十七日，各提督統領進見。甘輝前曰：“大師久屯城下，師老無功，恐援虜日至，多費一番功夫。請速攻拔，別圖進取。”藩諭之曰：“自古攻城掠邑，殺傷必多，所以未即攻者，欲待援虜齊集，必樸（撲）一戰，遨而殺之。管效效忠必知我手段，不降亦走矣。況屬邑節次歸附，孤城絕援，不降何待。且銃炮未便。又鬆江馬提督□約未至，以故援（緩）攻。諸將暫磨勵以待，各備攻椇，候一二日，令到即行。”諸將回營。（十八日）遣監督高綿祖，禮部都事蔡政前往蘇州鬆江。往見偽撫院馬提督，約日起兵打都城，並令常鎮道馮監軍撥大官座二隻，多設儀仗帳，戴（載）高、蔡二使前往蘇鬆會師。
二十一日，再遣禮都事蔡政往鬆江見馬進寶，並安插陳忠靖□、（宣）毅前鎮陳澤等護眷船，授以機□。先時祖等見進寶，以家眷在燕都未決，回報。至是再遣諭之曰：“見馬提督，先以婉言開陳，須不剛不柔，務極得體，要之以先事□（為）妙。若至攻破南都日方會，□為晚也。”
二十二午，虜就鳳儀門抬炮與前鋒鎮對擊。
二十三（日），藩見大勢已潰，遂抽下□（船）。
二十八日，派程班師，駕出長江。
（八月）初四日，師泊吳淞港，遣禮都事蔡政往見馬進寶。進京議和事機宜，俱授蔡政知之，亦無書往來。
初八日，舟師至崇明港。
初十日，傳令登岸劄營攻崇明縣城。
十一日辰時，開炮至午時西北角城崩下數尺，河溝填滿，藩親督催促登城，守將梁華（化）鳳死敵不退。
藩見城堅難攻，傳令班回。是日晚，適馬提督差中軍官同都事蔡政至營，言馬提督□（因？）聞大師攻圍崇明，特遣中軍前來說和。稱欲奏請講和，仍又加兵襲破城邑，教我將何題奏，貴差將何麵君？不如舍去崇明，暫回海島，候旨成否之間，再作良圖，亦未為晚。藩諭之曰：“爾酋等大張示諭，謂我水陸全軍覆沒，國姓亦沒陣中，清朝無角逐英雄之患。吾故打開崇明，安頓兵眷，再進長驅，爾主其亦知之否？我今攙（才）施數銃，其城已倒及半，明日安炮再攻，立如平地。既爾主來說，姑且緩攻，留與爾主好題請說話也。”令人同看營中兵器船隻整備。歎曰：“京都覆沒，豈有是耶？”
藩令搬營在船。
十二日，遣蔡政同馬提督中軍再回吳淞，往京議和。
十二月，藩駕注（駐）思明州。蔡政自京回，京報和議不成。逮係馬進寶入京。
《清史列傳·五·郎廷佐傳》（參《碑傳集·六二》引《盛京通誌郎廷佐傳》）雲：
是年（順治十六年己亥）二月，廷佐因巡閱江海，密陳海防機宜，言海賊鄭成功擁眾屯聚海島，將侵犯江南，而江省各汛兵數無多，且水師舟楫未備，請調發鄰省勁兵防禦。疏下部議，以鄰省亦需兵防守，寢其事。五月，海賊陷鎮江，襲據瓜州，遂犯江寧。時，城中守禦單弱，會副都統噶楚哈等從貴州凱旋，率兵沿江而下，廷佐與駐防總管喀喀穆邀入城，共議擊賊。
同書同卷《梁化鳳傳》（可參《梅村家藏稿·二五·梁宮保壯猷紀》）略雲：
