阻礙電子商務發展的“釘子”正被一個個拔掉。電子商務企業為了解決網絡誠信問題，開始構建網絡誠信聯盟。2004年12月21日，由中國電子商務協會倡導成立的“中國電子商務誠信聯盟”成立大會在北京召開，該聯盟旨在建立關於電子商務交易雙方的權威的、第三方的資質及信用評估平台。第一批發起單位名單包括中國金融認證中心、金誠信用、eBay易趣、搜易得、雲網、淘寶網、一拍網、北鬥手機網、卓越網、新浪、盛大網絡、第九城市、七彩穀、光通通信、泰康等企業。
電子商務的物流體係建設已經可以覆蓋全國，並能在1～3天內將貨物送到消費者手上。當當網在全國38個城市開通“送貨上門，貨到付款”服務，不僅包括了北京、上海、廣州、深圳等一線城市，更包括了天津、南京、成都、青島、大連等二線城市，並且在香港也開通了送貨上門業務。在38個城市中，當當網的顧客不僅能夠在24～72小時內享受到“送貨上門”的業務，同時還可以在接收到貨物時，無條件退貨而不用承擔任何費用。而此時，京東仍然在通過郵局快遞包裹，客戶要半個月左右才能收到貨。
6.一個人不能同時做好兩件事，冒險變革發力網店
2004年底，劉強東仔細看了後台數據後發現，京東電子商務全年銷售額的月度環比增長曲線，結果很“震撼”：盡管網上業務幾乎不賺錢，但訂單月複合增長率達到26%，即一年增長16倍。劉強東決定關閉實體店，京東徹底轉型做電子商務。當時，京東12家連鎖店占到公司銷售額的90%，利潤的95%。放棄95%的成熟市場，去抓5%的不確定市場，劉強東在做這個決定時很痛苦。
當劉強東把這個想法向京東六個部門經理征求意見時，其中兩個支持，四個反對。部門經理們認為，這兩種模式之間不存在衝突：一個規模大，一個發展快，完全可以同時運作，沒有必要非放棄哪一個。
劉強東則堅持認為一個人不可能同時做好兩件事，一個公司的核心能力也隻有一點。當時，京東公司規模很小，一定要把所有的資源集中在一點，才能獲得一些競爭力，分散用力隻能是找死，隻能做一件事，他必須做出選擇。討論進行了一個晚上，淩晨3點，劉強東才說服所有的部門經理。2005年中期，京東關掉線下連鎖店。
當時，距京東從代理商轉型連鎖零售商不過3年時間，連鎖模式在中國仍然處於高速發展階段，黃光裕甚至因為國美的上市成為中國首富，但是劉強東最終還是果斷地決定放棄連鎖，轉戰網絡，可見劉強東是一個相當有魄力的人。
從京東後來的發展來看，劉強東當時的果斷決策是正確的。關閉12家連鎖店花了約半年時間。2005年底，京東線上收入3000萬，比2004年增長200%，其中光磁產品貢獻了大部分收入，一張光碟，其他店麵賣3元，拿40%～50%的毛利，京東賣2元，隻掙很少的利潤。劉強東一下子感到京東的未來很明朗了。如果在2004年的時候線上、線下同步發展，就沒有後來百億級規模的京東商城了。
劉強東認為公司在必要時肯定要冒險變革，在看到未來隱藏的巨大危機或機會時就要變革，等危機來了再變革就晚了；而麵臨新的機會，雖然原有商業模式不變革也談不上危險，但變革後新的商業模式比原來機會大很多，為什麼不變革？
2005年，中國電子商務市場發展所需要的基礎條件逐步完善，對於電子商務企業的支撐作用越來越明顯。
中國第三方物流發展迅速，郵政、快遞公司在全國範圍內建立了比較廣泛的物流網絡，全國物流水平獲得很大程度的提升。一個包括多倉儲中心、異地批量運輸、本地快速單件遞送在內的非常草根的物流體係開始趨於成熟，並在中國網絡購物的發展過程中起到實質性的支撐作用。
網絡支付和個人信用基礎數據庫聯網運行，使得網絡支付可以為消費者接受。商業銀行創新和第三方網上支付工具獲得發展。2005年4月1日，《中國電子簽名法》實施，為中國網上支付市場發展製定了良好的規範。2005年8月底，全國個人信用基礎數據庫完成與全國所有商業銀行和部分有條件的農村信用社的聯網運行。