集·文集後編》）方以智自言他的《物理小識》即因《物理所》而增廣之。方以智的實證思維方法多得自王宣。
方以智對明代後期耶穌會士傳入的西學也甚為喜好，他讀過數十種傳教士寫的或譯的西學書，內容涉及數學、天文、地理、醫學、機械、水利等方麵。他不喜好關於天主教義的書籍。這使他喜好博物、喜好研究物理的傾向得到充分發展，但也使他同中國典籍相比，得出“泰西學入，詳於質測而拙於言通幾”的看法。
方以智的外祖父吳應賓（字觀我，號宗一）對他也有較大影響。吳應賓精於佛學，以佛理解儒道經典，主張三教合一。著有《宗一聖論》，主“中理旁通，宗一三圓”。認為儒釋道三教為同一精神的不同表現，故自號宗一。吳應賓的“三教合一”和“宗一三圓”對方以智有較大影響。
綜合起來，方以智的思想最主要的是三個方麵，一是思辨哲學，受家傳易學的影響；一是博物之學，受其師王宣影響；一是三教會通，受吳應賓影響。這三個方麵在方以智青年時即植根。他早年為一貴公子，怒馬輕裘，詩酒自娛，雅好博物。明清鼎革後，踉蹌亂離中，對人生世事感悟漸深，這時以純哲學的興趣為多，但仍不忘情博物之學。出家之後廣讀佛書，以佛學統貫早年所得，烹炮於一鼎，三教義理，熔鑄為一。從方以智身上可以清楚地看出時代影響和學術基礎怎樣互相作用，結出特定時代的思想果實。