梁化鳳，陝西長安人。順治三年武進士。十二年升浙江寧波副將。海寇張名振犯崇明之平洋沙，總督馬國柱委化鳳署蘇鬆總兵事，至則遣都司談忠出戰，名振複高橋，化鳳親馳援剿擊，敗其眾。（寅恪案：《清史稿·二百零三·疆臣年表·一》“江南江西總督”欄“順治十一年甲午”載：“馬國柱九月丁未休。十月馬鳴佩總督江南江西。”“順治十三年丙申”載：“馬鳴佩閏五月己酉病免。”表麵觀之，似“馬國柱”為“馬鳴佩”之誤。但《清史稿·五·世祖本紀·二》略雲：“順治十一年四月壬申，官軍擊故明將張名振於崇明，敗之。”《清史列傳·五·馬國柱傳》雲：“十一年正月，海賊張名振屢犯崇明。”然則《梁化鳳傳》之“十二年”應作“十一年”無疑也。）十六年七月，成功以大艦陷鎮江瓜州，直犯江寧，南北中梗。化鳳率所部三千人，疾抵江寧。賊大敗奔北，江南遂通。成功敗，遁入海。化鳳遣將防崇明，賊果薄城下，適化鳳兵自江寧回，聲勢相應，括民舟出白茆港，絕流迅擊，賊複大敗。
《清史列傳·八十·馬逢知傳》略雲：
（順治）十三年，遷蘇鬆常鎮提督。十六年，海寇鄭成功犯江寧，連陷州縣，梁化鳳擊退之。九月，部臣劾逢知失陷城池，當鎮江失守，擁兵不救，賊遁，又不追剿，應革世職，並現任官，撤取回旗。得旨，馬逢知免革職，著解任。先是戶科給事中孫光祀密糾逢知當賊犯江寧時，竟不赴援，及賊攻崇明，為官兵所敗，反代其請降，巧行緩兵之計。鎮海大將軍劉之源，江南總督郎廷佐，蘇鬆巡按馬騰升，先後疏報偽兵部黃征明乃數年會緝未獲之海逆，今經緝獲解京。其侄黃安自海中遣諜陳謹夤緣行賄，計脫征明，並貽書逢知，傳遞關節。禮科給事中成肇毅亦疏陳逢知通海情形昭著。請即逮治，並令撫按嚴究黨羽。十七年六月，命廷臣會鞫，以逢知交通海賊，擬並誅其子。八月，上以未得逢知叛逆實事，命刑部侍郎尼滿往江南，同之源、廷佐確審，尋合疏陳奏逢知於我軍在沙埔港獲海賊柳卯，即聲言卯係投誠，賞銀給食，托言令往招撫，縱之使還。又，海賊鄭成功曾遣偽官劉澄說逢知改衣冠領兵往降。逢知雖聲言欲殺劉澄，反饋以銀兩。又遣人以扇遺成功，並示以投誠之本。又私留奉旨發回之蔡正，不即斥逐，並將蔡正之發剃短，以便潛往。且遣人護送出境。是逢知當日從賊情事雖未顯著，然當賊犯江南時，托言招撫，而陰相比附，不誅賊黨，而交通書信，兼以潛謀往來，已為確據。疏入，仍命議政王貝勒大臣核議。尋論罪如律，逢知伏誅。
《梅村家藏稿·二五·梁宮保壯猷紀》雲：
江寧告急之使，馬皆有汗。同時大將之擁兵者，按甲猶豫，據分地為解。
《小腆紀年附考·一九》“順治十六年五月癸酉（十三日）明延平王朱成功兵部左侍郎張煌言複會師大舉北上以援滇”條雲：
成功欲順風取瓜州，煌言曰：“崇明為江海門戶，有懸洲可守，先定之以為老營，脫有疏虞，進退可據。”馮澄世亦言取之便。成功曰：“崇明城小而堅，取之必淹日月。今先取瓜州，破其門戶，截其糧道，腹心潰，則支體隨之，崇明可不攻而破也。”乃遣監紀劉澄，密通我江南提督馬進寶，而請煌言以所部兵為前軍鄉導。己卯（十九日）經江陰，舟楫蔽江而上。
據上引數據，知成功之不能取江寧，其關鍵實在馬逢知兩方觀望，馬氏之意以為延平若成功，聲威功績必遠出其上。若不成功，己身亦可邀得清廷之寬免。此乃從來漢奸騎牆之故技。實不知建州入關，其利用漢人甚為巧妙。若可利用之處已畢，則斬殺以立威也。
又，黃秋嶽（濬）《花隨人聖庵摭憶》略雲：
