該線任務艱巨，運夫征集時有困難，且經費時告匱乏，開展運輸實屬不易。1941年，奉建支線總段根據民國三十年的年度預算，就指出該線的營運經費正麵臨困難：“就新編製官夫員名，及工具購置，站屋建築，各項設備等，合計支出國幣三百九十一萬六千零二十二元八角，而營業收入則僅一百七十五萬二千三百元，收支兩抵尚不敷二百一十六萬三千七百二十二元八角。”如此大的財政赤字，所盼望的軍事當局“軍運協款”之補助卻遲遲未到。因事關第六戰區軍運，移交第六戰區接辦也許是擺脫營運困境的最佳辦法。“查奉建支線現正商由第六戰區接辦，在該戰區未接辦前，似毋庸更張。至該線開辦以來，因軍運所受營業虧損，業由本處呈請軍事當局核撥軍運協款，一俟奉準，再行轉知”。“軍運協款”還在呈請，而奉建支線因為軍運運價過低而營業虧損，經費正運轉困難，業務開展正麵臨危機，又因該線接近戰區，戰略意義日益明顯，第六戰區司令部為求便利指揮管理計，經商準交通部，於1941年6月1日將該線運輸事項交由其接收辦理。據四川省驛運管理處在其呈文中所稱：“查本處所屬奉建總段已奉命於六月一日結束，所有該總段過去承辦第六戰區軍運事宜，業已全部移交該戰區接辦。”
（二）新渝支線總段。川東毗鄰前方戰場，無疑就由其首先承擔前線的軍米供應，但因軍米供應量大而川東產糧並不充裕，因此即向川西糧食盛產地調劑，此川西軍米的運輸任務則由四川省驛運管理處部分承擔。1940年10月，四川省驛運管理處成立之初，即著手籌備驛運營運機構，確定此項軍米運輸路線。經初步勘察，此項軍米決定由沱江水運至重慶，其驛運路線定名為新渝支線。據四川省驛運管理處致重慶交通部驛運總管理處代電所稱：“查本處新渝支線總段，前經呈奉四川省政府準核，本處業務科長張毓靈兼代該總段副總段長，即日前往籌辦，並經本處於十月二十五日以驛總字第45號代電呈報在案。前據該副總段長先後電呈，遵於十月二十四日率同總段職員馳往新都，暫就公園內桂湖賓館開始辦公，加緊籌備，已於二十六日正式成立，並於卅日開運。”新渝支線總段於1940年10月26日成立，設總段機構於新都，由四川省驛運管理處業務科長張毓靈兼代副總段長，主持該驛運總段各項業務。
該線“西北起自新都縣，沿毗河至金堂縣之趙鎮，轉向東南，順沱江以達瀘縣，再轉入長江，向東以抵重慶，全長八百一十六公裏”，從新都至重慶，由沱江順流而下，至瀘縣入長江而東轉達重慶，因此該線稱為新渝支線。該線根據實際需要，分設新都、金堂、內江、瀘縣、重慶五驛運分段，由於該線全為水運路線，設站較為簡單，僅設新都、趙鎮、內江、瀘縣、重慶五個驛運站。
該線沿途灘多流急，稍有不慎，即肇事故。據記載，險灘最著名者有“新都瀘縣間之走馬灘、馬廟灘、九龍灘、桃花灘、馬家林灘（以上金堂屬）、娃娃灘、石鍾灘（以上簡陽屬）、龍王沱、金山寺灘、釣魚灘（以上資陽屬）、漩渦老（內江屬）等”，都極為險惡，“奇險之處，湍流澎湃，急岩奔馬”，該線水運實非容易。開運以來，該線運輸完全利用民有船隻，征雇編隊行駛，派員押運，經常動員木船100多隻，比如，“自三十年一月起至六月止，前後共征雇木船六六六艘，每船船夫平均約一二人（該線運輸多為順流而下），共約七九九二人，每月雇用平均約一一一艘，計一三三二人”。與此同時，新渝支線總段也利用民間運輸勢力，與沿線船業公會組織訂立合約，由其征雇民間木船，負責部分新渝支線總段所承擔的運輸任務。該支線總段先後與金堂縣趙鎮船業公會，瀘縣民船業公會，新都縣船業公會，內江縣民船同業公會等組織簽訂合約，向民間“挑選完整堅固之船隻，承雇裝運軍米”。在軍米運輸中，雖有船戶因運價過低而規避之情事發生，但運輸工作基本能“順利推行”。
該線“所經縣份，物產豐阜，濱江各縣，富榮繁盛，物產如金堂之煙，簡陽資陽內江之糖，內江之油，瀘縣之工商品，以及沿江各地之手工業品”。所以，除了運輸軍米之外，新渝支線兼運葉煙、糖、桐油、藥材等商品。從1940年10月26日新渝支線總段成立至1942年12月底驛運機構正式改組為驛運區之前，該支線貨運運量共計11849.952噸，3534548延噸公裏。
1942年6月，四川省驛運管理處根據實際營運狀況，實行機構改組，以新渝支線為中心，包括川西所有規劃之中的四川省辦驛運路線，合組更名為川西支線，所設驛運機構為川西支線總段。然而隨著該支線總段新辟驛運路線的增多，“支線總段”之名稱已不適合其時實際情形，1943年1月，驛運支線總段機構正式更名為驛運區，川西支線總段改名為川西驛運區。