英諾森的繼位者霍諾裏烏斯三世對弗裏德裏希也無可奈何。1227年成為教皇的格列高裏九世下定決心，不管付出什麼代價，都要解決這個年輕人的事情。他開除了弗裏德裏希的教籍，不準他享受宗教上的一切權利。但在西西裏這個半阿拉伯化的宮廷中，幾乎沒有產生什麼特別的不安。教皇還給皇帝寫了一封公開信，列舉了他的惡行（這是不容置疑的）、背教和一般的失職行為。為此，弗裏德裏希回應了一封更尖銳有力的信。這封信是寫給歐洲所有的王侯的，它第一次明確地清晰地說明了教皇與王侯之間的矛盾問題。他毫不客氣地攻擊了教皇想要成為整個歐洲的統治者的明顯野心。他提議諸侯聯合起來對抗這種僭越行為，他還提醒王侯們，要特別注意教會的財產。
弗裏德裏希點燃了這顆致命的炮彈後，便決定履行12年前的舊約，召集十字軍東征。這就是第六次十字軍東征（1228年）。作為一次十字軍東征，它就是一場鬧劇。弗裏德裏希二世到了埃及，與蘇丹會晤並交換政見。這兩位都持有懷疑觀點的君主，交換了意氣相投的觀點，並訂立了互惠的商業條約，蘇丹同意把耶路撒冷轉交給弗裏德裏希。事實上，這是一次新型的十字軍東征，是通過私人條約實現的十字軍東征。征服者既沒有進行屠殺，也沒有出現喜極而泣。由於這次十字軍的領導是一個被解除教籍的人，所以他進行的是完全世俗化的耶路撒冷王的加冕禮，親自從祭壇上取下了王冠——因為所有的牧師們一定會避開他。之後，他回到了意大利，他把侵入他領土的教皇軍隊全部趕回他們自己的領地，並強迫教皇恢複自己的教籍。在13世紀，君主這樣對待教皇，也不再有群眾憤怒反抗的風暴了，那樣的日子已經過去了。
1239年，格列高裏九世重開與弗裏德裏希的鬥爭，再次解除他的教籍，再次開始公開的侮辱戰，教皇受到嚴重的傷害。格列高裏九世死後，英諾森四世繼位為教皇，爭執重新開始。弗裏德裏希又發了一封深入人心的反對教會的破壞性信件。他譴責教士的驕傲和漠視宗教，並把當時所有的腐敗現象都歸咎於他們的驕傲和財富。他建議各王侯統一沒收教會的全部財產——這是為了教會好。這個建議此後一直縈繞在歐洲王侯的腦海中。
我們不再敘述他的晚年了。他一生的特殊事件，遠不及他生活的一般氣氛那麼重要。我們可以從他在西西裏宮中的生活中窺見一斑。他的生活很驕奢，喜歡美麗的東西。他被描述成一個放蕩不羈的人。但是，很明顯的，他是一個富有好奇心、喜歡探究的人。他把猶太教、伊斯蘭教和基督教哲學家召集在自己的宮廷裏，他還竭力向意大利人灌輸撒拉遜文化。正是通過他，阿拉伯數字和代數才被介紹給基督教學生。在他宮中有一個叫做邁克爾·斯哥特的哲學家，曾翻譯了部分亞裏士多德的著作和阿拉伯大哲學家阿韋芳埃斯（科爾多瓦人）的對其著作解釋。1224年，弗裏德裏希建立那不勒斯大學，又擴大和豐富了薩勒諾大學的醫學院。他還設立了一個動物園。他留下了一本關於放鷹的書，這表明他曾仔細觀察過鳥類的生活習性，他還是第一個用意大利語寫詩的意大利人。意大利詩事實上就是在他宮中誕生的。一位有才華的作家曾稱他為“第一個近代人”，這恰當的描述了他在知識上無偏見的客觀立場。
正當教皇與權力不斷增強的法國國王發生衝突時，支持教皇的勢力進一步下降。皇帝弗裏德裏希二世在位時，日耳曼已經陷入分裂，法國國王開始扮演教皇的保護者、扶持者和競爭者的角色，此前這都是由霍亨索倫家族承擔的。幾代教皇都實行了支持法蘭西君主的政策。在教皇的支持和讚成下，法國的王侯們在西西裏及那不勒斯建立了王國，法蘭西國王們看到了複興和統治查理曼帝國的可能。然而，霍亨斯陶芬王朝的最後一位皇帝——弗裏德裏希二世死後，日耳曼出現了權力真空，直到哈布斯堡家族的魯道夫被選為第一位哈布斯堡王朝的皇帝（1273年），羅馬的政策開始按照各位教皇的喜好，在法蘭西和日耳曼之間搖擺。在東方，希臘人於1261年從拉丁皇帝手中奪回了君士坦丁堡。新的希臘王朝的創立者邁克爾·佩羅加斯，即邁克爾八世，在幾次和教皇假意的暫時性的和解之後，和羅馬教會完全脫離；由此，再加上亞洲拉丁王國的衰亡，教皇在東方的統治結束了。