繆小山（荃孫）《雲自在堪筆記》所述康熙時諸漢臣相訐相軋事至詳，而未言所本。後乃知小山所本，為李榕村（光地）日記。《榕村日記》無刊行者，清史館有抄本，繆所錄中，有一段極饒意義者，為李光地與施琅語，縱談及海上順治十六年攻南京事。李（“李”當作“予”，下同）雲：“當時若海寇不圍城池，揚帆直上，天下岌岌乎殆哉！”施笑曰：“直前，是矣。請問君何往？從何處而前？”予無以應。移時又促之，雲：“從何處往前？”李曰：“或從江淮，或趨山東，奈何？”施曰：“此便大壞。何（以）言之，直前，縱一路無阻，即抵京師，本朝兵勢尚強，決一死鬥。兵家用所長，不用所短。海寇之陸戰，其所短者，計所有不過萬人。能以不習陸戰之萬人，而敵精於陸戰之數十萬人乎？不過一霎時，便可無噍類矣。”李爽然自失，曰：“然則奈何？”施曰：“不顧南京，直取荊襄，以其聲威，揚帆直過，決無與敵者。彼閉城不出，吾置之不論。彼若通款，與一空劄羈縻之。遇小船則毀之，遇大船則帶之。有領兵降者，以我兵分配彼兵，散與各將而用之。得了荊襄，呼召滇粵三逆藩，與之連結，搖動江以南，以撓官軍，則禍甚於今日矣。”施所見如此，真是梟雄。
寅恪案：馬進寶是時正在觀望。若延平克南京，則反清。若不能，則佐清。延平既不能克南京，必急撤退。不然者，將被封鎖於長江口內，全軍覆沒矣。施琅之論，未必切合當日情勢及了解延平心理也。至《清史補編·八·鄭成功載記》記載此役，其史料真偽夾雜，文體不倫，未可依據，故不引用。
複檢《清史稿·二六七·黃梧傳》（可參《清史列傳·黃梧傳》）略雲：
黃梧，字君宣，福建平和人。初，為鄭成功總兵，守海澄。順治十三年，梧斬成功將華棟等，以海澄降。大將軍鄭親王世子濟度以聞，封海澄公。十四年，總督李率泰疏請益梧兵合四千人，駐漳州。梧牒李率泰薦委署都督施琅智勇忠誠，熟諳沿海事狀，假以事權，必能剪除海孽。又言成功全借內地接濟木植、絲綿、油麻、釘鐵、柴米。土宄陰為轉輸，齎糧養寇。請嚴禁。並條列滅賊五策，複請速誅成功父芝龍。率泰先後上聞，琅得擢用，芝龍亦誅。尋命嚴海禁，絕接濟，移兵分駐海濱，阻成功兵登岸，增戰艦，習水戰，皆梧議也。
《小腆紀年附考·二十》“順治十八年十二月明延平王朱成功取台灣”條略雲：
成功以台灣平，謂諸將曰：“此膏腴之土，可寓兵於農。”既聞遷界令下，成功歎曰：“使吾徇諸將意，不自斷東征，得一塊土，英雄無用武之地矣。沿海幅員上下數萬裏，田廬邱墓無主，寡婦孤兒望哭天末，惟吾之故。以今當移我殘民，開辟東土，養精畜銳，閉境息兵，待天下之清未晚也。”乃招漳泉惠潮流民，以辟汙萊。製法律，定職官，興學校，起池館，待故明宗室遺老之來歸者。台灣之人是以大和。
然則延平急於速戰速決之計既不能行，內地接濟複被斷絕，則不得不別取波濤遠隔、土地膏腴之台灣以為根據地。且叛將黃梧擁兵海澄，若遲延過久則頗有引清兵攻廈門之可能。觀《黃梧傳》“（順治）十四年總督李率泰疏請益梧兵合四千人駐漳州”，並《小腆紀年附考·二十》“（順治十七年）五月甲子（初十日）我大清兵攻廈門明延平王朱成功禦卻之”，及同書同卷“我大清康熙二年癸卯冬十月王師取金門廈門”條，即是其證。故延平帥舟師速退，亦用兵謹慎之道。其主旨雖與張蒼水輩別有不同，未可盡非也。
寅恪論述牧齋參預鄭延平攻取南都之計劃，又欲由白茆港逃遁出海，而不能實行之事既竟，讀者必懷一疑問，即牧齋何以終能脫免清廷之殺害。《痛史·第五種·研堂見聞雜記》雲：
