黃宗羲討究君主的職分，是要把後世扭曲了的為君之道扭轉過來，恢複儒家的聖君理想。這雖過於理想化，但他對後世專製君主扭曲君主職分，視天下為一己之私產的抨擊，對小儒無視君主職分的改變，無條件地維護君權所作的批判，都是從政治製度和治權思想的根本大計著眼，跳出了據帝王個人道德和治國能力來評價君主的狹隘眼光。這在他那個時代是相當大膽、相當有啟蒙意義的。
黃宗羲也對臣的職分進行了討究。他認為，臣是協助君主治理百姓的，臣之設為百姓非為君。因為天下國家之大，非君一人所能治，必須設官分擔治國之責。人之為臣，是為天下，非為君；為萬民，非為一姓。所以，著眼於天下萬民，於天下萬民為不義不利之事，即使受君主強迫，臣下也不應去做。黃宗羲對於所謂治亂有一個非常卓越的見識：“天下之治亂，不在一姓之興亡，而在萬民之憂樂。”（《明夷待訪錄·原臣》，《黃宗羲全集》第一冊，第5頁）曆史上暴政的滅亡，正是天下大治；暴政的興起，是禍亂之始。做臣子的，不懂得這個道理，不從萬民之憂樂著眼，即使能輔佐君主而治，或為君主死節，都不合於臣道。後世驕奢淫逸之君，不以天下萬民為念，其詮選臣子，不過欲得為其奔走服役之人。世上為臣者不明白這個道理，以為臣是為君而設，君將治理百姓的職責分給臣下。這就是視天下人民為君主囊中私物。而為臣者，以為四方勞擾、百姓疾苦將會危及君主，所以在牧民之術上有所改進；若不危及君主的政權，即使天下勞擾、百姓疾苦，皆不過纖芥之疾。作此見解者，從君主一姓的安危著眼，即有善治，也已違背臣道。君臣關係應該是，君與臣皆為天下百姓辦事者，不過職分有別。治理天下就像許多人共同曳一根大木頭，君與臣共為曳木之人。“出而仕於君也，不以天下為事，則君之仆妾也；以天下為事，則君之師友也。”（《明夷待訪錄·原臣》，《黃宗羲全集》第一冊，第5頁）
黃宗羲對君臣的本質的見解是非常傑出的，他的這些見解圍繞一個中心觀點，這就是，天下為萬民之天下，不是君主一姓之天下；君主臣下都是治理萬民之天下中的不同職分。這些思想具有鮮明的民本精神。黃宗羲關於臣道的闡述也是有感於明代後期宦官擅權，宦官與外戚勾結傾軋朝中正人君子，朝臣多緘口縮身以自保的黑暗政治而發，具有很強的現實針對性。
黃宗羲的批判矛頭也指向古今法製。他所謂法，不限於法律法令，也泛指國家製度設施等。他認為，三代以上有法，三代以下無法。三代之法一以百姓的需要為根據，各種政令、製度的設立，都從百姓的實際利益出發。而後來的君主，一切法律法令與政製設施都是為了鞏固自己的統治，延長一姓的祚命。他說：
三代以上之法也，因未嚐為一己而立也。後之人主，既得天下，惟恐其祚命不長也，子孫之不能保有也，思患於未然以為之法。然則其所謂法者，一家之法，而非天下之法也。（《明夷待訪錄·原法》，《黃宗羲全集》第一冊，第6頁）
如秦始皇改封建為郡縣，是因為郡縣便於鞏固中央集權統治。漢代封王建藩，是因為藩國可以屏障中央政府。宋朝解藩鎮之兵權，是因為藩鎮不服從朝廷的命令，尾大不掉之勢已日漸形成。這些都是為了便利君主自己的統治，不是為了百姓。黃宗羲比較三代之法和後世之法說：
三代之法，藏天下於天下者也。山澤之利不必其盡取，刑賞之權不疑其旁落，貴不在朝廷也，賤不在草莽也。在後世方議其法之疏，而天下之人不見上之可欲，不見下之可惡，法愈疏而亂愈不作，所謂無法之法也。後世之法，藏天下於筐篋者也。利不欲其遺於下，福必欲其斂於上。用一人焉則疑其自私，而又用一人以製其私；行一事焉則慮其可欺，而又設一事以防其欺。天下之人共知其筐篋之所在，吾亦鰓鰓然日惟筐篋之是虞，故其法不得不密。法愈密而天下之亂即生於法之中，所謂非法之法也。（《明夷待訪錄·原法》，《黃宗羲全集》第一冊，第6頁）
根本的區別即在三代之法為公法，後世之法為一己之私法。一己之私法，創法者固為私，變法者亦未始不為私。在私法之下，即使有能治之人，其所治亦在私法的範圍內。黃宗羲指出，法之為公為私是最大關節，“有治法而後有治人”。為公之法，法之外另有大空間。在公法下，正確的行為固為法所許，不正確的行為也不招致罪名，為法所害。黃宗羲對古來政製和法律的批判，具有很強的民本色彩，但也有極大的空想成分。其公法私法之辨也是以理想的三代之法為根據。但三代之法究竟如何，後人已莫知其詳。而在成文法已有數千年的曆史，法律早已成為不可或缺的社會生活要素之時，依然以空想的三代之法為致治理想，是不切實際的。
黃宗羲對學校的性質與功能也有獨特的設想。他設想的學校，不像後世通行的學校那樣僅僅是教育機構，而是類似上古社會的宣教機關，其職責在以清議影響政治，以教育培養人才，以禮樂化民成俗。黃宗羲說：“學校，所以養士也。然古之聖王，其意不僅此也。必使治天下之具皆出於學校，而後設學校之意始備。”（《明夷待訪錄·學校》，《黃宗羲全集》第一冊，第10頁）培養、造就知識分子，不是學校的全部任務，學校同時是一種代表民意指向、反映政治狀況、營造寬鬆氣氛的場所。學校的職責首先是清議，而清議是自由的。學校可以“使朝廷之上，閭閻之細，漸摩濡染，莫不有詩書寬大之氣。天子之所是未必是，天子之所非未必非，天子亦遂不敢自為非是，而公其非是於學校”（《明夷待訪錄·學校》，《黃宗羲全集》第一冊，第10頁）。