人心本無天理，天理隻從人欲中見，人欲恰好處即天理也。向無人欲，則亦並無天理之可言矣。（《無欲作聖辨》，《陳確集》第461頁）
天理皆從人欲中見。人欲正當處即是理，無欲又何理乎？（《瞽言四·與劉伯繩書》，《陳確集》第468頁）
陳確不是把人欲作為與天理相對的過惡，而是作為人的基本生存需求。理不是某種超時空的永恒原則，而是表示欲不與一般善惡標準相違背。這樣的理不是給定的，而是人參照一般標準對特定條件下的行為給予的價值評價。人欲的適宜即是天理。理不是來自人心的立法原則，也沒有天道上的根據，理來自現實的生活。陳確曾大膽提出：“飲食男女皆義理所從出，功名富貴即道德之攸歸。”（《無欲作聖辨》，《陳確集》第461頁）他甚至認為一般人視作洪水猛獸的“酒色財氣”也是理之所從出：
“酒色財氣”四字，二氏惟恐不遠之，若仇讎然。君子則何嚐一概謝絕，但無適而非理耳。如不為酒困是酒中之理，不淫不傷是色中之理，不辭九百之粟是財中之理，不遷怒是氣中之理。雖指為道中之妙用，奚為不可？……五倫悉是情種，佛則空之；萬物皆吾同愛，老則遺之；故曰無。儒者亦雲爾乎？（《瞽言四·與劉伯繩書》，《陳確集》第468頁）
陳確此類話雖亦有本，如孟子“太王好色，公劉好貨”等，泰州何心隱亦有是說。但如此明白顯豁直接道出者，並不多見。黃宗羲雖未明斥陳確此語，但在《明儒學案》中評論東林諸君子時曾讚同東林對於泰州顏山農、何心隱“酒色財氣不礙菩提路”的批評。黃宗羲實際上不讚成此類觀點，因為他認為儒者的修養雖不離欲，卻是“刀鋸鼎鑊的學問”,稍稍把持不住，便有墮入非理的危險。如果沒有孔子“從心所欲不逾矩”的功夫，很難在酒色財氣中不走作。黃宗羲指出：“必從人欲恰好處求天理，則終身擾擾，不出世情。所見為天理者，恐是人欲之改頭換麵耳。”（《與陳乾初論學書》，《陳確集》第149頁附）東林顧憲成正是有見於當時學者純任自然，不喜修為；冒認當下為是，不從性命體驗上透過之弊，倡“小心”宗旨。東林攻擊者，多為泰州後學。而東林之評泰州者，實可轉而用之評陳確。
陳確“欲即是人心生意”、“天理隻從人欲中見，人欲恰好處即天理”的思想，有取於劉宗周的“生機之自然而不容已者，欲也；而其無過不及者，理也”和“道心即人心之本心，義理之性即氣質之本性”，但思想實質絕不同。劉宗周所謂理是內在的，陳確“人欲恰好處即天理”之“理”是外在的；劉宗周的理是就四端說，陳確的理是就七情恰到好處說。劉宗周不就效驗上說、結果上說，而陳確則專就效驗上說、結果上說。這裏的差別相當明顯而且重要。
另外，陳確主張君子小人之辨不宜太嚴。君子小人之辨太嚴，從立朝說，易激為黨爭；從個人修養身心說，易流於過苛。他說：
君子小人別辨太嚴，使小人無站腳處，而國家之禍始烈矣，自東漢諸君子始也。天理人欲分別太嚴，使人欲無躲閃處，而身心之害百出矣，自有宋諸儒始也。（《瞽言一·近言集》，《陳確集》第425頁）
陳確這裏當然不是不分別天理人欲、君子小人，而是主張在實行中對待君子小人要稍寬，不可一味嚴苛。特別是因為君子小人之辨關係國家政局，要有是非善惡評價，但要講策略，要從政治大局出發，不能憑個人意氣。陳確主張寬於君子小人之辨，絕非鄉願，這從陳確不惜放棄鄉試機會而上書官府以去虐民貪官，雖遭打擊而不稍畏避的態度可以看出來。他之所以有此主張，恐怕是基於兩個原因：其一，有感於東林諸君子之慘禍烈毒而發。東林諸君子誠明末國本所係，可以說是“以血肉撐拒，沒虞淵而取墜日者”。但由於嚴於君子小人之辨，不顧政局形勢，屢屢攻擊朝內大奸，不少姑貸，雖在總體上忠義可鑒，但在具體策略上不無過激之處。東林諸人數被慘禍，“勇者燔妻子，弱者埋土室”，由此激起數十年黨爭。明末政治，明代國運，實與東林之興亡盛衰相始終，故東林黨人被視為東漢黨錮中人物。陳確“自東漢諸君子始”，實影射東林。其二，陳確自認從學劉宗周後，早年勇於意氣者屏去不少。許三禮之《海寧縣誌·理學傳》中說他：“自奉教蕺山，一切陶寫性情之技，視為害道而屏絕之。其勇於見義，遇不平而輒發者，亦視為任氣而不複蹈，惟皇皇克己內省，黜偽存誠，他不暇顧也。”（《陳確集》第1頁）這恐怕也是他主張君子小人之辨不宜太嚴的一個原因。至於寬於天理人欲之辨，曆來儒者為糾把捉太嚴、害心害事之弊，多有此主張。從陳確關於理欲之辨的觀點看，他肯定人的基本物質欲求的合理性，主張人欲恰到好處即天理，不像劉宗周直究至心的深微的決定後天念頭指向的“意”，不容絲毫姑息。而人欲恰到好處是個限閾較寬的說法，他的所謂理的標準、尺度絕不像劉宗周那樣嚴格。陳確自小“不喜理學家言，理學之書，四十年不閱”。自劉宗周逝世後，才得《劉子遺書》而讀。取四十年不閱之書而閱之，但又格格不入。像劉宗周《人譜》論列的許多應該警戒之事，他或不以為然。當時盛行的“功過格”嚴分天理人欲，對所謂私欲時時痛加懲創，陳確也沒有這樣做。陳確主要是一個文章之士。他的族弟陳元龍所作的《陳氏理學乾初先生傳》說他：“詩文清真大雅，寄托深遠。其發明理學，尤多心得。下筆立就，無纖毫障翳。書法直逼鍾、王，撫琴吹簫，時奏於山巔水涯。篆刻、博弈諸好無不工。”（《陳確集》第10頁）可見他是循孔子誌道據德、依仁遊藝的路徑去做，並不單矻矻向內做功夫。又，陳確精於古禮，凡冠婚喪祭皆從古禮。平時家居雖奉身甚嚴，但絕無理學家矯情過甚之處。他曾呈請削去儒籍，與鄉村野老往還。晚年得拘攣之疾，不出戶者十五餘年。其不嚴格奉守理學家天理人欲之辨，且對理學家多有譏評，亦為自然之事。