海氛既退，凡在戎行諸臣，以失律敗者，各遣緹騎捕之，以鋃鐺鎖去，如縛羊豕，而間連染於列邑縉紳，舉室俘囚，遊魂旦暮。
又雲：
乙亥，海師至京口，金壇諸縉紳有陰為款者，事既定，同袍訐發，遂羅織紳衿數十人。撫臣請於朝，亦同發勘臣就訊，既抵，五毒備至，後駢斬，妻子發上陽。
據此可知當日縉紳因己亥之役受牽累者殊不少。牧齋何以終能脫免一點，實難有確切之解答。但後檢諸書，似有痕跡可尋，惜尚是推測之辭，不敢視為定論。俟他日更發現有關史料再詳述之。
《清史列傳·七九·梁清標傳》略雲：
梁清標，直隸正定人。明崇禎十六年進士，官庶吉士。順治元年投誠，仍原官。尋授編修，累遷侍講學士。十三年四月遷兵部尚書。十六年，海賊鄭成功由鎮江犯江寧，給事中楊雍建疏言（寅恪案：楊氏事跡可參同書六本傳）海氛告警，宵旰焦勞，樞臣職掌軍機，於地形之要害，防兵之多寡，剿撫之得失，戰守之緩急，不發一謀，不建一策，僅隨事具覆，依樣葫蘆，不曰今應再行申飭，則曰臣部難以懸擬。既不能盡心經畫，決策於機先，又不能返躬引咎，規效於事後，請天語嚴飭，以儆屍素。詔兵部回奏。時尚書伊圖，奉使雲南。清標同侍郎額赫裏、劉達、李棠馥疏辯。得旨，此回奏，巧言飾辯，殊不合理，著再回奏。於是自引咎下吏部察議，三侍郎皆降二級，清標降三級，各留任。十七年二月，京察自陳。諭曰：“梁清標凡事委卸，不肯擔任勞怨，本當議處，姑從寬免。”其痛自警省，竭力振作。五月上以歲旱，令部院諸臣條奏時務，清標與李棠馥疏言，奸民捏造通賊謀叛，蠹設貪官，借端取貨，生事邀功，著確指其人。於是複奏，借通賊謀叛名，魚肉平民，則有桐城知縣葉貴祖，常熟知縣周敏等。為給事中汪之洙、巡按何元化所劾。（寅恪案：《江南通誌·一百零六·職官誌》“巡撫監察禦史”欄載：“何可化，直隸人，進士，順治十七年任。”清進士題名碑載：“何可化，順治三年第三甲，直隸大寧都都水衛。”“何元化”當為“何可化”之訛。）其未經劾奏者不知凡幾。故請旨飭禁，懲前以毖後。疏下部知之。
同書九《施琅傳》略雲：
（康熙）二十年七月，內閣學士李光地奏，鄭錦已死，子克塽幼，部下爭權，征之必克，因薦琅素習海上情形。上遂授琅福建水師提督加太子太保。諭之曰，海寇一日不靖，則民生一日不寧。爾當相機進取，以副委任。二十一年七月彗星見，詔臣工指陳時務。戶部尚書梁清標（寅恪案：梁清標康熙十一年調戶部尚書）謂天下太平，凡事不宜開端，當以安靜為主。上因命暫停征剿台灣。
乾隆修《江南通誌·一百零七·職官誌》“常熟知縣”欄載：
周敏，武康人。拔貢。順治十五年任。
張燮，大興人。拔貢。順治十七年任。
寅恪案：前論黃毓祺案，已詳及真定梁氏與牧齋之密切關係。今觀《清史列傳》所言，清標身任兵部尚書，其對己亥戰役之態度如此冷淡，雖雲滿尚書伊圖奉使雲南，當日漢人無權（可參前引龔芝麓《疏》）不敢特有主張，但其不為清廷盡心經畫以防禦鄭氏，與二十餘年後之反對進攻台灣，疑是同一心理。至《傳》中所指常熟知縣周敏，借通賊謀叛、魚肉平民之事，恐是乘機為牧齋輩解脫於鄭延平失敗之後，清廷大肆搜捕之時也。
