1294年，博尼法斯八世成為教皇。他是一個意大利人，仇視法蘭西人，充滿了羅馬偉大傳統的意識和使命感。他曾經獨斷一時。1300年，他組織一個大慶典，大批朝聖者來到羅馬。“流入教皇財庫的金錢是如此之多，以致於兩個助手不得不用耙子來收拾聖彼得墓上堆積的奉獻物。”這次盛會隻不過是表麵上的勝利。1302年，博尼法斯與法國國王發生了衝突。1303年，正當他要宣布解除法國國王的教籍時，出乎意料的在阿納尼他自己祖先的宮殿中，被紀克姆·德·諾加雷逮捕了。這個法國國王的使者闖入宮殿，直衝到受驚的教皇的臥室裏——他正手持十字架躺在床上——大肆威脅、侮辱他。一兩天後，教皇才被市民釋放，回到羅馬。在那裏他被阿爾斯尼家族逮捕，並再一次被拘禁起來。幾個星期後，這個受驚、失望的老人，像個犯人一樣死在了他們的手中。
阿納尼的人民確實對第一次的暴行不滿，他們群起反抗諾加雷，救出了博尼法斯，但那是因為阿納尼是教皇的故鄉。值得注意的很重要的一點是，法國國王這次粗暴對待基督教世界領袖的行為是得到了人民完全的支持的。在采取行動前，他曾召集三級會議（貴族、教會、平民），得到了他們的一致同意。無論是意大利還是日耳曼和英格蘭，無不讚成這次對教皇的自由行動。基督教世界的觀念已經腐朽到不再有控製人的思想的權力了。
整個14世紀，羅馬教皇在恢複它道德上的影響力上無所作為。緊接著被選出的教皇是克雷蒙五世，他是法蘭西人，由法王菲利普選定。他從來沒有到過羅馬。他把教廷設在亞維農鎮，該鎮雖然在法國境內，但那時不屬於法國而屬於教皇的教區。此後，繼任的幾代教皇都住在這裏，直到1377年格列高裏十一回到羅馬的梵蒂岡宮。但格列高裏十一並沒有把全部教會的同情帶回羅馬。紅衣主教大都是法蘭西血統，他們的習慣和社交團體都深深地紮根於亞維農。1378年格列高裏十一去世，意大利人烏爾班六世當選，但這些持不同意見的紅衣主教宣布選舉無效，並推舉另外一位教皇克雷蒙七世，與羅馬教皇對立。這次的分裂被稱為“教皇分立”。教皇仍在羅馬，一切反法蘭西的勢力，包括羅馬皇帝、英格蘭、匈牙利、波蘭的國王，以及北歐都效忠他。另一方麵，對立的教皇仍住在亞維農，由法國國王及其同盟蘇格蘭、西班牙、葡萄牙國王，以及許多日耳曼諸侯支持。兩方的教皇都解除了對方的信徒的教籍，並詛咒對方的信徒（1378年－1417年）。
此後，毫無疑問，全體歐洲人民都開始慢慢學會在宗教事務中為自己著想。
在前幾章中我們曾提到過方濟各會和多明我會，它們隻是基督教世界內新興勢力中的兩個，他們根據自己的判斷，或支持教會，或反對教會。教會對這兩種教派都加以吸收和利用，盡管對前者曾施加過一點暴力。但是對於其它教派，教會明確持不容忍和批判的態度。一個半世紀後，出現了一個叫威克裏夫（1320－1384年）的人。他是牛津大學一個很有學問的博士。到了晚年，他公然批評神父的腐敗行為和教會的愚昧。他組織了許多窮苦的神父，成立了威克裏夫派，在英格蘭各地傳播他的思想。為了使人們在教會和他之間進行判別，他把《聖經》譯成了英文。他的學問和才能都高過方濟各會和多明我會的人。他有上層社會的支持者，在人民中有大量的追隨者；雖然羅馬教會對他非常震怒，並下令拘捕他，但直到他去世，他仍是自由的。然而那種把天主教會引向毀滅的黑暗和腐朽的精神，卻不讓他的屍骨安眠於地下。1415年，根據康斯坦茨宗教大會的教令，他的遺骸被掘出並被焚毀，這項決議是由主教弗萊明於1428年奉教皇馬丁五世之命執行的。這種褻瀆舉動並非隻是單獨的狂妄行為，而是教會的正式決議。