盡管非洲起源說的證據充足，但是並未成為所有人的共識。一部分專家，特別是中國專家，堅持認為亞洲才是人類的發源地。他們並不否認智人發源於非洲，但他們認為亞洲人的特殊體貌特征———比如中國人的鏟形門齒———是非洲智人與亞洲當地比智人更古老的種群雜交的結果。證據就是在東方國家出土的古人（早期智人）化石。中國專家的觀點屬於多地區起源說的一種。
但隨著兩份遺傳學研究結果的發表，這種學說的地位將會被削弱，甚至可能被推翻。
第一份研究結果於2007年5月發表在《美國國家科學院院刊》（PNAS）上，內容是關於距今7萬~5萬年間人類在澳大利亞的繁衍情況。更確切地說，這篇文章指明了澳大利亞最初土著居民的起源。多地區起源論者認為，澳大利亞的土著居民不是智人的後代，而是晚於智人來到澳大利亞的、起源於亞洲大陸的直立人（Homo erectus）的後代。
在威蘭德拉湖區和科阿沼澤出土的化石能證明直立人在澳大利亞的出現晚於智人的出現。而遺傳學家則運用確定人類遷徙路線最常用的方法———比較遺傳標記，來探究澳大利亞土著的起源。對血液和唾液樣本中的遺傳標記（來自母親的線粒體上攜帶的遺傳標記和來自父親的Y染色體上的遺傳標記）進行對比的結果表明，澳大利亞土著和新幾內亞島的美拉尼西亞人的基因序列的確有一致的地緣特征，都是由來自非洲的遠古基因序列演變而來。
這種基因序列上的淵源關係是按基因變異年代順序倒推得出的。關鍵之處在於，“這項遺傳學研究並沒有發現任何所謂亞洲古人的血統”。法國波爾多第一大學的古生物遺傳學家瑪麗—弗朗斯·德吉尤（Marie—FranceDeguilloux）這樣解釋道。也就是說，所有跡象都顯示，澳大利亞土著是非洲人的後裔，他們是在約5萬年前的一次遷徙中來到澳大利亞的，當時澳大利亞大陸和新幾內亞島尚連成一體，構成名叫薩胡洲的古陸。
2007年7月發表在《自然》（Nature）雜誌上的另一項研究綜合分析了全球不同地區人類的遺傳特征和外貌特征。而外貌特征一直以來都是支持多地區發源說的有力證據。
有人高喊“打假”
劍橋大學的研究人員首先研究了4666塊男性頭蓋骨所顯示的37種遺傳特征的變化情況（如頭蓋骨的最大長度、眼眶間距等）。這批頭蓋骨來自目前世界上的105個種群，涵蓋了北太平洋的阿留申人和南非的科伊桑人。研究的結論是，將上述特征的變化情況和這些種群之間的空間距離聯係起來看，人類最有可能的發源地應分布於非洲撒哈拉沙漠以南的一片廣袤地區，東起肯尼亞，西至科特迪瓦，南達南非的最南端。劍橋大學的研究結果說明了兩件事：
現代非洲人的頭蓋骨形態特征最為多樣化，這種多樣性隨著遠離非洲大陸距離的擴大而降低。也就是說，當初從非洲向外遷徙的人類隻帶走了人類發源地種群的一部分特征。瑪麗—弗朗斯·德吉尤總結說：“這種地理分布上的梯度變化有力地說明，現代人起源於非洲。”
此外，專家們還針對來自39個不同種群的1579塊女性頭蓋骨進行了一項特征研究，得出的結論與上述結論一致。另一項針對來自51個種群的789個微衛星標記（基因組中出現頻率很高的一種微型DNA序列）變化情況的研究也表明與非洲大陸的距離越遠，遺傳特征的多樣性就越低。這也印證了頭蓋骨形態多樣性的變化趨勢。據此，劍橋大學研究小組的成員兼研究報告撰寫者弗朗索瓦·巴盧（Frangois Balloux）表示：“人類的發源地似乎非非洲莫屬了。”
這下，對於人類從非洲起源該沒有異議了吧？不。多地區起源論者仍堅持自己的觀點。美國聖路易斯市華盛頓大學的遺傳學家艾倫·坦普爾頓（AlanTempleton）憤憤不平地說“這兩篇文章典型極了，完全就是我所說的‘與求證假說相容的假說爺。實際上，幾乎所有支持‘走出非洲爺理論的‘證據爺，包括線粒體，都隻是與該理論相容而已，並不能證實該理論。”坦普爾頓在《進化》（Evolutions）雜誌上撰文，對某些遺傳學家用軟弱無力的證據去證明一項“偽科學”表示遺憾。
“複雜的混合體”