又《牧齋尺牘·下·致周縣尊》雲：
治某抱病江鄉，朝夕從漁夫樵叟，歌詠德音，雖複屏跡索居，未嚐不神馳鈴閣也。頃者，□□□狂悖無狀，老父母以覆載洪恩，付之不較，第此人欺主枉上，罪在不赦。若不重治，並及其共事者，何以懲創奸宄，使魑魅寒心？又口稱有兩宦書帖，其中不無假冒。某鄉居不知城邑之事，若有不得已相聞，必有手書印記。並祈老父母留心査核，勿為黎丘之鬼所眩。此尤所禱祀而求者也。
又《致□□□》略雲：
恒雲握別，遂逾星紀。塵泥迥絕，寒暄邈然。相知北來，備道盛雅。注存無已，煦育有加。竊念益草木殘生，桑榆暮齒，灰心世故，息念空門，固未嚐爭名爭利，攘臂於市朝；亦未嚐有黨有仇，廁跡於壇坫，有何怨府？犯彼凶鋒。所賴金石格言，岩廊竑論，片語解呶，單詞止沸。此則養國家之元氣，作善類之長城，四海具瞻，千秋作則者也。
頗疑牧齋所謂“周縣尊”即周敏。而信中所言“兩宦書帖”，其中之一當為告訐牧齋之物證。至《致□□□》一劄，因信中有“恒雲”二字故認為即致梁清標者。“犯彼凶鋒”之“彼”當指周敏。“金石格言，岩廊竑論”似指清標順治十七年五月所上之疏。若所揣測者不誤，則此等材料或可作為牧齋之免禍與梁清標有關之旁證。
複次，當日在朝有梁清標主持兵部，凡在外疆臣武將皆不得不為牧齋回護。周敏之不能久任常熟知縣，其理由或在此也。又牧齋集中頗多與郎廷佐、梁化鳳等相關之文字，茲節錄涉及己亥之役者於下。《牧齋外集·九·奉賀郎製府序》略雲：
每念節鎮之地，襟江帶海，潢池弄兵，海島竊發。單車小艇，巡行水陸，宵征露宿，涉鯨波而衝颶浪，所至搜討軍實，申明斥堠，布置要害。衝波跋浪之士，靡不骨騰肉飛。裹糧求敵，德威宣布，軍聲烜赫。於是海人蜑戶，連艘投誠。鯨鯢猰?，聞風遠遁。萑苻解散，菰蘆宴如，則公之成勞也。
同書同卷《梁提督累蔭八世序》略雲：
自古國家保定疆圉，乂安寰宇，必有精忠一德，熊羆不二心之臣，為之宣猷僇力，經營告成。其在今日，則大宮保梁公是也。公以鞭霆掣電之風略，拔山貫日之忠勇，奮跡武闈，守禦山右。旋調崇川，總領水師。未幾，海氛大作，蹂躪瓜步，搖撼南服。公出奇奮擊，雷劈電奔，斧螗鋒蝟，江水為赤。已而複窺崇川，公隨飛援追剿，海波始靖，而東南獲有安壤。餘江村老民，借公廣廈萬間之庇，安枕菰蘆，高眠晚食，方自愧無以報公，而又念舊待罪太史氏，勒燕然之銘，香旆常之續，皆舊史所有事也。於諸君之請，遂不辭而為之序，亦使後世之史館尚論武略者，於斯文有考焉。
同書二四《海宴亭頌序》略雲：
今都督長安梁公，山西出將，冀北空群。惟此東南，惠徼節鉞。頃者海波蕩潏，江表震驚，艦塞長江，風乘萬裏。惟公奮其老謀，遏彼亂略。遂使鮐文之老，安井臼於熏風；負劍之童，息戈鋋於麗日。既庇鴻庥於上將，應銘偉伐於通都。地卜虎丘，亭名海宴。萬古千秋，擁勝概於長洲之苑；黃童白叟，騰頌聲於閶闔之城。益也托庇遺民，欣逢盛舉。磨盾草檄，良有愧於壯夫；勒石考文，敢自後於野史。
此外牧齋尚有為梁化鳳之父孟玉所作之《誥封都督梁公墓誌銘》（見《牧齋外集·一六》）等，及與郎梁諸人之書劄（見《牧齋尺牘》），茲不暇多引。要之，牧齋此類文字雖為諂媚之辭，但使江南屬吏見之，亦可以為護身符也。